El primer motín popular, el primer acto de rebeldía contra la corona fue en 1592, contra el impuesto de alcabala establecido por Felipe II, promulgado en Quito en el citado año de 1592. Los amotinados proclamaron rey a un prestigioso quiteño apellidado Carrera, que rehusó. Lo castigaron azotándolo hasta quedar exánime. El virrey Mendoza destacó 300 hombres al mando de Arana que acabó con la sedición. Carrera fue recompensado con el nombramiento de alferez real, cargo hereditario para sus familiares. A finales de 1624 los piratas saqueaban las costas de Ecuador. El presidente Ariola (Arriola) los rechazó duramente. En las postrimerías del año 1808 varios quiteños ilustres se reunieron en una hacienda del valle de Chillo, cerca de la capital.
Entre aquellos primeros patriotas figuraban Pio Montúfar, Manuel Larrea, Manuel Zambrano, Juan de Dios Morales y otros. Pero la idea independista no cristalizó hasta el 10 de agosto de 1809 en Quito. En esta sublevación de 1809 participó Ramón Chiriboga, militar nacido en Riobamba. Obtuvo varios triunfos sobre los realistas pero fue derrotado en San Antonio de Ibarra. Tuvo que huir a Nueva Granada, pero regresó después de la victoria de Pichincha, ocupando el cargo de gobernador militar de Quito. Sin embargo, Guayaquil habrá de ser el principal foco patriota del Ecuador. El 9 de octubre de 1820 el pueblo de Guayaquil se manifestaba en la plaza pública en favor de la independencia.
Los principales promotores fueron J. Villamil, León Fabres, los hermanos Lavayen, Lórenzo Garaycoa, Luis Fernando Vivero, José Ignacio Indaburo, los Rodero y José Antepapara. Se creo una Junta de Guerra y uno de los Lavayen fue comisionado cerca de Bolívar. El Libertador envió al general Mires con armamento. San Martín, que tenia ambiciones por esas latitudes, sólo envió cincuenta carabinas. La independencia de España se lograría en 1822 con la batalla de Pichincha que dio por resultado la capitulación del presidente Aymerich y entrada del general Sucre en Quito. Ecuador, como todos los territorios dependientes de la antigua audiencia de Quito, aceptó la constitución de la Gran Colombia, siguiendo los planes de Bolívar.