Era una iglesia bayonesa que se encontraba situada al final de la calle Bourgneuf, y que había desaparecido ya a principios del siglo XX, dejando, no obstante, un recuerdo preciso entre los viejos bayoneses. Existió una iglesia mucho más antigua conocida por el nombre de San Andrés y más tarde por el de Santo Tomás. La iglesia de San Andrés está citada ya en el Libro de Oro y declarada en varias actas de la Corporación Municipal «reputada como la más antigua de esta ciudad». Servía ya de oratorio cuando fue donada por el papa Juan XXII a los Dominicos de Bayona, con un cementerio, una plaza adyacente y todos los derechos que le pertenecían. Y resulta muy curiosa la larga querella que se suscitó en tal circunstancia, entre los Hermanos Predicadores y los canónigos de la iglesia catedral. Balasque resume magníficamente este largo proceso en su valioso Estudio Histórico del antiguo Bayona. Y resulta muy interesante, contada por este historiador, la relación de las peripecias de la lucha mezcladas con riñas a mano armada y con una sentencia de excomunión. Finalmente y a pesar de todo, la victoria fue para los Dominicos, que tomaron posesión de la capilla de San Andrés. Al parecer ésta cambió de nombre enseguida, pues al final de la Edad Media se llamaba iglesia Santo Tomás. Durante el siglo XVI, sirvió de almacén de municiones de artillería y en su atrio se alinearon numerosas piezas de cañón. Estas últimas fueron enviadas al sitio de Rabastens durante las guerras de religión. En 1571 François de Marsalle cometió en ella un robo, siendo colgado por este delito; y finalmente, en 1585, servía de lugar de reunión a la corporación de los toneleros. Con el siglo XVII, cambió una vez más de propietarios; debía de servir como iglesia parroquial, pues en 1607 se colocó una campana y se hicieron diversas reparaciones. Cuando finalmente en 1615, la princesa Elisabeth de Francia, hija de Enrique IV, que iba a casarse con el príncipe de España, más tarde Felipe IV, aprovechó su estancia en Bayona para fundar en ella un convento de Capuchinos. La capillita de Santo Tomás fue cedida a los nuevos religiosos por los Padres Dominicos, y desapareció con el convento de los Capuchinos. Ref. Edouard Duceré: Dictionnaire historique de Bayonne, 2 vols, Bayonne, 1911-1915.