Esta Junta militar tenía jurisdicción sobre las provincias de Navarra, Álava, Gipuzkoa y Bizkaia y actuaba en Bayona durante la guerra carlista. Tras la derrota de Oroquieta (1872) cundió la enemiga contra el secretario de don Carlos, Emilio Artajona. El rey, que seguía indudablemente las inspiraciones de su fogoso secretario, que era capitán de Estado Mayor, literato y político, disolvió la Junta Militar Vasco-Navarra constituida por don Juan de Dios Polo (cuñado de Cabrera), don Fulgencio de Carasa, el marqués de Valdespina, don Gerardo Martínez de Velasco, don Francisco Sainz de Ugarte, don Juan Bautista Aguirre, don Antonio Lizarraga, don Antonio Milla y el francés Cathalineau, siendo secretarios don Serapio Peralta y don Alejandro Argüelles. La unidad se exterioriza también con el nombramiento en octubre de 1872 como comandante general de Vascongadas y Navarra a favor de don Antonio Dorregaray y Dominguera.