Corresponderá a J. M.· de Leizaola presidir este período tras la muerte de Aguirre en 1960, sucediéndole el vicepresidente F. Javier de Landáburu. La fecha coincide, asimismo, con la aparición de una oposición veinteañera, sobre todo nacionalista, ávida de acción y de partir de cero, aunque sentimentalmente dependiente de los hombres maduros del GV. Parte de esta juventud rompe con el exterior = "Ekin", luego ETA- en 1959-1960, en este caso con el PNV con el que comparte su ideología aunque no su estrategia. En 1963 mueren dos miembros del GV, el nacionalista Landáburu y el socialista Gómez Beltrán, a los que sustituyen José Rezola y Juan Iglesias. Meses después, el Consejo Delegado (organización interior) del GV convoca, con éxito, el primer Aberri Eguna en el "interior" (Gernika, 1964). Un nuevo núcleo joven, ELA/STV del interior va a protagonizar la siguiente ruptura, entre éste y el siguiente año, con el GV. Para esas fechas ELA ha elaborado unos nuevos principios en los que se declara socialista y hace un especial hincapié en la inclusión de un compromiso sobre autonomía inmediata para la colaboración en cualquier entidad conjuntamente con otras organizaciones. Si ideológicamente ETA y ELA se hallan claramente diferenciadas en cuanto a modelo de sociedad propugnado y aceptación o no de la lucha armada, hay un punto concreto que las hermana frente al GV: su vehemencia nacionalista y su acusación al PNV de someterse, en lo tocante a decisiones políticas, al PSOE. La disociación político-generacional queda bien de manifiesto en la doble convocatoria de Aberri Eguna de 1966, en Vitoria el GV, en Irún el nuevo nacionalismo. A partir de estas fechas en que se inicia una apertura del régimen -ley Fraga de Prensa e Imprenta, desarrollo económico, movimiento estudiantil e intelectual, etc.- la dinámica protestataria engendra en el interior sus propias iniciativas relegando a la vieja organización en el exilio, lo cual no obsta para que, en casos como el Juicio de Burgos de 1970, sea oportuna su gestión como altavoz de lo que ocurre frontera adentro. Tras la muerte de Franco (1975), el silencio será roto esporádicamente. "El Gobierno hoy -dice Leizaola a "Punto y Hora" en enero de 1977- está actuando en el sentido de dejar la iniciativa a las fuerzas interiores. En este sentido no tiene hoy ninguna ambición de protagonismo (...) Legítimamente nos consideramos representantes del pueblo vasco, del GV de Alava, Vizcaya y Guipúzcoa, porque el mandato no ha sido todavía declarado caduco y porque tampoco han dado el mandato a otra institución". El 19 de junio de 1977, tras las primeras elecciones democráticas desde 1936, se constituye en Guernica la Asamblea de Parlamentarios Vascos con representantes de todos los partidos políticos de Euskadi salvo UCD de Navarra. El 18 de febrero del siguiente año comienza a funcionar la preautonomía mediante el Consejo General Vasco en el que vemos a Mikel Isasi, del PNV, miembro asimismo, desde 1974, del GV, que por esas fechas se compone de:
A fines de 1978 Juan Iglesias inicia su retirada del GV que abandona a comienzos del siguiente (9 de enero). El 25 de octubre de 1979 se vota en las tres provincias vascongadas el nuevo Estatuto de Autonomía y el 9 de marzo de 1980 las elecciones al Parlamento Vasco permiten presentar, el 24 de abril, a un nuevo GV surgido de una legalidad diferente.