Este proceso constructivo presenta, en el interior, una irregular planta medieval de triple nave adaptada a la sinuosidad del terreno. Las naves tienen forma de trapecio, con mayor anchura según se orientan hacia los pies del recinto. Destaca la nave central, con un doble tramo, de mayor envergadura y altura que las laterales. Cada nave lateral se dispone con tres tramos irregulares. La cabecera también es trapecial. Uno de sus tramos está integrado en la antigua muralla. El suelo del ábside tiene una altura muy superior al resto de la planta parroquial. Por debajo discurre una cripta de bóveda de medio cañón. En el elevado presbiterio, entre las dos ventanas apuntadas, está colocado un interesante Crucificado. Data de 1941. Es obra del escultor Carlos Elgezua. La planta parroquial cuenta con un desnivel de, aproximadamente, un metro desde la zona de la cabecera hacia los pies. El sistema de cubiertas descansa sobre cuatro robustos pilares, de núcleo circular, que organizan los arcos apuntados para los formeros. Los tramos de las naves laterales se cubren mediante bóvedas de crucería. Para el doble tramo de la nave mayor, así como para la cabecera, se disponen bóvedas estrelladas. Las claves de las bóvedas están talladas con motivos geométricos y antropomorfos. La decoración interna de la iglesia es exclusivamente arquitectónica. Todo el perímetro interior aparece decorado por un excelente triforio corrido que realza el valor artístico del templo. Rompe la robustez de los muros con una sutileza similar a la empleada a la catedral de Vitoria o a la parroquia de San Antón en Bilbao. La estructura del triforio consiste en un antepecho de flores cuatrilobuladas sobre las que se elevan los frágiles arquillos apuntados trilobulados. El remate del triforio es apuntado con motivos trilobulados y cuatrilobulados.
Al exterior, la parroquia se presenta como un bello conjunto medieval de piedra arenisca, adaptado a la irregularidad del terreno y perfectamente integrado en el núcleo de la población pesquera. La cubierta de la nave central es a dos aguas y a una vertiente en las laterales. En la estructura externa, sobresalen los robustos contrafuertes que recogen el peso de las bóvedas mediante varios arbotantes. Los muros de ábside se ordenan y decoran con tres impostas lisas. La torre parroquial está ubicada sobre el pórtico situado en la calle Mayor. Otorga verticalidad al conjunto. La base de la torre se relaciona con la fortaleza de la villa. Se aprovechará esta disposición para unirla al recinto parroquial mediante el levante de una torre campanario. Tiene planta rectangular y se organiza en seis cuerpos. En el primer nivel se abre un hueco apuntado. Segundo y tercer registro son decrecientes y datan del siglo XVI. El resto de la torre es barroco, del siglo XVIII. La cuarta altura tiene planta ochavada y está decorada con cuatro pirámides con bolas. En el quinto nivel, también octogonal y de menor altura, se abren ocho ojos de buey. El cuerpo de campanas octogonal es más esbelto. No desentona con la fábrica gótica general. Cuenta con ocho arquillos de medio punto entre pilastras rematadas con pináculos y bolas. La cubierta de la torre es a ocho vertientes.
La portada principal está situada en la zona suroeste del templo bajo una zona porticada. Este espacio está en el mismo nivel de la calle Mayor. También conecta con la calle General Arnao por medio de una empinada escalinata. Bajo el pórtico todavía se aprecian los arranques de lo que debió ser una bóveda de crucería. Desde la portada, se accede al último de los tramos de la nave derecha. La puerta es de estilo barroco. Data de comienzos del siglo XVII. Fue ejecutada por Domingo de Cardaveraiz. Presenta un pedestal sobre el que se elevan dos pares de columnas dobles estriadas de orden jónico. Los capiteles aparecen decorados con volutas y soportan un entablamento en el que se localiza una talla de madera del Salvador. Existe otra portada lateral en la zona de poniente. Salva el desnivel de la calle a través de seis escalones decrecientes. Este ingreso gótico es apuntado con roscas molduradas totalmente erosionadas. Bajo el tímpano se inscribe un arco quinquelobulado. El contenido mueble parroquial es escaso resaltando, de esta manera, la propia configuración arquitectónica del recinto. En 1836, durante la primera contienda carlista, arde el interior parroquial. Pasto de las llamas desaparecen los retablos, el coro de sillería de nogal así como el archivo.
En 1997, se conmemora el 600 aniversario de la creación de la Hermandad de Gipuzkoa celebrada en la iglesia. Ante el mal estado general y debido a su importancia arquitectónica, se decide una restauración integral del edificio. Al mismo tiempo, se realiza una importante intervención arqueológica. Anteriormente, el arquitecto Fernando Chueca Goitia, se había encargado del proyecto para la restauración de las cubiertas. Se sustituyó la vieja armadura de madera por unas resistentes vigas de hierro. Chueca Goitia también intervendrá en la reconstrucción del desparecido coro. Plantea un coro de doble nivel. El inferior, al que se accede desde la planta parroquial y el coro alto mediante un gran arco de piedra. Ambos coros se comunican con una escalera de madera. En la intervención arqueológica, se reconocen diferentes etapas de ocupación en el interior del lugar. Desde un periodo romano, una necrópolis de tumbas de lajas de los siglos XI y XII, dos ampliaciones del recinto que corresponden con la fundación de Getaria, otra del siglo XV, así como un panteón de tumbas del siglo XVIII. Este tipo de inhumaciones se utilizará hasta 1848, que es cuando se entabla el pavimento de la iglesia. En el interior de las tumbas se localizan importantes ajuares compuestos por monedas, crucifijos y cuentas de rosario.