Primer obispo de México. Nacido en Durango en 1468, fallecido en Ciudad de México el 3 de junio de 1548.
Hijo de Juan López de Zumárraga y Teresa de Láriz y Muncháraz, miembros ambos de distinguidas familias de la tierra (Ruiz de Larrínaga, 1948).
Se conocen pocas noticias sobre su formación. El Padre Cuevas dice en su Historia Eclesiástica de México que "salió de Vizcaya muy joven; pero no por eso dejó de ser muy amante de su tierra, antes bien, siempre continuó siendo vascongado en su honradez patriarcal, en su nobleza y hasta en su poca seguridad en el habla de Castilla" porque, como él decía de sí mismo, "no mamé este romance".
Las noticias relativas a su profesión franciscana son contradictorias habiendo quien piensa que, residiendo en Valladolid, se ordenó en Aránzazu (Mendieta), en Abrojo (Wading, Arturo) o en el convento grande de Valladolid (Matías Alonso, Daza). Según su principal biógrafo (García Icazbalceta, 1881), lo hizo antes de 1514. Fue guardián de San Francisco de Ávila y ministro provincial (1520-1523) de la orden. En 1523 se le encomendó estudiar y resolver el asunto de la Recolección provincial de Nuestra Señora de la Concepción. Pasó al convento del Abrojo (cercano a Valladolid, hoy desaparecido) a practicar él mismo la vida recoleta, con 55 años o más de edad. En 1526 le nombraron guardián del convento, cargo en el que se hallaba cuando Carlos V hizo su retiro en el mismo.
El conocimiento mutuo llevó al Emperador a nombrar a Zumárraga Delegado Inquisitorial en Navarra y Vascongadas, sacudidas por el fenómeno brujeril. En el verano de 1527 se trasladó a Navarra junto con su correligionario P. Fr. Andrés de Olmos aunque su actuación debió de ser de corta duración. Una nueva comisión imperial lo llamó a Indias ese mismo año. Embarcó rumbo a México en Sevilla en agosto de 1527, después de ser designado obispo. Debía de llevar un equipo de coadjutores, objetos de culto y marchar con la nueva Audiencia Civil a organizar la diócesis de la capital de Nueva España. Se le facultaba como protector de los indios.
Allí hubo de enfrentarse a los abusos de la Real Audiencia, incluso a las acusaciones contra su persona y a graves tumultos. También le cupo participación en la aparición de Nuestra Señora de Guadalupe entre el 9 y 12 de diciembre de 1531. En consecuencia, se le llama para efectuar su información debiendo de vivir en la Corte hasta ser consagrado en Valladolid en abril de 1533. Había traído consigo a un hijo y a un sobrino de Moctezuma y visitó Durango en el invierno de 1532-33 llevándose a algunos paisanos y sobrinos. Gestionó, asimismo, el establecimiento de la primera imprenta y la erección canónica de la primera catedral.
Al año siguiente vuelve a México; su sugerencia de crear los virreinatos de Nueva España y Perú van a llegar a buen puerto. Se le nombra Inquisidor de Nueva España (1535) presidiendo el Tribunal inquisitorial hasta 1543, año en que se le cesa por su dureza con los indios idólatras. De 1537 es su carta (15 de febrero) a Catalina Ruiz interesándose por su familia, a la que envía regalos, y por asuntos de su tierra, así como por lo que Otte (1979) denomina "la obra predilecta de su vida", una hospedería franciscana en su casa Goienkale de Durango. Se trata de un extenso texto que contiene un importante fragmento en euskera, anterior al libro de Etchepare de 1545, que Michelena estudió en 1981 con la colaboración de Tovar y Otte, publicando asimismo la traducción del licenciado Ortiz de Vedia.
Los últimos años de su vida los dedicó con preferencia a la cultura y a la asistencia. La primera imprenta de América había comenzado a funcionar en el palacio episcopal en 1539, donde, por ende, apareció el primer libro americano. Fundó (1536) y apoyó Zumárraga totalmente el Imperial Colegio de Santa Cruz de Tilatelolco donde comenzó a prepararse a jóvenes indígenas en el nuevo idioma y Andrés de Olmos redactó en 1547 la primera Gramática de náhuatl. Los misioneros (Toribio de Benavente, Bernardino de Sahagún, Jerónimo de Mendieta, etc.) hicieron en él una gran recogida de datos sobre el continente recién descubierto. También se debe a este durangués un hospital de contagiosos creado en Veracruz. El 8 de julio de 1547 fue promovido Arzobispo.
Muere, pobre y endeudado, el 3 de junio de 1548 siendo enterrado junto al altar mayor de la iglesia de México.
Se conservan varios retratos suyos: el más antiguo es el de la galería de Arzobispos de México, posible obra de Baltasar de Echave. El segundo, sito en el Palacio Nacional de México, es parecido al anterior. El tercero, de medio cuerpo, es un dibujo de Lucas Atamán obtenido del retrato de la galería. El cuarto es un grabado en busto. Modernamente, lo retrató Alberto Arrúe, para la casa de Juntas de Gernika.