Guerra de 1936-1939. Al producirse el alzamiento militar de julio de 1936 permaneció en poder de la República. Su proximidad de los frentes alavés y guipuzcoano lo convirtió en base de los ataques sobre Alava y en uno de los primeros objetivos de la ofensiva nacional sobre Vizcaya, al constituir la auténtica «llave del Duranguesado». El 20 de julio pasó por Otxandio hacia Legutiano (Alava) una columna republicana formada en Bilbao, que, tras conquistar aquella población, la abandonó, regresando a Otxandio. Ello dió ocasión a que se produjera el 22 de julio un raid de tres aparatos nacionales sobre la villa vizcaína causando una treintena de muertes, civiles en su mayoría ya que el punto más castigado fue la plaza de Andikona, que se encontraba muy concurrida en aquellas horas de media mañana. Era el primer bombardeo aéreo sobre una localidad vasca. En la fracasada ofensiva sobre Legutiano de diciembre de 1936 fue Otxandio la base de la retaguardia vasca. Ante la ofensiva nacional de primavera de 1937, Otxandio se encontraba defendido por la línea llamada «de Mekoleta», cuyos puntos principales eran el Motxotegi, la cota 811 y el Miruregaina. La importancia estratégica de la villa era grande, ya que de ella partían los accesos a los importantes puertos de Barazar, Sumeltza y Urkiola. Según los planes del Alto Mando nacional la toma de Otxandio habría de hacerse por el ataque combinado de la I Brigada y la IV que partirían, respectivamente, de Legutiano y del Valle de Léniz, contando con fuerte apoyo aéreo y artillero. Planes que se cumplieron, aunque las previsiones nacionales sobre la duración de la operación resultaron excesivamente optimistas. El 31 de marzo, fecha en que se inició la ofensiva sobre Vizcaya, el sector de Otxandio, población incluida, sufrió durísimos ataques aéreos en los que se emplearon, según un autor nacional, 98 toneladas de bombas y 45.000 cartuchos de ametralladora. Los días 1 y 2 de abril prosiguen los laboriosos avances de las Brigadas I y IV hacia Otxandio. Tras la jornada del 3, en que se producen algunos contraataques de las fuerzas vascas, el 4 lanzan las brigadas nacionales el ataque definitivo. Tras intensa preparación artillera y aérea la IV Brigada se apodera del Miruregaina y de la Cota 811, mientras la I ocupa, apoyada por la III, el pueblo de Olaeta. Queda así Otxandio copado por el S. y E. La aviación, mientras tanto, machaca sistemáticamente las posiciones de los batallones vascos. Según el periodista G. L. Steer, entre el mediodía y las cinco de la tarde hubo continuamente una cuarentena de aparatos nacionales sobre Otxandio, contándose en algún momento hasta 55 aviones, los cuales se relevaban en Vitoria. Ante la dureza del ataque y el temor de verse rodeados, los diezmados batallones vascos abandonaron Otxandio para reagruparse en los puertos de Barazar, Sumeltza y Urkiola. Las bajas entre las fuerzas republicanas fueron muy cuantiosas, debidas principalmente a la aviación. Los nacionales contaron en el campo de batalla más de 400 cadáveres abandonados por las milicias. El batallón «Saseta» sufrió en Otxandio las bajas de dos tercios de sus efectivos. El material abandonado fue también considerable.