La fundación cuenta con unas marcas para la gestión de los servicios de I+D+I que desarrolla y para facilitar su comercialización. Estas marcas cubren las principales áreas de conocimiento e investigación y las primeras en incorporarse son:
Tecnológico Fundación Deusto - Teknologikoa Deustu Fundazioa
Tecnológico Deusto se trata de una iniciativa de la Universidad de Deusto que pretende unir y potenciar actividades de creación y transferencia de tecnología y conocimiento a la sociedad y a la empresa a través de distintas formas de prestación de servicios. Cuenta con el conocimiento que ha sido acumulado durante años por la Facultad de Ingeniería (ESIDE) y también de forma complementaria por el resto de facultades de la Universidad.
Orkestra-Instituto Vasco de Competitividad - Lehiakortasunerako Euskal Institutoa
Este instituto nace con la finalidad de reconocer las vías que permitan alcanzar la competitividad y el bienestar requeridos por la sociedad de Euskadi, orientando el desarrollo de políticas públicas y agendas privadas empresariales por medio del desarrollo conjunto de la investigación, la interacción y la instrucción. Su objetivo de fomentar los ámbitos relacionados con la competitividad en las actividades de la administración pública, de los agentes socio-económicos y de las universidades de Euskadi.
Investigaciones Sociales - Ikerketa Sozialak
Este organismo fue creado con la finalidad de cohesionar y estimular la faceta práctica de los estudios de Ciencias Sociales, posibilitando de esta forma una comunicación real entre la universidad y la empresa. Entre sus fines se encuentra el apoyar y fomentar la actividad investigadora del profesorado universitario de Ciencias Sociales, y el ofrecer servicios relacionados con la investigación social y de mercado que sean de calidad.