Como es lógico, el proceso de consolidación (que se concreta en 1978 con el Congreso Constituyente de las CCOO de Euskadi) de un movimiento que nace de un asamblearismo espontáneo, va a estar plagado de dificultades. Como no podía ser de otra forma, la posición en torno al conflicto nacional va a ser uno de los elementos que se sitúan en el centro del debate en esos tiempos. Efectivamente, como hemos visto, militantes de ETA van a estar en el reducido núcleo de activistas que articulan la primera coordinación de Comisiones de Gipuzkoa. Y si bien las diferencias entre esta organización y el PCE van explicar el corto recorrido de la COPG, lo cierto es que la radicalización represiva del régimen va a precipitar otras efímeras estrategias de unidad de acción entre familias del movimiento obrero que responden a sensibilidades nacionales diferenciadas. Asi, en noviembre de 1970, CCOO y ETA firman un manifiesto conjunto que sirve de acicate a la movilización social contra el proceso de Burgos. Sin embargo, a partir de este momento, la relación entre ambas organizaciones se reduce a la mínima expresión. En este sentido, se debe tener en cuenta que para mediados de los años 70, diversas organizaciones de la izquierda abertzale tratarán de articular su propia alternativa sindical.
Previamente, en 1967, la COPG había realizado una clara toma de posición en torno al tema nacional, en la que se compromete a la liberación del pueblo vasco. En paralelo, se definía a Euskadi como marco prioritario de lucha y se establecían precauciones para cualquier tipo de coordinación entre este organismo y los del resto del Estado, en el marco de un "riguroso régimen de confederalidad". Efectivamente, desde ciertos sectores nacionalistas presentes en las Comisiones Obreras, se rechaza la denominación de Comisión Obrera Nacional Española, órgano de coordinación estatal de las comisiones obreras, al considerar que esta denominación atenta con la naturaleza "multinacional de la sociedad ibérica" (CC.OO, 2008).
En paralelo, la incorporación de militancia a las comisiones obreras -muchos de ellos provenientes de otras organizaciones como ETA VI, MCE, ORT, PTE o LCR, junto a sectores cristianos, y lógimamente, aquellos alineados con el PCE- tiene efectos contradictorios. De una parte, este reforzamiento militante explica un incremento de su actividad y presencia pública. Pero, de otra parte, este crecimiennto genera no pocos conflictos, máxime en un periodo de concreción de la estrategia a asumir ante el evidente deterioro del franquismo. En este contexto podemos entender la división que se produce a mediados de los 70. Así, de acuerdo con Ibarra (1993: 128) ya para 1973 la hegemonía del PCE estaba siendo cuestionada en Euskadi, de forma que la correlación interna de fuerzas refleja un equilibrio precario entre dos tendencias: de una parte un sector movimentista que apuesta por la flexibilidad organizativa y un protagonismo en los Jurados de empresa, dominado por el PC; de otra parte, un sector que apostaba por el fortalecimiento organizativo, y que mantenía una estrategia de mayor radicalismo, articulado en torno a la militancia proveniente de organizaciones de extrema izquierda.
Finalmente, ambas tendencias se escinden en 1974. De una parte, la Comisión Obrera Nacional de Euskadi (CONE) se conforma a partir de la COPB, parte de la COPG y nucleos militantes de Alava. Esta corriente, que es mayoritaria, defiende una concepción abierta de las CCOO, acorde con los planteamientos movimentistas del PC. Por su parte, el resto de formaciones, a excepción de LCR-ETA VI (que rechaza la conformación de un movimiento alternativo para no ahondar en la división), conforman la Coordinadora de Euskadi de Comisiones Obreras (CECO). Este grupo, que cuenta con una presencia muy importante en Navarra, apuesta por una estructura organizativa más potente, pero también más cerrada. De igual forma, rechazan la estrategia de participación en las elecciones sindicales. Como resume Ibarra (1993: 133) "teóricamente la posición de CONE era más movimentista y la de CECO más organicista. Sin embargo, en la práctica, las diferencias no eran tan notables (...) Quizá el principal punto de fricción estaba en la mayor o menor radicalidad con la que se enfocaban los conflictos, situándose normalmente la CECO en posiciones más extremistas". Como hemos comentado, en Navarra, la mayor parte de la militancia de CCOO se agrupa en torno a la CECO. Previamente, esta agrupación, que desde 1971 a 1974 rechaza coordinarse a nivel estatal, habría pedido su incorporación a la CONE; propuesta que habría sido rechazada por ésta organización que afirma que "Navarra no forma parte de Euskadi" (Iriarte, 1995: 182).
El 25 de abril de 1976 la CECO trata de celebrar su I Asamblea en Durango, con un orden del día orientado a la recuperación de la unidad de las CCOO. En este sentido, la presencia de 2.000 delegados estaría destinada a mostrar su fortaleza ante la Coordinadora Estatal, de la que estaba excluída como consecuencia de la influencia de la CECO. Finalmente, media hora después de su comienzo, la Asamblea es abortada por la presencia de la Guardia Civil. Por su parte, la CONE celebra el 17 de junio su I Asamblea, con la asistencia de 700 delegados, manifestándose partidarios de recuperar la unidad con la CECO. Finalmente, ese mismo mes ambas organizaciones firman una declaración común y se unifican constituyendo las Comisiones Obreras de Euskadi.
En 1976, tras la muerte de Franco, la Coordinadora Estatal de CCOO trata de celebrar una Asamblea General, que es prohibida por las autoridades. Poco después, el Gobierno permite la celebración del XXX Congreso de UGT, lo que precipita la decisión del CCOO de realizar su asamblea constituyente en la clandestinidad. En este I Congreso, tras un duro debate, se decide convertir el movimiento en una central sindical, lo que es rechazado por ciertos sectores que apuestan por un proceso constituyente desde los centros de trabajo. Finalmente, este sector, cercano a la ORT y al PTE abandonan CCOO y conforman sendos sindicatos que tendrán una fuerza relativa en Navarra.
Con 17.417 afiliados en Euskadi, CCOO celebra en 1978 su I Congreso (tras un intento fallido en marzo de 1977). Este congreso viene marcado por los Pactos de la Moncloa, que son rechazados por una parte muy significativa de la militancia (concretamente casi 400 delegados rechazan la resolución de la dirección, que apoyaba esta firma, frente a 200 que la validan -CCOO, 1978-). Entre los ejes programáticos que se asumen en este encuentro está la definición de CCOO como sindicato de clase, concretado en su "decisión de contribuir a la supresión de este sistema y a la construcción del socialismo" (CCOO, 2008). A su vez, CCOO se declara defensora del derecho de autodeterminación del pueblo vasco y se afirma en el deseo de que Navarra se incorpore al marco institucional vasco. Más concretamente, en este congreso se define que el ámbito de actuación de las CCOO de Euskadi son las provincias de Bizkaia, Gipuzkoa, Alava y Navarra "por considerarse que los lazos políticos, culturales, lengua, etc, que unen al pueblo navarro y a la clase obrera navarra con Euskadi son de tanta entidad que nadie puede poner en duda" (CCOO, 1978: 35). Para evitar suspicacias, tras rechazar cualquier imposición a la población navarra, se apunta que esta decisión "marca la firme convicción de las CCOO de preparar las condiciones para un proceso democrático en el que el pueblo y los trabajadores de Navarra decidan libremente ser parte de la personalidad Nacional de Euskadi". No obstante, estas referencias son matizadas con el tiempo. Así, en 2004, Comisiones Obreras de Navarra limita su relación con la central vasca a una Comisión Interterritoral, configurándose como una organización más de la Confederación estatal. Previamente, en 1992, en el V Congreso celebrado en Bilbao, CCOO de Euskadi se reafirma en su defensa del autogobierno, a la par que defiende "el derecho del pueblo vasco a su autodeterminación y su derecho a ejercitarlo a través de los mecanismos establecidos en la Constitución para su reforma, y/o a través de aquellos que se desarrollen a través del Parlamento Vasco" (CCOO, 2008: 67; 2009: 84).
Junto con esta definición doctrinal, a partir de la transición y sobre todo con la consolidación de la democracia, CCOO asume paulatinamente una estrategia posibilita y pactista (Redero, 2008), aunque manteniendo una lógica más radical que UGT. Ejemplo de ello es la convocatoria en diciembre de 1979 de una huelga contra el Estatuto de los Trabajadores (celebrada en Euskadi junto con ELA). En 1982, esta central firma el Acuerdo Nacional de Empleo, decisión que es fuertemente cuestionada en tierras vascas. En ese periodo, un sector de la central se articula como corriente interna reflejando una división que se hace explícita en el IV Congreso y que se concreta en una bicefalia entre la Comisión Ejecutiva y el Consejo Confederal de Euskadi, que solo se solventa a partir de 1989. Tras la exitosa jornada de huelga del 14 de diciembre, CCOO bascula entre una primera unidad de acción con ELA y UGT, concretada en 1990 en una serie de acuerdos en torno a la negociación colectiva; otra estrategia la colaboración con ELA y LAB, que se explicita en 1991 en el acuerdo por la reindustrialización y el empleo o en 1995 en la firma del acuerdo vasco de formación continua. Sin embargo, a partir de mediados de los 90, CCOO se distancia de ELA y LAB como consecuencia de la radicalización del discurso soberanista de estas formaciones, manteniendo desde entonces una unidad de acción en solitario con UGT. Esta división del sindicalismo vasco se refleja en la celebración de jornadas de huelga diferenciadas a nivel estatal (secundadas por CCOO y UGT siguiendo la fecha marcada a nivel estatal) y a nivel vasco (promovidas por ELA, LAB y otras centrales minoritarias o sectoriales en días previos a la cita estatal). Una dinámica de división sindical que solo se quiebra con la convocatoria unitaria de una huelga por las 35 horas, celebrada el 21 de mayo de 1999. CCOO rechaza, no obstante, participar en el resto de huelgas convocadas por la mayoría sindical vasca a lo largo de la pasada década (como la celebrada el 21 de mayo de 2009), aunque secunda la convocatoria de paro convocada por ELA y LAB para el 29 de junio de 2010. Actualmente, CCOO Euskadi cuenta con 54.000 afiliados (CCOO, 2009) y 2.000 delegados que representan el 20% del total de la CAPV. Por su parte, CCOO de Navarra, que sumaba casi 17000 afiliados en 2009, cuenta en 2011 con 1.671 delegados, lo que supone un porcentaje de representatividad del 25,5%, por debajo de UGT que acapara el 29,47%..