La Ikastola Corazón de Jesús de Villabona y Zizurkil surgió al fusionarse tres de los colegios que estaban en funcionamiento en este pueblo.
El mayor de esos tres era el colegio del Corazón de Jesús. Era un colegio de Bachiller y era el único que el Ministerio de Educación había legalizado en el pueblo. Se encontraba en la calle Nueva nº 55 de Villabona (en el centro). El proietario y titular de este colegio era la Parroquia del Corazón de Jesús. Este edificio lo construyeron la Diputación Foral de Gipuzkoa y el Ayuntamiento de Zizurkil en tiempos de la II República dentro del plan para el desarrollo de las escuelas rurales. Los maestros estaban considerados como trabajadores de la Diputación. Eran vascoparlantes y a fin de impartir clases debía superar un examen de enseñanza en euskara. Tras la Guerra, esta escuela se convirtió en escuela nacional.
El segundo colegio era el de San José y estaba dirigido por las Hijas de la Cruz. El propietario del edificio era el propio ayuntamiento de Villabona. Contaba con licencia para impartir Preescolar y Educación Primaria, aunque preparaban alguna chicas para el Bachiller.
Las Ikastola Santio era la más pequeña de las tres y lo dirigían los propios padres. Se creó en julio de 1965 en Zizurkil con sólo 11 niños, en los locales que ocupa la farmacia de Zizurkil (calle Camino de Ernio, nº 2 - casa Benta Txuri). A fin de mencionar algunos de los padres que tomaron parte en la creación de la Ikastola: José Antonio Amondarain, Andoni Ariznabarreta, Juan Segurola y Joaquín Tuduri.
En enero de 1966 pasaron de los locales de la farmacia a los locales del "Club Infantil" de la Parroquia de Nuestra Señora de Aránzazu, con el permiso de la Asociación de Padres de la Parroquia de Zizurkil. De cara a Inspección, el aula aparecía como un aula de Catequesis. En un principio los alumnos de la Ikastola, estuvieron bajo la tutela de la maestra del colegio público (era ella la que aparecía como profesora). Cuando el número de alumnos llegó a 40, la Junta de la Ikastola se puso en contacto con la Asociación de Padres de la Parroquia de Villabona y les pidieron que acogieran en las aulas que estaban vacías en el colegio Corazón de Jesús a sus niños. Aceptaron la solicitud y les dieron permiso para utilizar dichas aulas siempre que el propio colegio Corazón de Jesús no las necesitase. No existe ningún documento escrito sobre la legalización de la Ikastola, pero en palabras de los responsables de aquella época, parece que se obtuvo en 1968. A partir de entonces, el número de alumnos fue en incremento, y en en el curso 1971-72 contaba ya con 4 maestras. Entre ellas mencionaremos a Mari Karmen Agota y a su colaboradora Gloriatxo Astiasaran.
En el curso 1972-73, de acuerdo con la nueva ley de EGB, la Ikastola tuvo que fusionarse con los colegios Corazón de Jesús y San José. Esta nueva ley obligaba a los colegios privados a contar como mínimo con ocho unidades y con los servicios correspondientes a los mismos. El único que cumplía dichas condiciones era el colegio Corazón de Jesús. Así, como el colegio San José y la Ikastola Santio no cumplían esas condiciones quedaron absorbidos por el primero. Como consecuencia de esa fusión surgió la Ikastola Corazón de Jesús, siendo el titular de la misma la Parroquia del Corazón de Jesús.
En el curso 1973-74 se consiguió por primera vez de mano del Ministerio de Educación la subvención para EGB. En Gipuzkoa la Ikastola de Villabona fue una de las primeras que obtuvo una subvención. Esta nueva Ikastola la componían dos edificios, uno era de la Parroquia, el del Centro, y el otro del Ayuntamiento, el de la Escuela de las monjas. Este segundo edificio, con el tiempo tuvieron que demolerlo, ya que la variante pasaba por allí. Pero a cambio el Ministerio de Obras Públicas construyó un nuevo colegio en el barrio Txermin de Villabona que contaba con ocho unidades y los servicios correspondientes a ellos. El titular seguía siendo el Ayuntamiento, ya que el solar era de su propiedad. Su usufructo quedó en manos de la Ikastola. En la medida que en esa misma época el número de alumnos fue creciendo, la Ikastola se vio en la necesidad de hacer frente a los problemas inherentes a ese crecimiento. Consiguió realizar un levante en el edificio de Txermin.
También en Zizurkil, comenzaron a utilizar lo que un día fueron las Escuelas nacionales para escolarizar a los niños, hasta que Pedro Mª Otaño consiguió que la Escuela levantara un nuevo edificio. El Gobierno Vasco cargó con los gastos para organizar y adecuar este centro como una Ikastola. El propietario del edificio era el Ayuntamiento de Zizurkil y la Ikastola se convirtió en usufructuario. Así, en 20121 la Ikastola Corazón de Jesús se encuentra distribuida en tres edificios: el colegio del Centro (calle Nueva), el colegio Txermin (barrio Txermin) y el antiguo colegio Pedro Mari Otaño (en el barrio Elbarrena de Zizurkil).