La Ikastola de Lazkao se creó en 1963, en una época en la que en todo el Goierri sólo existían escuelas en castellano. Ese año, a iniciativa de Jaxinto Setien y Aitor Murumendiaraz, se juntaron algunos padres, profesores y colaboradores y dieron los primeros pasos para poder crear la Ikastola. En un principio, aquella escuela que contaba con quince alumnos se denominaba Ikastola San Miguel y se ubicaba en la casa Bordatxuri. Se trataba de un local del convento de los Benedictinos, en la calle Elosegi, y los utilizaban las mujeres del pueblo.
Aquella primera ikastola se puso en marcha con dos maestras, María Isabel Aldasoro y Mari Karmen Eizagirre. Esos primeros años, el titular de la Ikastola era la Iglesia y se denominaba San Miguel. No faltaban las dificultades en aquella primera Ikastola del Goierri. La falta de espacio era notable y, a fin de hacer frente a tal necesidad, utilizaron locales cedidos por los frailes, las monjas y por varios vecinos del pueblo. En relación al profesorado, resultaba muy complicado encontrar profesores titulados que supieran euskara. La metodología era también nueva, por lo que además de verse obligados a realizar unas prácticas durante nueve meses, se organizaron diversos cursillos para los profesores. Por otra parte, en el contexto político de la época, una Ikastola no se veía con buenos ojos. Pero a pesar de todos los problemas, la iniciativa salió adelante. Avanzando poco a poco, en el curso 1967-68 se ofrecen por primera vez 4 niveles de Enseñanza Primaria.
En 1970 se produjo el primer cambio. Al recaer la titularidad de la Ikastola en los Benedictinos, la nueva sede se estableció en Mikelar. Al cabo de un año de titularidad de los Benedictinos la Ikastola obtiene la legalización y se denomina San Benito. Dicho año, el máximo responsable de la Ikastola era Miguel Altolaguirre Sarasola, religioso del convento de los Padres Benedictinos de Lazkao. A la hora de explicar los motivos de este cambio, hay que mencionar la imperiosa necesidad de obtener la legalización. Ese año, la organización pedagógica de la Ikastola era la siguiente: en la casa parroquial, 1.er aula, de primer y segundo curso (29 niños), con la maestra María Lurdes Estensoro; 2ª aula, de primer y segundo curso (32 niñas), con la maestra María Pilar Eizagirre Eizagirre; en la casa Pax, 1.er aula, de tercer y cuarto curso (14 niños), con la maestra María Lurdes Estensoro Eskizabel; 2ª aula, de tercer y cuarto curso (23 niñas), con la maestra Trinidad Asuabarrena Zelaipe. En 1973 falleció el director Miguel Altolaguirre y nombraron como nuevo director y titular de la Ikastola a Antonio M.ª Yarza Zendoia.
En 1983 se crea la Asociación cultural Ikastola San Benito, cambio de titular, ya que de ahora en adelante la titularidad recaerá en dicha Asociación Cultural y la sede estará ubicada en la plaza Euskadi nº 5, si bien mantiene el nombre de San Benito.
Esos años, al igual que en otros pueblos de la zona, los vecinos de Lazkao debían acudir a la Ikastola de Beasain a preparar el Bachillerato. En el curso 1983-1984 Lazkao sólo acogía a los jóvenes hasta los 14 años y ese año contaba ya con 280 alumnos. Ya en 1984 la primera promoción terminó 8º de EGB y levantan un nuevo edificio en la plaza Euskadi.
En el curso 1986-87 comenzaron a impartir el Bachillerato y a lo largo de los años posteriores, acogió a alumnos de pueblos vecinos. Para ello, en 1992, se inauguró el comedor, que resultaba indispensable. Los siguientes años se pone en marcha el proyecto de bilingüismo temprano y la oferta educativa se amplía creando las aulas de 2 años.
El 19 de febrero de 1993 el Parlamento Vasco aprobó el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. Dicha ley hizo que se originase cierta controversia en la Ikastola y en el pueblo. La Ikastola debía elegir su camino: mantener su carácter privado o incorporarse a la red pública. En esa encrucijada la Ikastola decidió permanecer dentro de la red privada. Cuando entró en vigor la LOGSE en 1993, llegaron a Lazkao alumnos provenientes de toda la comarca. Los alumnos de la ESO tuvieron que desplazarse desde los pueblos más pequeños y la Ikastola acogió a muchos de ellos.
Durante el curso 2003-04 se celebró en Lazkao la fiesta de las Ikastolas de Gipuzkoa, KMK'03. Dicho año la Ikastola de Lazkao se convirtió en cooperativa y obtuvo la distinción Q de Plata. A comienzos del curso 2004-05 se terminaron las obras de ampliación del edificio San Prudencio, el recubrimiento del patio interno y otros trabajos de renovación. Los próximos años, 2005 y 2006, se puso en marcha el nuevo comedor.
En 2012, la Ikastola San Benito es un centro concertado y cuenta con 850 alumnos. Los alumnos se distribuyen en tres núcleos diferentes: en el edifico Mikelar, los niños de Preescolar; en el edificio San Prudencio, los de Educación Ifantil y enseñanza Primaria, y en el edificio San Benito, los alumnos de ESO y ESPO.