La Real Academia de la Historia guarda los siguientes manuscritos legados por el propio autor: Diario del capitán de fragata D. Juan Francisco Aguirre en la demarcación de límites de España y Portugal en la América meridional, 2 vols.; Tomo 2º de Diario y observaciones de...sobre la cordillera de Buenos Aires...; Suplemento al Diario de Aguirre; Cuaderno de notas para corrección del Diario; Compilación de 85 documentos. Fue publicado en parte por la Revista de la Biblioteca Nacional de Buenos Aires, vols. 17-20. Para una nota de sus servicios, véase: Museo Naval de Madrid, Leg. 'Juan Francisco Aguirre'.