Andoaingo Ikastola herriko euskaltzale batzuen ekimenez sortu zen, Juanita Alkain aitzindarietako bat izan zelarik. Honek bere testamentuan, 1948an, bere etxea Ikastola edo euskara irakasteko lekutzat utzi baitzuen: "... en especial para la Catequesis de la lengua Vascongada y desarrollo, respetando la orientación religiosa, de alguna rama de la cultura vasca". Etxe honetan bertan jarriko da martxan Aita Manuel Larramendi Ikastolaren historia, 1963an. Etxe hau "Accion Católica" izenarekin ezagutzen zen.
Gipuzkoan sortzen ari ziren ikastolen adibidea aintzat hartuta, Andoaingo Laborden lan egiten zuen Xabier Goena irundarra da aurrenekoz Ikastola sortzearen proposamena egin zuena. Ikastolako lehendabiziko batzordekideak honako 7 hauek izan ziren: On Eugenio Arregi, Jose Mari Huizi, Ixiar Arin, Maria Paz Artolazabal, Jose Luis Areso, Moises Larrañaga eta Joakin Esnal. 1963ko azaroaren 12an ezagutu zuen bere lehenengo eskola eguna Aita Manuel Larramendi Ikastolak. Ofizialki honek deitura ezberdinak erabili behar izan zituen, Francoren diktaduraren jazarpena medio: Escuela bilingüe, Colegio Menor Padre Larramendi.
Ikasgelak, garai hartan, Kale Nagusiko 28 zenbakian zeuden. Bertan, behin baino gehiagotan, Guardia Zibila noiz agertuko beldurrez ibili ziren. San Martin Parrokiak eskaintzen zuen ofiziala zen babes bakarra, izan ere, Ikastolak San Martin Parrokiako Katekesi bezala funtzionatu zuen, beste hainbat herritan gertatu zen bezala.
Marimi Ugalde eta Mari Paz Artolazabal izan ziren bere lehenbiziko irakasleak, 1965ean. Amparo Etxarri Larburu, 1965ean hasi zen eskolak ematen ikastolan, 1967an bere ahizpa egin zen ikastolako irakasle, eskola "nazionala" utzi eta gero.
1965eko urriaren 18an Academia Leizaur S.A. sortu zuten eta Donostiako Miguel Castellsen notaritzan eskrituratu. Akademia berri hau eskrituratzeko garaian, Jose Luis Lasarte, Juan Jose Santa Kruz, Jose Areso eta Eusebio Garmendia zeuden titular gisa. Elkarte honek 950.000 pezetatako kapital soziala izan zuen hasierako urteetan, 500 pezetako 1900 harpidetzaz osaturik. Leizaur Akademiak zuen diruarekin, bi etxe azpi erosi ziren Leitza kalean. 1965-1966 ikasturtean erabiltzen zituen lehenengo aldiz Ikastolak etxe-azpi hauek.
Sortu berria zen Ikastolaren aurkako ahotsak ere entzun ziren Andoainen. 1969an, salaketa baten ondorioz, Kale Nagusian zeuden ikasgelak prezintatu egin zituzten. Baimena eman ordez, Ikastola ixteko agindua eman zuen Madrilek. Ministerioak adierazten zuen Ikastola gabe ere nahikoa ikastetxe bazegoela Andoaingo herrian, zentzugabeko arrazonamendua dela ere argi dago.
Ikastolatik, Elizegi eta Mujika Brunet abokatuengana jo zuten beharrezkoa zen errekurtsoa prestatzeko. Bide juridikoaz gain, beste bide batzuk ere hartu zituzten Ikastolako batzordekideek, baina erantzunaren zain zeuden bitartean, Hezkuntza Ministerioak lege berri bat jarri zuen indarrean; hau da, hezkuntza sistema goitik behera aldatu zuen legea, Ley de Educación General Básica (EGB), hots, Oinarrizko Hezkuntza Orokorreko Hezkuntza Legea (OHO). Lege berri honek 14 urte bete arteko eskolaratzea behartzen zuen eta lege honi esker lortu zuen Andoaingo Ikastolak Oinarrizko Heziketa Orokorra irakasteko baimen ofiziala. 1971-72 ikasturtean, estreinako aldiz, Cartilla de escolaridad banatu zen.
Andoaingo Ikastolak garai hartan harreman zuzena zuen Donostiako Santo Tomas Lizeoarekin. Santo Tomas Lizeoak erdi mailako ikasketak eskaintzen zituen eta Andoaingo ikasleek ikasketak bertan jarraitzeko aukera zuten.
1973ko irailaren 27an, Andoaingo Udalak lehenengo aldiz, Ikastolari diru laguntza edo subentzio ofiziala eskaini zion. 1976-77an oraindik ikastetxe propiorik gabe, alde batera eta bestera joatea kasik ohitura bihurtu zen. La Salle ikastetxeak zenbait lokal behar zituela eta duela bost urte utzitako ikasgelak hustu egin behar izan ziren. Gela hauek utzi ostean ikasleek beste hauetara pasa ziren: Arrateko Labaiendarrek Agustin de Leitza kalean zuten lokaletara; Tejas y Ladrillos del Oria S.A.k 17. Poligonoan zuen lokalera; Etxeberria sendiak Juan Bautista Erro kaleko 4.ean zuten etxe azpira. Azken honetan ezarriko da Ikastolako bulego berria. Etxe azpi hauek guztiak dohainik utzi zitzaizkion Ikastolari.
1978ko urriaren 10eko Batzar Orokorrean Andoaingo udalak horrela erabaki zuen: "Declarar a la Ikastola de este término municipal de interés preferente por su labor cultural en general y muy en particular por la enseñanza del euskara". Une honetatik aurrera, udalarekiko harremanak inoiz baino ugariagoak izango dira eta bera egin zen Ikastolaren mantenamendu gastuen arduradun. Honetaz gain, udalak zituen zenbait etxe-azpi eta ondasun doan utzi zizkion.
1979-80 ikasturtearen Ikastolak herrian zehar banatuta jarraitzen zuen. Urte honetan, Ikastolak bost gela berri lortu zituen, Udalak utziak, Extremadura kalean. Gela berriak lortu arren, beste batzuk hustu egin behar izan zituen: Agustin de Leitza kaleko Labaiendarren etxe azpiak hutsik geratu ziren. 1980-81 ikastaroa hasteko askorik falta ez eta Ikastolak Milagrosa eskolako ikasgelen eskaera egin zion Udalari. Udalak baiezkoa eman eta Ikastola bertara aldatu zen. Hurrengo ikasturtean, leku premian jarraitzen zuenez, hutsik zeuden Etxeberrieta auzoko Eskola Nazionalak eskatu zitzaizkion udaletxeari. Ikastolari ez zitzaion irtenbiderik eskaintzen eta hamaika istilu gertatu zen ondoren.
1985-86 ikasturtean erabili zuen estreinakoz 43. Poligono edo Txistoki pasealekuko eraikina. Ikastola berriaren orube honek 10.000 metro karratu zituen eta Udaletxeak, Foru Aldundiak eta Eusko Jaurlaritzak banatutako diru-laguntzei esker ikastetxe berriaren lanak hasi ziren. 22 urtez urratzen ibili zen ibilbidean lehenengo aldiz, ikastetxea zuen Andoaingo Ikastolak. Ikastetxe honetaz gain, Rikardo Arregi kalean 8 ikasgela zituen eta eskolaurreko haurrek herrian zabalduriko etxe azpitan jasotzen zituzten euren lehenengo eskolak.
1986-87 ikasturtetik aurrera, Aita Larramendi Ikastola IEE (Irakaskuntza Ertainen Erreforma) eskaintzen hasi zen eta Txistoki pasealekuko eraikinari, ikasle eta gurasoen artean Ikastola handia deituko zaionari, eraikuntza lan berriak txertatu zitzaizkion. Bederatzi ikasgela berri izango zituen aurrerantzean eraikinak. 1987ko ekainean hasi ziren lanak, 50 milioi pezetatako mailegua eskatu ostean; 1988-89 ikastarorako amaitu ziren lan hauek.
1993. urtean Euskal Eskola Publikoari eta Euskal Herriko Autonomi Elkarteko Unibertsitatekoez kanpoko irakaskuntzarako irakasleen kidegoari buruzko Legea atera zuen Parlamentuak eta maiatzaren 25a baino lehenago erabaki behar izan zen sare publikora pasa ala pribatuan jarraitu. Erabaki honek Ikastolaren etorkizuna baldintzatu zuen. Bozketa maiatzaren 22an egin zen eta Ikastolako irakasle, guraso eta bazkideen erabakia hau izan zen: pribatua izatearen alde 730 eta publiko izatearen alde 272 boto. Ikastolak, beraz, pribatu izaten jarraitu zen.
Aita Larramendi ikastolak parte-hartze anitzagoa eskaintzen duen egitura osatzeko lanak 2003ko abenduaren l6an onartu zituen. Hala, guraso guztiak bazkide dituen Ikastola sortu zen. Aldaketa honen ondorioz, aurrerantzean, Andoaingo Aita Larramendi Ikastola Kooperatiba Elkartea izango da Ikastolaren izen ofiziala.