La Ikastola Karmengo Ama de Alegia se creó en enero de 1967. En un principio su titular era la Agrupación Cultural Ikastola de Alegia y su sede se encontraba en el segundo piso del propio Ayuntamiento. La Ikastola abrió sus puertas en el curso 1967-68, con un único profesor y 20 niños. La única maestra era Begoña Azpeitia, del propio pueblo.
El dramaturgo Inaxio Begiristain Albisu y Juan Mari Oiarzabal Artola fueron dos de los creadores. Una vez que se puso en marcha la Ikastola, un vecino del pueblo, Elixalde, donó 100.000 pesetas a la Ikastola, pero no se supo su identidad hasta que esta falleció. Las Ikastola Karmengo Ama se legalizó el 6 de noviembre de 1969.
La primera aula se situó en el segundo piso del propio Ayuntamiento, pero enseguida comprobaron que necesitaban una segunda aula. Se realizó una petición al Colegio Franconi y la respuesta fue negativa. Por lo tanto, se hicieron con un local en alquiler situado en la calle San Juan, nº 81. En 1978, al construirse la nueva Escuela Pública, la Ikastola se trasladó al local que quedó libre. De hecho, hasta 2003 la Educación Infantil de impartió en ese local. A la Ikastola acudían niños de tres a ocho años y a fin de continuar estudiando en euskara, a continuación acudían a la Ikastola de Tolosa, ya que en el colegio San Juan de Alegia no impartían clases en euskara.
En 1979 necesitaban un aula más y para ello cursaron una petición al Ayuntamiento. Este a su vez propuso la unificación del colegio Público San Juan y la Ikastola Karmengo Ama. Dicha propuesta en un principio genero cierta intranquilidad entre los colaboradores de la Ikastola. Al final, el 6 de septiembre de 1979, la Asamblea de Padres de la Ikastola Karmengo Ama decidió llevar adelante el proceso de unificación con el Colegio San Juan.
A fin de llevar a cabo dicha decisión se reunieron los representantes de una serie de instituciones: la Federación de Ikastolas, el Consejo Nacional Vasco, el Ayuntamiento de Alegia, la Ikastola Karmengo Ama y el Colegio San Juan. Como consecuencia de la fusión propiciada por el Ayuntamiento de Alegia, la Ikastola cambio de nombre y de características. El nuevo titular paso a ser el Gobierno Vasco y su nuevo nombre era el de colegio Público San Juan.
Mientras se desarrollaba el proceso de fusión, los profesores de la Ikastola Karmengo Ama se adscribieron a los del colegio San Juan. En aquel momento había 4 profesores en la Ikastola. El proceso de fusión se llevó a cabo poco a poco. Comenzó en el curso 1979-80 y finalizó en el curso 1983-84, ya que no todos los alumnos y profesores se trasladaron de golpe al Colegio San Juan.
- AGIRRE, Paulo (2012). Ikastolak Gipuzkoan, datutegia. Material inédito.
- Karmengo Ama Ikastola [Web]. [Fecha de consulta: 23 de marzo de 2012].