i3B ha llevado a la práctica los siguientes modelos de innovación sectoriales:
- MICE - Modelo de Innovación de Centros Educativos.
- MICE-U: Universidad.
- MICE-C: Centro Grado Medio.
- MIOS - Modelo de Innovación de Organizaciones de Salud.
- MIRAC - Modelo de Innovación de Restauración de Alta Cocina.
- CCi-Pymes - Modelo de Innovación para Pymes.
El instituto ha desarrollado proyectos y servicios de E-Business, factura electrónica (Consorcio de Aguas Bilbao-Bizkaia, NaturGas), soluciones de E-Government (Gobierno Vasco y Castilla la Mancha), servicios de seguridad de la información y herramientas de firma electrónica, voto electrónico (Kutxa, Banco Guipuzcoano y Gobierno Vasco), etc. Además de realizar proyectos de investigación con clientes, ha participado en otros proyectos junto con empresas y centros tecnológicos a nivel estatal y europeo. Entre ellos, ha participado en INREDIS, proyecto CENIT (Consorcios Estratégicos Nacionales de Investigación Técnica) enmarcado dentro del programa INGENIO 2010 del Gobierno español y que es gestionado por el CDTI (Centro de Desarrollo Tecnológico Industrial).
I3B es socio de Innobasque, Agencia Vasca de Innovación, y está afiliado al programa i2basque del Plan Euskadi en la Sociedad de la Información, plan que es desarrollado por iniciativa del Departamento de Educación, Universidades e Investigación del Gobierno Vasco. Entre otras alianzas que mantiene el instituto, colabora con la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea en la impartición del Máster universitario en Gestión de la Innovación y el Conocimiento.