Se fundó este hospital en 1524 con el fin de unificar los numerosos hospitales dependientes de parroquias y cofradías que tenía la ciudad de Estella (Navarra), encargándose de regirlo el municipio. Su primer emplazamiento estuvo junto al convento de la Merced, entre éste y el hospital de San Lázaro, trasladándose en 1624 a su actual asentamiento en la calle de la Imprenta que conduce a San Miguel. Actualmente se encuentra abandonado.