A partir del siglo XII la Iglesia, al igual que fundó en el ámbito de la fe y la predicación nuevas órdenes monásticas, con un carácter más abierto y dirigidas a las nuevas clases sociales y a la mentalidad que se estaba gestando -franciscanos, dominicos- decidió impulsar un estilo más humanista, el gótico, que respondiese en la misma medida a las nuevas necesidades artísticas. Por ello, aunque el gótico prosiguió con el carácter homogéneo y didáctico del románico, la Iglesia entendió que el nuevo estilo debía tener una disposición diferente, más próxima y dialogante con la sociedad.
Respecto al arte, el gótico tuvo un enorme éxito en Euskal Herria y, principalmente, en Bizkaia y en Gipuzkoa, aunque Navarra, Álava e Iparralde también crearon obras interesantes e importantes en este estilo. De hecho, el gótico se mantuvo en Euskal Herria hasta el siglo XVI sin ser sustituido por el renacimiento. Una vez más, fue la arquitectura la disciplina artística que más se desarrolló, aunque la escultura comenzó a independizarse y a progresar por sí misma. En cuanto a las influencias que recibió el estilo gótico de Euskal Herria, a las procedentes de Castilla, Aragón y Francia, ahora se suman las que llegaron del centro de Europa. Finalmente, en el estudio del gótico vasco otro elemento que ayudará es el gran número de obras conservadas y el buen estado en el que lo han hecho.
La arquitectura gótica que se desarrolló en Euskal Herria se caracterizó además de por la sencillez y la austeridad, por su carácter híbrido ya que mantuvo características románicas al inicio del período y combinó las renacentistas al final. Esta mezcla de elementos técnicos, constructivos y ornamentales del románico, el gótico y el renacimiento, estuvo motivada por la prolongación en el tiempo de las construcciones y por la reutilización de elementos y de materiales en diferentes fases del proceso constructivo. En cuanto a las tipologías, la tipología que más se desarrolló en Euskal Herria fue nuevamente la de carácter religioso. Sin embargo, frente a la escasez de restos de arquitectura civil en el período románico, en el gótico abundaron construcciones civiles, que aunque en la mayoría de los casos han llegado hasta nosotros transformados, sirven para poder imaginar la vida civil de la sociedad; además, aunque la mayoría de las construcciones corresponden a palacios y casas-torre,también se conservan restos de edificaciones comunes que permiten comenzar a intuir la posterior estructura del caserío vasco.
Respecto a las principales construcciones hay que destacar, en la arquitectura civil el palacio de Carlos III en Olite, en Vitoria-Gasteiz la casa del Cordón y el palacio de Arrieta, en Álava el palacio de los Guevara y la casa-torre de los Mendoza, y en Mutrikula torre Berriatua y en Zarautz la Torre Luzea; en cuanto a la arquitectura religiosa destacar la iglesia de Santa Maria de Roncesvalles, la catedral de Pamplona, las iglesias de San Pedro y Santa María de Olite, San Saturnino de Artajona y Santa María de Ujué, en Vitoria la iglesia de Santa María y San Pedro Apóstol, las iglesias de San Juan Bautista y Santa María de los Reyes en Biasteri, la catedral de Bayona, en Bilbao las iglesias de Santiago Apóstol y San Antón, en Lekeitio la iglesia de Santa María, en Getaria la iglesia de San Salvador, en Hondarribia Nuestra Señora del Manzano, en Oñate San Miguel y en Donostia San Vicente.
En cuanto a las artes plásticas también conocieron un mayor desarrollo durante este período, y entre los ejemplos que conservamos destacamos en Navarra las portadas de las iglesias de Santa María de Olite y Santa María de Ujué, y las decoraciones escultóricas del claustro de la catedral de Pamplona. En Álava, la catedral de Santa María y la iglesia de San Pedro en Vitoria también conservan interesantes portadas, aunque el ejemplo más espectacular lo encontramos en Biasteri. En Gipuzkoa, el grupo escultórico que preside la entrada principal de la iglesia de Santa María la Real de Deba.
Sin embargo, las obras más representativas de este período se realizaron siguiendo nuevas tipologías. Así, encontramos los primeros sepulcros entre los que destacan la tumba de Carlos III y su mujer Leonor en la catedral de Pamplona y el sepulcro del conde de Oñate en la iglesia de San Miguel de Oñate.