Su obra es íntegramente para teclado. Destacan sus seis obras para clavicordio o pianoforte (ya que por lo que conocemos por el momento es el primer autor hispánico que utiliza este último nombre): contenidas en un manuscrito dedicado a Fernando VI, experto clavecinista. Se conservan en la Biblioteca del Real Conservatorio de Música de Madrid. Las seis poseen la misma estructura: recercata, fuga y sonata. Como ha indicado Martín Moreno, esta curiosa disposición podría ir dirigida a la demostración al monarca del dominio de todas las formas musicales, fueran éstas antiguas o modernas. En las recercatas se hace gala de una gran imaginación, con enarmonías, modulaciones y giros inesperados, en un ambiente de improvisación en el que no se excluye el ritmo libre que recuerda las recercatas para cuerda frotada de Diego Ortiz, pero también la literatura clavecinística francesa del XVII. Las fugas son extensas y en ellas se demuestra la solidez de su técnica musical en la línea estilística hispana. Las sonatas, por su parte, son generalmente monotemáticas y bipartitas, y lo aproximan a la vanguardia musical del momento, y especialmente al estilo sentimental de C. Ph. E. Bach.
Sus treinta Sonatas para clavicordio, por otro lado, están agrupadas por parejas que guardan una relación tonal, de tiempo y carácter. Las sonatas nº 15 y nº 30 quedan sueltas y son en realidad fugas, demostrando de nuevo la ambivalencia de Albero, que se movía con igual desenvoltura entre la complicada técnica barroca y el sentimentalismo preclásico.
Caída en el olvido, la figura y obra de Sebastián de Albero no fue recuperada hasta finales del siglo XX: en 1978 los instrumentistas y musicólogos Genoveva Gálvez y Antonio Baciero publicaron un disco a partir de partituras de las bibliotecas del Conservatorio de Madrid y Marciana de Venecia. Sus Treinta sonatas para clavicordio y Obras para clavicordio y pianoforte fueron editadas en Madrid en 1978. En cualquier caso, no cabe duda de que la figura de Albero es una de las más interesantes del XVIII musical hispánico.
KSE