La dirección estaba compuesta por un director, dos consiliarios, tres vigiladores, un secretario y un archivero. Fue director hasta su fallecimiento el Conde de Peñaflorida y secretario Miguel Joseph de Olaso, seguido del hijo del Conde, Ramón María, hasta la prematura muerte de este "socio viajero" en 1774. Un incansable subsecretario fue el erudito sacerdote Lorenzo Prestamero. La RSBAP guardó un importante equilibrio territorial: paridad de socios de número y también paridad de socios empleados, tres por cada territorio (un vigilador, un recaudador y un consiliario o vicedirector). La Asociación celebraba Juntas Generales anuales y cada territorio una juntilla. El sistema de organización persiguió la creación de tertulias semanales de personalidades ilustradas, allí donde hubiera más de un socio, con el objetivo de transferirse los unos a los otros información, lecturas e investigaciones, especialmente en temas como agricultura, economía y comercio.
Las comisiones que formaron la Sociedad fueron cuatro. I, Agricultura y economía rústica; II, Artes y Ciencias útiles; III, Actividades industriales y comerciales; IV, Política y Buenas Letras. Dado el pragmatismo de los ilustrados, fueron las tres primeras comisiones las que desarrollaron mayor actividad.
Para ser socio de la RSBAP bastaba con ser "de juicio maduro, de una crítica fina y que tengan algún talento", y en lo social, ser "de primera distinción". Se establecieron seis clases de socios: 24 amigos de número (8 por cada provincia), socios honorarios, de mérito, super numerarios, agregados y alumnos (menores de 18 años). Luego se añadieron nuevas categorías como literatos, extranjeros, etc. Al comienzo predominó la nobleza, titulada o universal, pero, más adelante, la composición social se abrió considerablemente. En los "extractos" de 1778 las profesiones de los socios eran: Funcionarios estatales: 10,9 %; Militares: 10 %; Nobles: 7,7 %; Clero: 6,4 %; Indeterminados: 64 %.
La progresión de número de soocios fue constante: 1768: 57; 1773: 500; 1778: 900; 1788: 1.300. De éstos, un número importante se hallaba en Filipinas e Iberoamérica, especialmente en México, contándose, por ejemplo, en 1773, 171 nuevos socios de este último virreinato. También fue importante la Colonia Vasca de Cuba en cuya capital, La Habana, hubo 27 socios. En España los socios extraterritoriales eran importantes, sobre todo en Madrid (109), Sevilla (40) y Cádiz (40).
En función de su reclutamiento, los socios eran personas aficionadas a los estudios, entre ellos de poesía, física experimental, mecánica, matemáticas, historia, oratoria, euskera, música, etc. Era su deber cultivar éstos, así como los de agricultura, artes y comercio. Escogieran la disciplina que escogieran había una norma que siempre debía guiar dicho cultivo: "se deberá siempre tener presente la mayor utilidad del País y preferir lo útil a lo agradable".