Pese a sus tempranas formulaciones sobre la cuestión foral, el federalismo vasco apenas ejerció un peso real inmediato en un país anclado en las fórmulas tradicionales. Al caer Isabel II va a disponer de una primera oportunidad para llevar a la práctica sus teorías. Una Asamblea Federal de representantes de Vascongadas y Navarra había acordado el 28 de junio de 1868 la defensa del sistema foral. Proclamada la I República, las elecciones de 1873 llevarán -merced a la abstención generalizada y al estado de guerra- a once diputados federalistas vascos a las Cortes. Varios de ellos toman parte en la comisión redactora de la nueva Constitución española. Pero estos diputados, entre los cuales se halla Serafín Olave, conscientes del particular status de Navarra, propusieron la creación de dos cantones, el navarro y el vascongado (Navarra y Regiones Vascongadas).
En consonancia con el proyecto de Constitución de 1873 que garantizaba "la autonomía de las regiones, ya se compongan de una o de varias de las actuales provincias, sin otro límite que el impuesto por ellas mismas en la presente Constitución", los republicanos vascos se enfrentaron con la posibilidad de crear un Estado o Cantón vasco cuadriprovincial, celebrando para ello diversas reuniones de las que sólo salió una reafirmación de la foralidad tradicional aderezada, en el caso de Gipuzkoa, de la fórmula "salvo siempre lo que reclame su interés común", es decir, la Conferencia.
Las peculiares condiciones de la Restauración alfonsina en sus inicios hicieron desaparecer el partido cuya reestructuración se efectúa en la década de los 80 del pasado siglo dentro de los moldes de los tres republicanismos existentes en ese momento a nivel de Estado: el democrático progresista de Ruiz Zorrilla, el demócrata federal de Pi i Margall y el posibilista de Castelar. El republicanismo vasco acusa estas divisiones difuminándolas en gran medida. El 17 de abril de 1881 se hace público en Tudela el Manifiesto fundacional del Partido Republicano Democrático Federal navarro liderado por Serafín Olave. Con arreglo a las normas adoptadas en la Asamblea de Madrid de 1882 por el Partido Republicano Demócrata Federal, Cataluña, Galicia y Navarra van a redactar una "constitución de cada Estado de la futura Federación hispana".
La guerra civil última y sus desoladoras consecuencias para todos los vascos habían acarreado un vuelco en el federalismo navarro. Arturo Campión, decepcionado y desesperanzado, abandonaría el mismo declarándose "católico y fuerista a secas". Otros, de la mano del ahora éuskaro convencido Olave, van a rememorar las relaciones históricas de Navarra con sus hijuelas vascongadas. La Constitución Futura de Navarra de 1883 presenta una estructura regional que supera el mero fuerismo, aunque establece que la administración interior de cada componente sea la foral, con lo que enlaza, de forma fácil y orgánica, con la tradición vasca:
"Navarra, dentro de sus actuales límites, se constituirá en Región, porque está dispuesta a admitir la libre reincorporación de los territorios de La Rioja, Vascongadas y Sexta Merindad de Ultrapuertos (hoy francesa) que antes fueron navarros; constando ya que, en algunos de ellos existe la patriótica tendencia a tan fraternal y conveniente unión, cuando las circunstancias lo permitan"
[Constitución Futura de Navarra del Partido Democrático Federal Navarro, 1883, 38 pp. La catalana es de 1883 también y la gallega de 1887. Cfr. SANTA MARIA PASTOR y VVAA: Documentos para la historia del regionalismo en España, IEAL, Madrid, 1977, 158-174, 420-435].
El proyecto, primer antecedente de un Estatuto de Autonomía nacional de Vasconia, no fue aprobado en la II Asamblea federal celebrada en Zaragoza, que se limitó a consensuar una Constitución federal para todo el Estado. Sí lo fue, sin embargo, en la III Asamblea celebrada en Madrid en 1888, junto con el anteproyecto catalán también presentado. Autonomía foral y constitución regional recaba el federalismo navarro. Un guipuzcoano federalista, Benito Jamar, hombre profundamente marcado por el desastre bélico de 1876, es aún más explícito al solicitar una decidida protección de la etnicidad que considera amenazada:
"Quizá el único medio de conservar la fisonomía propia de este pueblo...es el mantenimiento de nuestra organización foral (...) Dentro de cincuenta años nadie podrá decir que éste es el país del Fuero...No habrá aquí más fueros que en Soria o en Albacete".
[JAMAR, Benito: Apostilla La solución al libro de Joaquín JAMAR, 1868, pp. 53-54].
Importantes elementos de este viejo federalismo finisecular se hallarán, como veremos más adelante, presentes en el pensamiento de hombres como Ramón Madariaga, padre nutricio del Estatuto de Eusko-Ikaskuntza de 1931, y de José Ignacio de Arana, nacionalista de ANV su principal colaborador. En el resto de Euskal Herria el federalismo se coaligó con los demás republicanismos constituyendo comités electorales, centros y círculos. Fruto de esta colaboración fue el nacimiento de los periódicos "Euskaldun-Leguia" (1882-1884) de Bilbao, "La Voz de Guipúzcoa" (1885-1939), "El Republicano Alavés" (1889- 1890) y "La Democracia" (1887).
La progresión electoral de estas agrupaciones es extremadamente lenta hasta 1890: 1 congresista por Álava (Becerro de Bengoa) y 4 concejales en el ayuntamiento de Bilbao en 1886 y 1887. La implantación del sufragio universal masculino apenas altera esta relación hasta el final del siglo: 1891, 1 congresista (Becerro de Bengoa) por Álava; 1893, 2 congresistas (Becerro de Bengoa y Federico Solaegui) por Álava y Bizkaia; 1899: 1 parlamentario (Francisco Zabala Villar) por Gipuzkoa. Los federales de Pamplona y Tudela presentan por primera vez y sin éxito candidatos a Cortes en 1891 y 1893, los tudelanos con el apoyo de su periódico "Dios y Fueros" en estas últimas. En 1893 se creó la Unión Republicana española que congregó a los tres partidos aunque por poco tiempo ya que las discordias en el seno del Partido Progresista deshicieron lo efectuado. Los disgregados republicanos vascos acusarían también esta crisis.
Con la llegada del nuevo siglo y la creación en Bilbao del Casino republicano (1903) y el nacimiento en 1901 de "El Liberal", periódico liberal dinástico adquirido por el republicano federal Horacio Echevarrieta en 1916, el republicanismo comenzó a asentarse en Bizkaia. Pero el federalismo no parece haber sido la corriente dominante, como tal, en ese territorio ni en Guipúzcoa donde, al contrario de la Unión republicana, los federales de Leopoldo Ducloux, Francisco de Gascue y Pío Bizcarrondo no traspasaron el área donostiarra. Tampoco lo fue en Navarra donde se integraron en 1914 sin más en el Partido Republicano Autónomo hasta su efímera y vana resurrección de 1931.
Pese a sus orígenes federales, las grandes figuras del republicanismo vasco-Gascue, Echevarrieta, Fernando Sasiain, etc.- no hacen política de partido sino una labor frentista especialmente importante a finales de la Dictadura de Primo de Rivera. Los federales de Gipuzkoa rechazaron la jefatura y las orientaciones del presidente nacional, Eduardo Barriobero, aproximándose a las tesis pro-conjuncionistas del Comité Municipal madrileño y de otras organizaciones autónomas que luego confluyen en el partido de Franchy y Roca. Los de Bizkaia debieron de hallarse integrados en el Partido Republicano unido. Ninguna participación como partido cupo al PRF en el Pacto de San Sebastián de 1930 ni en los acontecimientos posteriores protagonizados por los republicanos (levantamiento de Jaca, proclamación de la II República, etc.), lo cual no obsta para que se diera por sentado que la nueva República había de ser federal (cosa que no fue) y no unitaria.
Tras la proclamación de la República se consuma la disociación entre federalismo histórico -decadente- y republicanismo a secas. La Asamblea Federal nacional española reunida en Madrid en mayo de 1931 dio la consigna de reagrupamiento, que fue seguida con escasa suerte electoral en Vasconia y, en general, en todo el Estado. El federalismo guipuzcoano se reorganizó el 5 de mayo desvinculándose de la Unión Republicana. La Junta Provincial y el Comité de Selección se compuso de: Rufino San Martín, Luis Caperochipi, Juan Machimbarrena, Julián Juanena, Domingo Andonegui y Policarpo Goñi, siendo su sede el "Euskal Choko" de Fermín Calbetón 35 de San Sebastián. Presidente: Juan Machimbarrena.
Los navarros también trataron de reestructurase abriendo algún que otro círculo poco duradero en un territorio monopolizado por la derecha. En junio de ese mismo año, el PRF de Gipuzkoa fue el único partido que rechazó el Estatuto cuadriprovincial de Eusko-Ikaskuntza preconizando un Estatuto provincial federable a otros. Durante el resto del quinquenio republicano el federalismo trató infructuosamente de mantener su identidad. El de Guipúzcoa -el más compacto pese a su pequeñez- debió de ser franchysta y apenas se sabe nada de él. En cuanto a la ideología federal, ésta impregnó algunas reagrupaciones vascas distintas al PRF.
La detención de Fernando Sasiain en agosto de 1934 y su participación en la protesta de los ayuntamientos de elección democrática entronca con la lucha desarrollada por la tendencia que acabó denominándose Izquierda Federal, inspirada en su casi homónima catalana, presente en San Sebastián desde abril (Ezquerra Vasca Federal) y en Santander. Izquierda Federal propició un Congreso de unificación en Valencia en febrero de 1938, Congreso al que asistió el alcalde donostiarra que fue además nombrado Presidente del nuevo partido en cuyo Consejo Nacional figuraron también Manuel de la Torre y Belén Sárraga (vicepresidentes), Manuel Ramos (Secretario), Salvador Garriga (vicesecretario), Francisco Corbagá (tesorero), Angel Jiménez (contador) y Valeriano Rico y Landelino Moreno (vocales).