Al analizar la creación de la Ikastola de Azpeitia, cabe mencionar ciertas circunstancias que se produjeron antes de que se promulgase la Ley de 1993. Entre ellas, podemos señalar la I Asamblea Nacional de las Ikastolas, que marco la orientación política. En un acto celebrado en Pamplona se reunieron 474 representantes de 144 ikastolas, y allí mismo dieron por finalizada la discusión acerca de la escuela vasca, aprobando por unanimidad la Carta Programática y el proyecto de la Escuela Vasca. Esta Asamblea pretendía dar respuesta a la controversia que se daba en torno a la Escuela Pública Vasca, estableciendo al mismo tiempo los parámetros de la escuela propia para Euskal Herria, diseñando un sistema educativo completo. Una de las aportaciones de este proyecto fue el de la titularidad compartida, es decir, la titularidad recaía al mismo tiempo en los socios y en la Administración. En febrero de 1992, se celebró en Pamplona la II Asamblea General, definiendo la orientación estratégica de las Ikastolas. Tras aprobarse la Ley, el movimiento de las Ikastolas llevo a cabo dos asambleas en la Ikastola Armentia de Vitoria.
Por otra parte, el Gobierno, por medio del Departamento de Educación, estaba desarrollando una serie de pasos y para finales de 1991 el PSE-PSOE había acordado con el PNV que a lo largo de esa legislatura era necesario completar la Ley de la Escuela Pública Vasca, tomando como referencia la estructura que entonces mantenía la escuela pública. Como es evidente, la decisión para elegir entre el ámbito público o el privado estaba a punto de llegar. Así, a partir de enero de 1992 se fue plasmando dicho objetivo: se redactó el borrador tomando como referencia la estructura de la escuela pública. El 16 de junio de 1992 PNV y PSE-PSOE firmaron el Pacto Escolar. El 19 de febrero de 1993 se aprobó en el Parlamento Vasco el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. Tras aprobarse la ley, se abría un plazo de tres meses, hasta el 25 de mayo, para que cada Ikastola pudiera decidir si mantenía su carácter privado o se integraba en la red pública.
La Ley sobre la Escuela Pública Vasca originó cierta controversia en las Ikastolas de Azkoitia, Azpeitia y Zestoa, al igual que en la Cooperativa Izarraizpe: el plazo tan breve para el análisis, los datos contrapuestos del plan económico, el presión de la Administración, las dudas y la opacidad acerca de la negociación entre la Federación de Ikastolas y el Departamento de Educación, las presiones políticas de los defensores de ambas opciones, las discusiones internas de los socios, ....
Aquel año, en 1993, se realizaron las asambleas más populosas y participativas, incluso las salas reservadas para ello se quedaron pequeñas. El conflicto alcanzó gran virulencia en la comarca. Especialmente en Azpeitia, ya que la mayoría de padres y profesores que se mostraron contrarios a la integración en la red pública eran de dicho pueblo. En relación a los profesores, cabe señalar que de los 123 trabajadores de la Cooperativa Izarraizpe fueron 20 profesores (16 profesores fijos de Azpeitia y 4 de Azkoitia) los que se mostraron en contra de la publificación. En las dos votaciones que se dieron el 24 de mayo de 1993 se dieron los siguientes resultados: a favor de la escuela púbica 838 votos (60,33 %), y de la privada 551 (39,67 %); la segunda votación era en torno a la disolución a de la cooperativa y para ello era necesaria obtener 2/3 en la votación. Los resultados fueron los siguientes: SI, 802 (62,41 %) y NO, 483 (37,58 %).
Aquella mayoría simple, de acuerdo con los Estatutos, no resultaba suficiente para disolver la cooperativa y convertir la Ikastola en Escuela Pública. De acuerdo con los Estatutos eran necesarios 2/3 de los votos (66,66 %) para semejante modificación. El asunto se judicializó, se suspendió el proceso provisionalmente y el conflicto se enquistó: en otoño de 1993 un grupo de padres a favor de la opción privada se encerró en el edificio Euskal Herria de la Ikastola Karmelo Etxegarai. Se realizaron varias asambleas y reuniones.
El 18 de abril de 1994 presentaron la Sociedad Cultural Ikastolen Lagunak Badok Hamahiru. El 8 de diciembre de ese mismo año ambas partes decidieron crear una mesa paritaria formada por ocho miembros, a fin de buscar una solución. El 15 de diciembre la Ikastola celebró su Asamblea General, y la Comisión Popular realizó un llamamiento para una nueva reunión.
En septiembre de 1995 se abrió un expediente disciplinario a varios profesores por no participar en los claustros de las Ikastolas Karmelo Etxegarai y Xabier Munibe. El 11 de septiembre de 1995 veinte profesores de la Cooperativa de Enseñanza Izarraizpe (16 de la Ikastola Karmelo Etxegarai y 4 de Xabier Munibe) abandonaron sus puestos de trabajo y se pasaron a la Cooperativa Ikasberri de Azpeitia. A los pocos días inició su andadura la cooperativa Ikasberri, la Ikastola de Azpeitia. Como cooperativa se constituyó el 1 de octubre de 1995, y contaba con 585 alumnos y 28 trabajadores. Para ello utilizaron diversos locales del pueblo, adecuándolos provisionalmente como aulas (el albergue de Loiola, el aula para la doctrina de Sanjuandegi, algunas habitaciones del convento de los Franciscanos, las aulas de Arte y Diseño, las aulas del colegio Sagrado Corazón Betharram).
Según decisión del 26 de febrero de 1996, el Ayuntamiento de Azpeitia concedió la licencia de obra a la Cooperativa Ikasberri para construir la nueva Ikastola. El 22 de mayo de 1996 se llevó a cabo una manifestación a favor de la nueva Ikastola por parte de miles de vecinos del pueblo. El 5 de julio de ese mismo año decidieron dar por bueno el acuerdo firmado entre el Pleno Municipal y la Ikastola de Azpeitia-Cooperativa Ikasberri sobre la cesión de terrenos; el Ayuntamiento declaró que tenía derecho para realizar cualquier tipo de actuación de interés público en esa parcela de terreno. Tras permanecer durante un año en aulas provisionales, el 6 de octubre de 1996 abrió sus puertas la nueva Ikastola, en la avenida Loiola, si bien la inauguración tuvo lugar el 17 de noviembre de ese mismo año.
El asunto se dirimió en varios juzgados y al final llegó hasta el juzgado de Madrid (se encontraban en la misma situación las Ikastolas de Azpeitia, Beasain, Elorrio y Leioa). Tras un litigio que duro tres años, al final, en el caso de Azpeitia, mediante un acuerdo, y tras negociar con el Departamento de Educación, se creó un nuevo colegio que daba continuidad a la apuesta de la Ikastola privada, la Ikastola de Azpeitia Cooperativa Ikasberri.
Además del problema que originó la cuestión de los dos tercios de la votación, las ikastolas de Azpeitia, Beasain, Leioa y Elorrio se convirtieron en el paradigma de las heridas que causó la Ley sobre la Escuela Pública Vasca en el movimiento de las Ikastolas, ya que en cada uno de esos lugares, la Ikastola se dividió en dos. En Leioa y Elorrio el edificio quedó en manos de los contrarios a la publificación, al contrario que en Beasain y Azpeitia. En Azpeitia tuvieron que crear una nueva Ikastola, partiendo de cero y la controversia originó un auténtico conflicto social.
En el año 2000 la Ikastola de Azpeitia - Cooperativa Ikasberri organizó la Fiesta de las Ikastolas de Gipuzkoa, Kilometroak, y destinó el dinero recaudado en el mismo para abonar la construcción del nuevo centro. El 11 de octubre de 2005 la Ikastola de Azpeitia - Cooperativa Ikasberri fue declarada de "Utilidad Pública" por parte del Gobierno Vasco. En 2011 se volvió a celebrar en Azpeitia la Fiesta de las Ikastolas de Gipuzkoa, Kilometroak.
En el curso 2011-12, el proyecto de la Ikastola de Azpeitia - Cooperativa Ikasberri cuenta con 300 familias, 450 alumnos y 60 profesionales. Los alumnos acuden hasta cumplir los 18 años, realizando los estudios de Preescolar, Educación Primaria, Enseñanza Secundaria Obligatoria y Bachiller.