Catalina se erigió en reina de Navarra a inicios de 1483. A pesar del interés de los Reyes Católicos en casarla con su hijo, el príncipe Juan, la reina contrajo matrimonio en 1484 con Juan de Albret, hijo de Alain de Albret, señor de Albret. Con tal matrimonio, la casa Foix-Albret dominó una amplia franja de los territorios ubicados al Norte de los Pirineos. Durante su minoría de edad, fue Magdalena de Francia, madre de Catalina, ayudada de Alain de Albret, la que gobernó, en condición de regente, llevando las riendas del gobierno del reino hasta su fallecimiento en enero de 1495.
En el transcurso de su reinado Catalina I y Juan III llevaron a cabo, como comentó José María Lacarra, una destacada política de balancín, que les acercó y distanció políticamente, según momentos, a los reyes de los Estados vecinos, ávidos de obtener para sí el favor de unos soberanos cuyos territorios resultaban de una alta importancia estratégica, en especial aquellos que gozaban también de un privilegiado estatus político, es decir, Navarra y Bearne.
Los reyes contaron con el apoyo de las Cortes Generales de Navarra, en el plano de la política internacional, compartiendo unos mismos objetivos políticos. Uno de ellos fue el intento de creación de una provincia eclesiástica conformada por Navarra y Bearne, realizado a inicios del siglo XVI, en la que Pamplona se convertiría en cabeza principal del conjunto al erigirse en arzobispado, y se crearían en el reino los obispados de Estella, Sangüesa, Roncesvalles y Tudela. También las Cortes asesoraron a Juan y Catalina en relación a la posibilidad de ceder alguno de sus territorios del norte de los Pirineos a Juan de Foix, tío de la reina, erigiéndose en la cabeza de los dominios patrimoniales de la monarquía navarra, como sucedió por ejemplo, en el año 1496. También compartieron la aspiración de recuperar para Navarra los territorios enajenados por Castilla desde 1463, que conforman la actual "Rioja Alavesa", como se desprende de las Actas de Cortes Generales navarras, emitidas a inicios del siglo XVI.
En el plano de política interior, los soberanos lograron neutralizar al sector levantisco beamontés desde que acabó el último episodio de guerra civil, en el año 1494. A partir de entonces, hasta su obligada partida en verano de 1512, Navarra fue el territorio en el que Juan y Catalina residieron más tiempo, y además, en el reino nacieron y fueron educados la mayor parte de los príncipes e infantes e infantas navarros, concretamente, diez de los doce hijos que tuvieron entre 1492 y 1512.
En el plano de la política exterior, desde 1495 realizaron una política matrimonial orientada a casar a sus hijos con los herederos de los Reyes Católicos, como lo demuestran los tratados de Madrid, de 1495, de Sevilla, de 1500, de Medina del Campo, de 1504, y de Tudela de Duero, de 1506. En esos mismos años, y en otros anteriores, como 1488, los reyes navarros y los de Castilla y Aragón acordaron compromisos y tratados de amistad y confederación, en los que los Reyes Católicos se comprometieron a defender al doble estado pirenaico, formado por Navarra y Bearne, y los reyes Foix-Albret adquirieron tal compromiso respecto a Castilla y Aragón. Desde 1506, al fallecer el rey Felipe I de Castilla, conocido como Felipe el Hermoso, Navarra quedó bajo la protección del emperador Maximiliano, abuelo de Carlos V, siendo este uno de los motivos que provocaron que a partir de ese año las relaciones políticas con Fernando el Católico fuesen tensas.
El paulatino acercamiento a la Corona de Castilla provocó un enfriamiento de relaciones políticas entre los reyes navarros y los monarcas de Francia, llegándose al borde de la guerra cuando en 1510, Luis XII solicitó a Catalina I que le rindiese homenaje por el señorío de Bearne, algo a lo que la reina se opuso, alegando que Bearne era territorio soberano ajeno a Francia.
Tanto Fernando el Católico como Luis XII intentaron que Navarra se convirtiera en un mero Estado satélite, y desde comienzos del siglo XVI habían decidido emplear la fuerza, si fuera precisa, para controlar Navarra y Bearne, como se apreció claramente dos años después, con la invasión armada castellano-aragonesa y el empleo de una condenable utilización de la violencia.
Al finalizar el año 1509 la Liga de Cambray hacía aguas. Esta Liga había unido desde hacía un año antes, a Luis XII, el papa Julio II, Fernando el Católico y el emperador Maximiliano contra Venecia. Una vez derrotados los venecianos, los miembros de la Liga se enfrentaron, al no llegar a un acuerdo en el reparto que debían hacerse de Italia. Con el fin de la Liga de Cambray, llegó la ruptura de la alianza entre Fernando y Luis XII. Además, comenzaba una profunda enemistad entre el papa y Luis XII, que tuvo como efecto el surgimiento de una estrecha alianza entre Fernando el Católico y Julio II.
Esta nueva situación fue un "balón de oxigeno" para los monarcas de Navarra, debido a que la ubicación geográfica del reino era de vital importancia política, al hallarse entre las dos principales potencias de Europa, que de nuevo estaban enfrentadas.
La enemistad entre el papa y el soberano francés, se plasmó en el Conciliábulo de Pisa, organizado por Luis XII para deponer a Julio II. Fue convocado el 28 de mayo de 1511, en la ciudad florentina, siendo la convocatoria firmada por once cardenales, encabezados por el español Bernardino de Carvajal. Se prolongó en dicha ciudad hasta fines de abril de 1512, momento en el que las tropas francesas tuvieron que retroceder, por lo que el concilio se trasladó primero a Asti, una de las principales ciudades del Piamonte, y en el mes de junio a tierras francesas, concretamente a Lyon, donde finalmente fue disuelto porque poco a poco fue perdiendo apoyos.
Dentro de la confrontación entre Fernando el Católico y Luis XII, se inscribió el proyecto anglo-español de invasión de la Guyena francesa, y el objetivo de Enrique VIII de Inglaterra de tomar Bayona y apoderarse de parte de la antigua Aquitania inglesa. La muerte de Gastón de Foix, duque de Nemours, favorito de Luis XII y enemigo de Catalina I, en la batalla de Rávena, el 11 de abril de 1512, fue determinante para que el galo tratara de buscar una alianza con los soberanos navarros, en la que les aseguraría la posesión de Bearne y otros territorios norpirenaicos a cambio de que estos le brindaran su apoyo.
En julio de 1512 fue acordado el tratado de Blois, entre los monarcas de Navarra y Francia, por el que los primeros concedieron su ayuda al rey francés, en territorio galo, contra la amenaza de la citada invasión anglo-española. También se estipuló que no se consentiría el paso de tropas francesas por Bearne ni por Navarra ni el resto de posesiones de la Casa real de Navarra, con destino a Aragón o Castilla, y se mantuvieron vigentes las alianzas navarro-españolas existentes desde fines del siglo XV, de modo que Navarra no ayudaría de ningún modo a Francia.
Sin embargo Fernando el Católico emprendió la conquista de Navarra, no por efecto del tratado de Blois, sino porque lo había decidido en el mes de junio, como lo expuso a su capitán general, el duque de Alba. Al apoyar Catalina I y Juan III a Luis XII, autor del Conciliábulo de Pisa, fueron considerados herejes. No fueron excomulgados expresamente por el papa Julio II, hasta febrero de 1513, es decir, medio año después de la conquista.
La excomunión obedeció a criterios estrictamente políticos, y fue emitida por deseo de Fernando el Católico. Dicho carácter político lo demuestra el hecho de que a la mayor parte de quienes participaron en dicho conciliábulo, les fue levantada la excomunión, e incluso a partir del inicio del papado de León X (1513- 1521), desde Roma se mantuvo que el rey Luis XII de Francia nunca fue excomulgado, al no existir motivos para ello. Sin embargo la excomunión de los reyes de Navarra se mantuvo.
Realizando un balance de la política desplegada por Juan y Catalina en el seno de Navarra, es necesario destacar que introdujeron al reino en la Edad Moderna europea, consiguiendo desde fines del siglo XV algo que quince años antes era una auténtica quimera, como fue la pacificación interna y la creación e impulso de una moderna administración que dejó detrás de sí los modelos de la administración medieval. Un ejemplo se encuentra en el Consejo Real de Navarra. Del modelo medieval de un número elevado de miembros, el Consejo fue reformado entre 1494 y 1496, quedando formado por un reducido número de profesionales, y convirtiéndose en el Tribunal Superior de Justicia del reino. Del mismo modo se adoptaron medidas de revitalización económica de los pueblos y villas navarras, siendo éste uno de los motivos que explican, junto a los recientemente citados, el aumento demográfico que experimentó el reino desde fines del siglo XV.
Juan III falleció en junio de 1516 en Monein, mientras estaba de romería, y la reina Catalina I murió en Pau, en febrero de 1517.