Este monasterio se halla situado en los históricos linderos del reino de Pamplona con el de Castilla, sufriendo directamente las desavenencias entre ambos. Es parte tradicional de La Rioja, la región más meridional del reino vascón. Sus orígenes se suelen remontar a un San Millán o Emiliano, muerto, según parece, en el 574. Sus restos mortales habrían sido sepultados en el monasterio de Suso o de arriba dando ello lugar a la formación de una comunidad de clérigos. En el s. X esta comunidad está perfectamente organizada. La historia del monasterio de San Millán corre la suerte del resto de la zona, invadida por Castilla, recuperada por Pamplona, siempre al azar de los acontecimientos. San Millán se halla en la entonces zona de habla vasca, como todo el occidente de La Rioja y La Bureba. Con García II Sánchez (931-970) sigue la suerte del resto del reino a tenor de las invasiones. Dada su situación estratégica, ambos reinos mimarán el monasterio procurando atraérselo. De ahí, por ejemplo, el privilegio de inmunidad y exención civil y eclesiástica otorgado por dicho rey de Pamplona en el 959. Un doc. del 971 nos da a conocer que seguía la regla de San Benito. En el 984, reinando Sancho Abarca (970994) se consagró una nueva iglesia mozárabe. En el 1002, bajo el reinado de García el Tembloso, sufrió la iglesia un incendio durante las correrías de Almanzor. Bajo Sancho el Mayor (1004-1035) recibe muchas donaciones y cesiones reales y señoriales, llegando en 1028 a titularse su abad obispo de Pamplona y Nájera. Este rey le concedió también (1011) el derecho de pasturaje para sus ganados en todo el reino, de la misma forma en que lo tuvo con anterioridad en tiempos de su abuelo Sancho Abarca y de su padre García Sánchez, Ordoño III de León y el conde Fernán González. También el conde Eneco Lopiz de Vizcaya le hace objeto de una donación en 1051: Santa María de Izpea. El número de monjes aumentó hasta tal punto que, bajo García el de Nájera (1035-1054), se comenzó a construir un nuevo monasterio, no ya en la alta montaña sino en el valle: San Millán de Yuso, concluido en 1053. El traslado de monjes y reliquias de Suso a Yuso dio ocasión a grandes solemnidades y más donaciones.
En 1076, con motivo de la desmembración de La Rioja del reino debido a la invasión castellana, pasa a la soberanía del rey de Castilla, Alfonso VI, que le hace objeto de favores y prodigalidades. Con la restauración del reino de Pamplona por la paz de Támara en 1127, el monasterio de San Millán vuelve a ser el santuario famoso y venerado de los pamploneses. Su patrimonio es muy importante y su gobierno alcanza a más de cien prioratos.
| Abades de la éopoca pamplonesa | |||||
| Ferrucio Sancho Pedro Félix Pedro Juan | 996-1029 1057 y 1062 1118-1139 1181 1196 1228 | Pedro Blasio Pedro Lucas García | 1029-1031 1074-1089 1146 1191 1209 | García Juan Juan García Fernando | 1030 1097-1120 1147 1194 1217 |
En 1076, con motivo de la desmembración de La Rioja del reino debido a la invasión castellana, pasa a la soberanía del rey de Castilla, Alfonso VI, que le hace objeto de favores y prodigalidades. Con la restauración del reino de Pamplona por la paz de Támara en 1127, el monasterio de San Millán vuelve a ser el santuario famoso y venerado de los pamploneses. Su patrimonio es muy importante y su gobierno alcanza a más de cien prioratos.