En la zona exterior, los diques constituyen ya por sí solos una importante pieza de exposición, pues datan del siglo XIX y principios del XX. Éstos dan cabida a otras numerosas piezas; varias embarcaciones restauradas (Nuevo Antxustegi, Portu...), la popular grúa Carola, o la antigua Casa de Bombas. Además, los diques están habilitados para acoger la llegada de barcos invitados, que forman parte de la exposición temporal. Estos son los casos del Endeveaur, Cuacthemoc, Eendracht o el Thalassa.
En el interior del Museo, la exposición está articulada en torno a tres temas principales: el entorno físico de la Ría, la evolución del comercio en Bilbao y sus alrededores, y la evolución de la industria en relación con el entorno. Diferentes tipos de maquetas, un recorrido por la historia marítima de Bilbao o recreaciones a tamaño natural, son parte de lo que el visitante encuentra al acercarse al MMRB-BIIM.