Permutas con la diócesis de Bayona. Durante el s. XVIII, pese al declive de las peregrinaciones, siguió siendo visitado el monasterio, por ejemplo por Isabel de Farnesio y M.ª Ana de Neoburgo. En 1712 se llegó a un acuerdo entre el Obispo de Bayona y el cabildo de Roncesvalles por el que los diezmos de la Alta Navarra (Lerín, Baztán, etc.) pasaban al cabildo de Roncesvalles y las pertenencias de esta abadía en las tierras continentales se adjudicaban a Bayona.