La fábrica tabacos de Bilbao se ubicó en la Anteiglesia de Begoña, a dos kilómetros de la capital, en el sitio conocido como Santutxu, junto a la ermita de San Francisco, en un antiguo refugio y cuartel utilizado durante las guerras carlistas. Se trataba de un amplio recinto amurallado de cuatro hectáreas que se adaptó a las nuevas necesidades especializándose en la elaboración de Cigarros Farias y Chica y Cigarrillos Pinos. En 1898 contaba con 488 operarias, sin que hayamos podido concretar el número de hombres en plantilla. Tras algo más de sesenta años, la actividad dejó de funcionar, poco después de terminada la guerra civil española.
La tabacalera donostiarra se instaló en la calle Garibay, dentro del llamado primer ensanche Cortazar, ocupó la primitiva alhóndiga, donde en 1870 se comenzó a almacenar tabaco, especialmente el destinado a la exportación. En 1878 se instaló la primera fábrica que durante seis años compartió sede con la Diputación Foral guipuzcoana, hasta que en 1885 la fábrica ocupó todo el edificio. A pesar de ello siguió instalada en un "área muchísimo menor de la que mide cada una de las otras diez fabricas nacionales", dedicándose a la elaboración de cigarros (Chica y comunes), cigarrillos (fuertes y suaves), así como a la picadura de manojos de Virginia.
Según documentos de la propia compañía, sabemos que "el 12 de Julio de 1878, el Director de la fábrica recibió la llave del edificio". Por otro lado, Nicolás Bustinduy y Vergara señala que, "principió á funcionar el día 17 de Octubre de 1878, á consecuencia de haber sido estancado el tabaco en esta región, y con el principal objeto de que pudieran ocuparse en ella los operarios de las suprimidas tabaquerías ó cigarrerías".
Su incidencia en el empleo industrial de San Sebastián fue muy importante, pues en 1897 ocupaba a 693 trabajadores, de los que, únicamente treinta eran hombres y en una empresa tan importante en la época, como la fábrica de cemento La Esperanza de Añorga, se ocupaban 155, de los que solo tres eran mujeres. Nicolás de Bustinduy, refiriéndose a la Tabacalera en 1892, cifra el empleo en 1.200, lo que hay que estimar exagerado.
La insuficiencia de las instalaciones se puso de manifiesto muy pronto, y a pesar de que la titular de la empresa, la recién constituida (1887) Compañía Arrendataria de Tabacos (CAT), puso en marcha una drástica política de modernización (1888), se iniciaron las conversaciones para la construcción de una nueva planta que diera respuesta a la demanda.
Tras las numerosas incidencias de una construcción que afectaba a varios organismos e instituciones, que hicieron que la obra durara casi veinticinco años, después de más de tres décadas, en la calle Garibay, la Tabacalera pudo trasladarse a las nuevas instalaciones en el Barrio de Eguia, junto a la Compañía de Ferrocarriles del Norte, el 25 de Junio de 1912.
La nueva fábrica, asentada en un solar propiedad del Ayuntamiento de San Sebastián de más de 13.200 m2, con un edificio singular que recuerda un palacio, se inauguró el 18 de Julio de 1913, continuando, básicamente, con los mismos productos (cigarros, cigarrillos y picaduras), elaborados manual o semimanualmente. Aunque en el proyecto de las nuevas instalaciones se preveía una plantilla de 2.284 trabajadores, no parece que se sobrepasaran en ningún momento los 1.200.
A los dos años de la puesta en marcha de las nuevas instalaciones, el número de operarias ascendía a 328, casi la mitad de las que había veinte años antes. En 1920, la plantilla llegaba a 465 (445 mujeres y 20 hombres) y el 9 de mayo de 1925 llegaban a 1.030 (913 mujeres y 117 hombres). Tras el desastre de la guerra civil, con el transcurso de los años (644 trabajadores en 1944), fueron desapareciendo las labores artesanales, por la creciente mecanización, acelerada a partir de 1960, con reiteradas reducciones de empleo, que a principios de los años setenta del siglo XX, no pasaba de los 380 trabajadores, que tres décadas más tarde, han vuelto a disminuir a la mitad.