Al analizar los inicios de la Ikastola, cabe señalar que por aquel entonces en las religiosas escuelas nacionales sólo se impartían clases en castellano. Cualquier símbolo o mención nacionalista era castigado explícitamente. A fin de hacer frente a esta situación, se reunieron una serie de vecinos del propio Azkoitia y comenzaron a dar los primeros pasos para la creación de una Ikastola.
En principio, querían abrir la Ikastola para el curso 1967-68, bajo el amparo de la Iglesia, pero no fue posible. El siguiente paso consistió en solicitar la ayuda de la Asociación de Padres "Acción Católica", pero éstos tampoco ofrecieron mucha ayuda. El tercer paso fue el de pedir ayuda al Ayuntamiento. Tras hablar con el alcalde Eduardo Olano, creyeron que el problema se iba a resolver. Acordaron que la maestra correría a cargo del Ayuntamiento y sin hacer mucha propaganda 43 padres se mostraron dispuestos a llevar a sus hijos a la Ikastola; además, 300 vecinos estaban dispuestos a abonar 25 pesetas mensuales. Para sorpresa de los padres que se mostraban a favor de la Ikastola, los niños que querían inscribirse en la misma no tenían que hacerlo en el Ayuntamiento, sino en la vivienda alquilada por el director del Movimiento para tal fin. Parecía evidente que con esta medida el propio Ayuntamiento quería dejar el proyecto de la Ikastola en manos del Movimiento. Esto fue un duro golpe, pero no cejaron en su empeño de crear la Ikastola. En 1969, a pesar de los numerosos obstáculos, recurrieron otra vez al párroco don José María Galarraga y obtuvieron su apoyo. Así, tras no pocas reuniones y altibajos, al final la Ikastola echó a andar el curso 1969-70, el día siguiente al Día de Reyes, en los locales Kantzelean de la iglesia.
El 7 de enero de 1970 abrió sus puertas la Ikastola de Azkoitia. Por la mañana acudieron 4 niños y por la tarde ya eran 7. La primera maestra fue Mari Karmen Zubiaurre, y tras ella vino Izaskun Alberdi. En junio contaban ya con 54 niños, en aquella aula de 36 metros cuadrados, en la parte trasera de la iglesia parroquial, Kantzelean le llamaban a ese local.
En años posteriores, el local se les quedó pequeño y tuvieron que trasladarse al edificio denominado Antxamendi. Lo de entonces era pura militancia. A la hora de abrir y sustentar la Ikastola, contaron con una amplia ayuda por parte de los vecinos del pueblo. Las primeras maestras fueron Mari Karmen Zubiaurre, Izaskun Alberdi, Mª Jesús Zubizarreta y Gema Larrañaga. En el curso 1970-71, de los 103 alumnos de la Ikastola, 23 tuvieron que trasladarse a las aulas situadas en el Santuario de Loyola (Azpeitia) para cursar primero de EGB; los 80 restantes permanecieron en Artxamendi. El 22 de abril de 1977 se presentó la Normativa de la nueva Cooperativa Educativa en una Asamblea General realizada en el teatro Baztartxo. El 9 de junio de 1978 se llevó a cabo una Asamblea General Extraordinaria en el Santuario de Loyola y en la misma se aprobó la Normativa Interna de la Cooperativa Educativa Izarraizpe.
La Ikastola de Azkoitia impartió sólo Educción Infantil hasta 1980. Los alumnos de EGB se trasladaban a Loyola (Azpeitia) junto con los de Azpeitia y Zestoa. El titular de esta Ikastola era la Parroquia de Azpeitia. A partir de 1978 el titular de las Ikastolas de la comarca fue la Sociedad Cooperativa Izarraizpe.
En el curso 1978-79, tras haber permanecido bajo la tutela de la Iglesia, se convirtió en colegio con entidad legal propia. La razón de tal cambio se debió a que dicha situación jurídica resultaba más adecuada para hacer frente a los nuevos retos que se presentaban. El 28 de julio de 1979 en una Sesión Plenaria del Ayuntamiento, se aprobó por unanimidad el proyecto de la nueva Ikastola y el 3 de septiembre de 1979 comenzaron las obras de construcción. En el curso 1980-81, más concretamente el 22 de septiembre de 1980, abrió sus puertas por primera vez. Ese mismo año la Ikastola de Azkoitia cambió de nombre y el nuevo edificio pasó a denominarse Ikastola Xabier Munibe, siendo el titular de la misma la Sociedad Cooperativa.
En el curso 1990-91, abandonaron las aulas del edificio Artxamendi del barrio San Martin y se mudaron a las nuevas aulas que el Ayuntamiento había preparado en Jausoro, para los niños de cuatro y cinco años. Estos niños sólo permanecieron en estas aulas provisionales durante un único curso. En el curso 1991-92 añadieron al colegio de EGB el nuevo edificio de EI.
El 19 de febrero de 1993 el Parlamento Vasco aprobó el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. Esta Ley originó cierta controversia en la Cooperativa Izarraizpe. La discusión acerca de la posible publificación de la Ikastola hizo que el conflicto se extendiese entre los padres. Se vivieron momentos tensos, la votación del 24 de mayo de 1993, la Asamblea General Extraordinaria del 6 de junio de 1994, las impugnaciones,...
Tras el 25 de mayo, era necesario definir una decisión definitiva y aunque en la asamblea la mayoría se mostró favorable a integrarse en la red pública, la ley de cooperativas exigía una mayoría de dos tercios para poder adoptar semejante decisión. Esa situación conflictiva se demoró hasta 1996 y mientras tanto algunos alumnos y profesores se movieron a la recién creada Ikastola de Azpeitia - Cooperativa Ikasberri. A pesar de que las decisiones legales definitivas aún no se habían determinado, al haberse judicializado el proceso, el colegio Xabier Munibe comenzó a funcionar como Colegio Público, con el beneplácito de la Administración.
Antes de la creación de los colegios públicos, el 13 de marzo de 1996, el Gobierno Vasco concedió el permiso para cambiar de nombre del colegio Xabier Munibe de Azkoitia, siendo su nueva denominación Ikastola de Azkoitia Xabier Munibe. A los pocos días llegó la orden definitiva.
El 14 de marzo de 1996, siendo Inaxio Oliveri Albisu el consejero de Educación, Universidad e Investigación, se dictó la siguiente orden: dejar sin efecto la suspensión de los decretos 53, 54 y 55/1994 del 25 de enero por los que la Ikastola de Azpeitia Karmelo Etxegarai, la Ikastola de Zestoa y la Ikastola Xabier Munibe de Azkoitia iban a crear colegios públicos para Educación Infantil, Enseñanza Primaria y BUP. Así, dichos decretos entrarían en vigor nuevamente a partir del 1 de marzo de 1996. En Azkoitia, el proceso de publificación iniciado en 1993 se demoró hasta 1996.
En años posteriores, en el curso 1996-97, dado el proceso de publificación por un lado, y las imposiciones de la famosa Reforma por otro, los cambios que se dieron fueron notables. El departamento de Educación estableció un nuevo mapa educativo, originando una nueva estructuración. De acuerdo con esos cambios, la distribución de la Ikastola Pública Xabier Munibe quedó de esta manera: la Ikastola Xabier Munibe de Azkoitia IEP Público (de 2 a 12 años) y la Ikastola Xabier Munibe de Azkoitia IES Público (de 12 a 16 años).