En 1964 en varios pueblos de Gipuzkoa, principalmente en aquellos que contaban ya con una Ikastola antes de la Guerra, comenzaron a crear ikastolas. En aquella época, los niños comenzaban a la escuela con 5 años, pero en los grupos de Ikastolas apostaron por empezar a escolarizar a niños de 3 años. En ese contexto, en el curso 1964-1965 tres avezados padres que contaban con niños en edad de preescolar (Joanito Erguin, Joanito Agirre y Josetxo Zufiaurre), se pusieron en contacto con otros padres con el objetivo de crear una Ikastola, para que sus hijos pudieran ser escolarizados en euskara.
La respuesta de los vecinos del pueblo fue muy buena. Así, de unos quince a veinte padres jóvenes enseguida se ofrecieron a enviar a sus hijos a aquella escuela. En aquella época, y también más adelante, a nivel jurídico el único camino que se contemplaba para poder abrir una escuela en euskara era el de crear un centro privado registrado como Escuela Parroquial bajo el amparo de la Iglesia. Así, hablaron con el párroco Don Segundo Dorronsoro y éste inmediatamente dio su beneplácito para poder desarrollar el proyecto.
La legislación española admitió a duras penas, y medio obligada, aquel ente denominado Jardín de la Infancia Nuestra Señora de Loinaz (hasta 6 años), registrándolo como Catequesis Parroquial, con el visto bueno de los párrocos. Para poder contar con los niños mayores de 6 años, tuvieron que recurrir a la fórmula de la Escuela Parroquial y de la noche a la mañana de ser Nuestra Señora de Loinaz, en 1968, pasó a denominarse Escuela Parroquial Nuestra Señora de Loinaz. En relación a las aulas, la Parroquia cedió el sótano que contaba para las Actividades Católicas de las Mujeres en la calle San Ignacio. Carecía de aseos y cuando llovía entraba el agua. Pero allí comenzó la Ikastola de Beasain el 7 de enero de 1965, con unos 25 niños de tres a cuatro años.
En el curso 1965-66 la maestra Ixabel Olano permaneció en aquel sótano, con 47 niños de 3 niveles (3, 4 y 5 años). En el siguiente curso (1966-67) desde el comienzo (septiembre de 1966), comenzó a trabajar la profesora titulada Iñake Irastorza y en aquel curso de inicio había 56 niños pero en cuanto hubo más sitio llegaron a ser 85 niños.
Si bien iniciaron el curso 1966-67 en la calle San Ignacio, pronto se mudaron a los locales de la casa de los Olano (en el nº 4 de la calle Erauskin), el 9 de diciembre de 1966, y enseguida ocuparon dos de las cuatro aulas que había preparado. Durante el transcurso de ese año, llegaron a contar con 85 alumnos y llenaron todas las aulas adecuadas para tal efecto. La casa de los Olano no fue la única Ikastola diurna. Así, en el curso 1966-67 comenzaron su andadura la Escuela Nocturna de Beasain, para impartir clases de euskara. Resumiendo, se convirtió en Euskaltegi, Escuela de Música, centro de reunión, colonia de verano, etc ... La casa de los Olano, a pesar de los problemas que supone la acumulación de tales eventos, ayudó a desarrollar cierto sentimiento de pueblo.
Es necesario mencionar igualmente el trabajo de las maestras de esa época. Además de enseñar a los niños, realizaban todo tipo de tareas, desde la limpieza de las aulas hasta el cobro de las cuotas. Sólo algunas de las maestras tituladas contaban con Seguridad Social y como los colaboradores no podía contar con dicho seguro, Lagun Aro estableció un seguro especial para ellos en caso de enfermedad, pero sin asegurarles la jubilación o cualquier plan de previsión. Por otra parte, fueron muchas las maestras que trabajaron durante años sin ningún tipo de seguro. En relación al sistema pedagógico, por lo menos durante los primeros años, se basaba en los sistemas y materiales diseñados por Elbira Zipitria.
En el curso 1968-69 se inauguró la primera sede en casa de Don Jesus Dorronsoro (en el nº 26 de la calle José Miguel Iturriotz), con 15 niños y con la ayuda de la maestra Maria Anjeles Garmendia. Después de esta ubicación, pasó a los locales de la Asociación de Padres en la calle Juan XXIII y todos los niños de preescolar de aquel barrio se juntaban allí, bajo la tutela de un maestro. En su momento de mayor auge, contaba con unos 30 niños y en 1977 abandonó esa aula multidisciplinar.
Durante ese curso, 1968-69, los alumnos de Bachiller pasaron al antiguo Liceo junto con sus profesores y con el objetivo de proceder a su unificación dos colegios comenzaron a desarrollar una estrecha colaboración: la Ikastola (oficialmente la Escuela Parroquial Nuestra Señora de Loinaz) y el Liceo Alkartasuna. En el proyecto inicial, la primera iba a convertirse en la primera Ikastola de Beasain (con alumnos de hasta 10 años) y la segunda pretendía ser el colegio de Bachiller euskaldun de toda esa comarca (impartiendo los 6 años de estudios de Bachiller de 10 a 16 años).
Viendo la necesidad de contar con un centro de enseñanza, querían adquirir el colegio de los Carmelitas y una vez más se originó un proceso de captación de fondos, creándose una nueva asociación. En 1968 se designó un nuevo titular para la Ikastola, la SA Aranealde, siguiendo el ejemplo del Liceo Santo Tomas de San Sebastián. El plazo para poder comprar acciones de la SA Aranealde se abrió al público el 9 de noviembre de 1968 y en un principio se emitieron bonos de 500 pesetas. Del 15 al 30 de julio de 1969 se formalizaron las escrituras de la compra y las de la hipoteca. A cada pueblo de la comarca se le adjudicó un porcentaje determinado según el número de alumnos y aquel mismo año Beasain había adquirido ya el 80 % de lo que le correspondía, Lazkao el 30 %, Ataun el 18 %, Idiazabal el 60 % y Segura el 100 %, pero el resto de poblaciones no había aportado nada. Por otra parte, se generó un contencioso administrativo con el Ayuntamiento de Beasain.
En el curso 1971-72, se inauguró la escuela en uno de las viviendas de Joan Ignacio Oiarbide situadas sobre la carpintería Arozbi de la calle de los Fueros, bajo la tutela de la maestra María José Azkarate. Además, en una nueva iniciativa, se organizaron una serie de aulas en los garajes de Andramendi (calle de los Fueros). Con el tiempo, a pesar de abandonar las mismas, la Ikastola mantuvo dos aulas de 3º de EGB en los prefabricados de la calle Florencio Axpe. Los niños escolarizados en ese lugar, pasaban a continuación a la sede central de la Ikastola en la casa Olano para iniciar 1º de EGB.
Durante el curso 1973-74, los problemas que se dieron entre los dirigentes de la Ikastola "Escuela Parroquial Nuestra Señora de Loinaz" de Beasain y el Liceo Alkartasuna causaron un profundo malestar. Sería difícil reproducir todas las razones de cada una de las dos partes.
Durante esos años, viendo la necesidad de crear una nueva Ikastola, el objetivo principal era doble, es decir, legalizar completamente los niveles de enseñanza (EGB-BUP-COU) y crear un nuevo centro (el nuevo Liceo Alkartasuna) en los terrenos del caserío Andramendi. Para financiar la construcción del nuevo edificio, todos los padres de la cooperativa y los socios colaboradores realizaron cada uno una aportación de 15.000 pesetas. Aquellos que no abonaron la cantidad directamente en metálico, tuvieron la opción de obtener un préstamo de una de las Cajas de Ahorro. Abonaron dicho préstamo con pagos anuales a lo largo de 5 años. Además, en el curso 1976-77, plasmando una idea que el socio Josu Erguin trajo de América, se organizó en Beasain una gran celebración bajo el nombre Kilometroak 77. Dicho evento tuvo lugar por primera vez el 9 de octubre de 1977. Unas 15.000 personas se reunieron en el circuito aquel día.
En 1993 el Liceo Alkartasuna tuvo que adaptarse al modelo ideado por el Departamento de Enseñanza para las ikastolas y en una votación realizada el 20 de mayo de 1993, la mayoría simple de los socios (55 %) decidió otorgar a la Administración la propiedad, la titularidad y todos los derechos de la gestión directa, convirtiéndose en Escuela Pública. Sin embargo, aquella mayoría simple, de acuerdo a los Estatutos de la Cooperativa, no resultaba suficiente para poder disolver la misma y hacer que la Ikastola se convirtiese en escuela pública. Los Estatutos contemplaban una mayoría de 2/3 (66,66 %) para poder efectuar semejante transición y los defensores de la misma no habían obtenido dicho margen. Legalmente era condición sine qua non cumplir ese requisito, sin embargo el Liceo Alkartasuna quedó en manos de la Administración del Gobierno Vasco.
Con el beneplácito de aquellos padres que decidieron quedarse el Liceo Alkartasuna, este centro se convirtió en Escuela Pública, quedó en manos de la Administración. A continuación, adaptándose a la estructuración de las escuelas públicas de la comarca, en el curso 1997-98 el Instituto Txindoki y el Liceo Alkartasuna se unieron surgiendo así el IES Txindoki-Alkartasuna. Al mismo tiempo, surgió el IES Alkartasuna, junto con el IES Loinazpe, a fin de impartir la ESO. Ese mismo año, comenzaron a ofrecer la Formación Profesional Superior.
En mayo de 2010, el DEUI (BOPV, 2 de mayo) hace público el decreto que unifica los tres Institutos de Beasain. Así, a partir del 1 de julio se crea el IES Beasain.