Si bien en la época de la II República surgieron Ikastolas que impartían clases en euskara, con el objetivo de fomentar dicho idioma y la propia cultura vasca, la Guerra Civil trajo consigo la desaparición de dichas Ikastolas. Pero no para siempre. Tras dejar atrás las penurias de la posguerra, comenzaron a extenderse las ikastolas clandestinas, poco a poco. En la década de los 60 se produjo la mayor expansión de este fenómeno y se extendieron a todo Euskal Herria.
Las primeras noticias acerca de la Ikastola de Ordizia datan de 1965. Viendo la necesidad de euskaldunizar Ordizia, comenzaron a desarrollar un proyecto para crear la Ikastola. Ese mismo año un grupo de padres y de jóvenes, bajo las ordenes de Jacinto Setien, comenzaron a reunirse en Ataun. Los temas tratados en esas reuniones fueron expuestos a continuación a la Asociación de Padres de Ordizia y, al mismo tiempo, solicitaron su ayuda. El presidente de la Asociación de Padres de Ordizia era José Ramón Gaztañaga. Los miembros de la asociación vieron con buenos ojos dicho proyecto y se mostraron dispuestos a apoyar el mismo.
En 1968 se creó la Ikastola Jakintza de Ordizia y esa iniciativa desarrollada por los padres aglutinó a 50 alumnos en la Asociación Pelotazale de la calle Sanperio. Se estableció como Sociedad Anónima y el titular de la misma era la Sociedad Anónima Jakintza. Las maestras rosarito Lasa y Mari Carmen Oiharbide eran las responsables del ámbito educativo, contando también con la ayuda, la ilusión y el apoyo de los padres. En 1970, entre los socios y colaboradores de la Ikastola, adquirieron el colegio San Jose que estaba situado en la calle Garagarza. Dicho año obtuvo un permiso condicional para poder desarrollar actividades educativas. El cura de Ordizia, Fidel Eizagirre, consta como titular de la Ikastola Jakintza durante esos años.
En 1971 acudían a la Ikastola Jakintza alumnos de Zaldibia, Legorretam Itsaondo, Ikaztegieta y Amezketa. En 1974 la Ikastola obtuvo un permiso provisional para 8 aulas de EGB. En 1977 contaba con la licencia para impartir clases de Bachiller, pero en 1979 la Ikastola Jakintza dejo de impartir clases de Bachiller y en consecuencia, los alumnos comenzaron a acudir al Liceo de Beasain.
En 1983 el edificio de la Escuela Pública San Ignacio se adjudicó en su totalidad a la Ikastola Jakintza. Gracias a ello, muchos de los problemas relacionados con la falta de espacio remitieron notablemente. En la casa de la calle Garagarza permanecieron los alumnos de Educación Infantil. Dicho año, se puso fin a la tendencia por la cual los alumnos de otros centros de la comarca acudían a la Ikastola Jakintza. A partir de entonces, los alumnos permanecía en el mismo pueblo hasta finalizar la EGB.
En 1984, en una época en la que se analizaba cual podría ser el futuro de las Ikastolas, surgieron diversas propuestas. En la Asamblea General de ese Año, se analizaron las alternativas EIKE y EEPA, y la Asamblea de Ordizia se mostró a favor de la iniciativa EEPA.
En 1989, toda la estructura administrativa de la Ikastola que hasta entonces permanecía en la sede de Garagartza, fue trasladada al centro de San Ignacio. En la Asambla General de dicho año, las Ikastola decidió no donar su patrimonio, los locales de Garagartza, al Gobierno vasco.
1993 fue un año de numerosos cambios: se inauguró el nuevo edificio de Villa Eugenia; en adelante, ahí acudirían los alumnos de Educación Infantil y así, se solventó el problema de la falta de espacio. Se celebró el 25 aniversario de la Ikastola Jakintza. El 19 de febrero de 1993 el Parlamento Vasco aprobó el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. Dicha Ley originó cierta controversia en la Ikastola, en la Cooperativa y en el mismo pueblo. La Ikastola debía tomar una decisión: mantener su carácter privado o integrarse en la red pública. Finalmente, el 24 de mayo tomaron la decisión oportuna sobre la Escuela Pública Vasca y los socios de la Cooperativa decidieron no integrarse en la red pública.
En 1994 la Ikastola Jakintza obtiene otra vez la licencia para poder impartir clases de Bachiller y además de eso, el acuerdo de concertación. Ese mismo año la Ikastola aprueba su Proyecto Educativo. En 1996, debido a la precaria situación económica, decidieron disolver la SA Jakintza que hasta entonces constaba como entidad jurídica y crear una cooperativa de trabajadores. El nuevo titular era la Sociedad Cooperativa Ikastola Jakintza. En 1998, tras presentar varios recursos, el INEM aprobó la correspondiente capitalización, obteniendo un amplio caudal de ingresos.
En 2002, obtuvo la Q de plata de Calidad. El 3 de noviembre de 2004, tal y como consta en el BOPV, el Gobierno Vasco nombró a Jakintza como Cooperativa de Utilidad Pública Ikastola Jakintza. Tal nombramiento conlleva igualmente una serie de obligaciones. La más reseñable sería la siguiente, en caso de que la Ikastola Jakintza desapareciese o en su defecto abandonase su función principal, todo el patrimonio de las Ikastola pasaría a manos del Gobierno Vasco.
En 2005 obtuvo la Q dorada de Calidad. Ese mismo año el grupo de IKT de la Ikastola Jakintza creó el blog "IKTeroak". Así, en 2007 euskaljakintza obtiene el primer premio al mejor blog estatal.