En Azpeitia las iniciativas a favor de las Ikastolas se dieron a comienzos de la década de los 60. Al analizar los inicios de la Ikastola debemos tener en cuenta el movimiento a favor del euskara que ya existía en el pueblo y la existencia de una congregación, la de los Luises. Este movimiento eclesiástico que estaba en manos de los Jesuitas, realizó durante esos años diversas iniciativas en favor de la cultura vasca: proyectos de alfabetización de adultos, excursiones escolares con los más jóvenes, canciones en euskara, estudio de la gramática vasca, ... y junto a todo eso, comenzaron a enseñar a escribir y leer en euskara. Ese grupo que fomentaba la cultura vasca se denominaba Karmelo Etxegarai, en recuerdo del famoso escritor de Azpeitia, y de ahí proviene el nombre de la Ikastola.
Gracias a la iniciativa popular, en el curso 1965-66 la Ikastola abrió sus puertas, siendo la Iglesia el titular de la misma. En 1968 el Gobierno Civil estableció el "Estado de Excepción" y al comprobar que el contexto político era contrario a la cultura vasca, el amparo de la Iglesia era fundamental para poder seguir adelante. La Ikastola tuvo sus primeras aulas en 1965 en la parte baja de la casa denominada "Centenario". A los pocos años, encontró acomodo para los alumnos de EGB en el edificio adjunto a la Basílica de Loyola. En 1970 prepararon un nuevo local en Sanjuandegi para los más pequeños.
La década de los 70 resultó reseñable desde el punto de vista político. Así lo fue también para el desarrollo de la propia Ikastola. En ese recorrido, el 9 de junio de 1978 se modificó el titular de la Ikastola. Si bien hasta entonces la Ikastola Karmelo Etxegarai estaba en manos de la Iglesia, el nuevo dueño pasó a ser la Sociedad Cooperativa Izarraizpe. Esta asociación estaba formada por las Ikastolas de Azkoitia, Azpeitia y Zestoa. El propio crecimiento de la Ikastola obligó a la comisión directiva a tomar nuevas medidas. Así, en el curso 1978-79, la Ikastola de Azpeitia necesitaba más espacio y una vez más ocupó las aulas cedidas por el Colegio Público, en el edifico Octógono. Tras andar de un lado a otro, en el curso 1981-82 se inauguró el nuevo edificio en el barrio Sanjuandegi, para acomodar allí a todos los alumnos de preescolar, en la calle Euskal Herria. Con el transcurso de los años en el curso 1984-85 volvió a darse el mismo problema de espacio. Durante varias semanas ocuparon el salón de plenos del ayuntamiento y la biblioteca pública para impartir clases, como medida de presión. Como consecuencia de ello, en el colegio público tuvieron que definir un espacio para esos niños. Cuatro aulas de la Ikastola Karmelo Etxegarai pasaron al edificio de Perdillegi.
Como se puede observar, durante años los alumnos de la Ikastola recorrieron diversas y variadas localizaciones. En 1979 se celebró por primera vez en Azpeitia la Fiesta de las Ikastolas, Kilometroak.
En 1980 se organizaron las clases de Bachiller en las aulas que había en el edificio de la Basílica de Loyola, que en aquella época se denominaba Bachillerato Unificado Polivalente (BUP). Acudían alumnos de Azpeitia, Azkoitia y Zestoa. En un principio ocuparon dichas aulas los alumnos de EGB. En 1985, además de primero de Bachiller, comenzaron a impartir la Reforma de las Enseñanzas Medias (14-18).
La década de los 90 resultó un tanto conflictiva para las Ikastolas de la comarca del Urola. En dos votaciones que tuvieron lugar el 24 de mayo, se dieron estos resultados. En la disyuntiva de elegir entre la red pública y la privada, la decisión se tomó mediante mayoría simple y el recuento fue el siguiente: 838 votos a favor de la pública (60,33 %) y 551 de la privada (39,67 %); la segunda votación tenía como objetivo decidir la disolución de la cooperativa y para ello era necesario obtener los dos tercios de los votos, para lo cual se realizó la correspondiente convocatoria y se alcanzaron estos resultados: 802 a favor (62,41 %) y 483 en contra (37,58 %).
En el pueblo la discusión entre los defensores de ambas posturas fue muy enconada. El conflicto se extendió entre trabajadores, vecinos del pueblo y partidos políticos.
Tras el 25 de mayo, era necesario definir una decisión definitiva y aunque en la asamblea la mayoría se mostró favorable a integrarse en la red pública, la ley de cooperativas exigía una mayoría de dos tercios para poder adoptar semejante decisión. El conflicto se judicializó y tras un largo y arduo proceso de negociación se produjo la división dentro de la Ikastola. Esa situación conflictiva se demoró hasta 1996 y en 1995 algunos padres, alumnos y profesores abandonaron la Ikastola Karmelo Etxegarai y se movieron a la recién creada Ikastola de Azpeitia - Cooperativa Ikasberri. A pesar de que las decisiones legales definitivas aún no se habían determinado, al haberse judicializado el proceso, el colegio Karmelo Etxegarai comenzó a funcionar como Colegio Público, con el beneplácito de la Administración.
El 13 de marzo de 1966, el Gobierno Vasco concedió el permiso para cambiar de nombre del colegio Karmelo Etxegarai, siendo su nueva denominación Ikastola de Azpeitia Karmelo Etxegarai. A los pocos días llegó la orden para crear el nuevo colegio público.
El 14 de marzo de 1996, siendo Inaxio Oliveri Albisu el consejero de Educación, Universidades e Investigación, se dictó la siguiente orden: dejar sin efecto la suspensión de los decretos 53, 54 y 55/1994 del 25 de enero por los que la Ikastola de Azpeitia Karmelo Etxegarai, la Ikastola de Zestoa y la Ikastola Xabier Munibe de Azkoitia iban a crear colegios públicos para Educación Infantil, Enseñanza Primaria y BUP. Así, dichos decretos entrarían en vigor nuevamente a partir del 1 de marzo de 1996.
De este modo, por un lado la Administración dio su beneplácito para que la Ikastola Karmelo Etxegarai fuese pública, tal y como solicitaban los defensores de su publificación, y aquellos que deseaban mantener su carácter de Ikastola tuvieron la oportunidad de legalizar la Ikastola de Azpeitia - Cooperativa Ikasberri.
Dado el proceso de publificación por un lado, y las imposiciones de la famosa Reforma por otro, los cambios que se dieron fueron notables. Desaparecieron los estudios de EGB y se implantó una nueva planificación. El departamento de Educación estableció un nuevo mapa educativo, originando una nueva estructuración. De acuerdo con esos cambios, la distribución de los centros públicos quedó de esta manera: la Ikastola Karmelo Etxegarai de Azpeitia, para impartir Educación Infantil y Educación Primaria, y la Ikastola Urola IEB Azkoitia-Azpeitia por otro lado, manteniendo su estrecha relación histórica.