Como sede del futuro Museo se eligió la antigua estación del Ferrocarril del Urola en la villa de Azpeitia, provincia de Guipúzcoa. Las instalaciones ferroviarias de esta dependencia reunían una serie de requisitos que la convertían en un lugar idóneo para esta nueva función:
- 1.- Los terrenos e instalaciones eran propiedad del Gobierno Vasco.
- 2.- Al haber sido Azpeitia la estación principal del ferrocarril del Urola, contaba con instalaciones apropiadas como los antiguos talleres y cocheras, las oficinas generales y la subcentral de tracción eléctrica.
- 3.- La propia arquitectura de los edificios de esta estación, diseñados por el ilustre arquitecto Ramón Cortazar, las hacía merecedoras de ser preservadas.
- 4.- Sin lugar a dudas, el entorno ferroviario de esta antigua estación, resultaba el más apropiado para un museo de estas características.
- 5.- La proximidad del Santuario de Loyola, cuna del fundador de la Compañía de Jesús, convierten a Azpeitia en uno de los focos de interés turístico más atractivos del País Vasco, lo que garantiza un flujo constante de visitantes.
En el verano de 1990 se procedió al acondicionamiento provisional de las antiguas cocheras, durante un tiempo compartidas con los autobuses de EuskoTren que efectuaban el servicio sustitutorio por carretera del desaparecido ferrocarril, mediante el cerramiento de puertas y ventanas. Concluida esta operación, se inició el traslado a estas instalaciones de los vehículos históricos que iban siendo preservados, incluidos los estacionados en el viejo túnel de Arrona.
Entre tanto se contrató el estudio arquitectónico de recuperación de las instalaciones ferroviarias abandonadas para su reutilización como sede del Museo. El 18 de julio de 1990 se presentaba el proyecto a los medios de comunicación en la casa de cultura de Azpeitia y, el 3 de diciembre del mismo año, comenzaron las obras de la primera fase del Museo. Entre tanto, continuaba la labor de preservación y se inició con la locomotora de vapor Aurrera, construida por Nasmyth & Wilson en 1898 para el ferrocarril de Elgoibar a San Sebastián, las primeras restauraciones funcionales.
La primera fase del Museo Vasco del Ferrocarril se inauguró el 20 de enero de 1992. La intervención afectaba a los antiguos edificios de viajeros y oficinas de la estación. En el primero se habilitaron dos salas de exposiciones en las que se reflejaba el pasado ferroviario de Euskadi, completándose el conjunto con un salón de actos y biblioteca en el edificio que albergaba las antiguas oficinas administrativas del Ferrocarril del Urola.
En cualquier caso, esta primera fase no era sino una pequeña muestra de lo que iba a ser el Museo Vasco del Ferrocarril. Al mismo tiempo que se trabajaba en la formación de las colecciones, mediante la preservación de vehículos, equipos y documentos, proseguía el programa de restauración, intentando en la mayoría de los casos, no sólo proceder a una reparación cosmética, sino también a la puesta en servicio de los vehículos. Entre tanto, el 3 de diciembre de 1992 comenzaban las obras de la segunda, y por el momento definitiva, fase del Museo.
Finalmente, el 4 de octubre de 1994, bajo la presidencia del Lehendakari José Antonio Ardanza, quedaba inaugurada la segunda fase del Museo cuyas intervenciones más importantes se centraban en:
- 1.- Recuperación del antiguo edificio de cocheras y talleres, convertido en salas de exposición del material móvil así como de la importante colección de máquina-herramienta ferroviaria, preservada por el Museo.
- 2.- Restauración de la antigua subestación de tracción, en la que, por una parte, se han recuperado las antiguas instalaciones de transformación y rectificación y, por otra, se ha creado una gran sala de exposición de elementos de utillaje ferroviario (placas de construcción, faroles, teléfonos, maquetas, etc.).
- 3.- Reconstrucción de un puente giratorio y una pequeña rotonda para locomotoras de vapor.
- 4.- Construcción de un nuevo taller en el que se efectúa el mantenimiento del material móvil operativo e incluso trabajos de restauración.
- 5.- Cerramiento y urbanización de la parcela.
Meses antes de la inauguración de la segunda fase del Museo, en enero de 1994, y con el propósito de agilizar la gestión de esta institución, su titularidad fue encomendada a la Sociedad Pública dependiente del Departamento de Transportes y Obras Públicas del Gobierno Vasco Eusko Trenbideak/Ferrocarriles Vascos, S.A., más conocida por su nombre comercial EuskoTren, empresa que desde entonces impulsa los objetivos de esta institución cultural.
Cuatro años más tarde se completó el proyecto del Museo Vasco del Ferrocarril con la puesta en marca, en junio de 1998, del Tren de Vapor del Valle del Urola entre Azpeitia y Lasao, primera fase de un proyecto más ambicioso que pretende alcanzar la estación de Zumaya, lo que permitirá la conexión con la red general de ferrocarriles de vía estrecha que recorre toda la cornisa cantábrica desde la frontera francesa hasta Galicia.
De este modo, el Museo Vasco del Ferrocarril cubre una doble función: las propias de una institución de este tipo y la explotación de un tren histórico que, en la actualidad es el único en España gestionado prácticamente en exclusiva mediante locomotoras de vapor-carbón, ya que la utilización de los vehículos preservado de tracción diesel se limita a maniobras y servicios especiales.