A partir de entonces, comienza a descender el número de sus asociados. Se pueden distinguir dos etapas en su evolución ideológica:
a) En la primera, a partir de sus inicios está integrada por liberales de todos los matices, funciona como un club de opinión abierto a las distintas corrientes y a los cambios que se van introduciendo en la sociedad vasca, atenta a los intereses locales. Los liberales fueristas luchan desde ella por la recuperación de la autonomía político-administrativa y por la defensa de la cultura autóctona en trance de desaparición, tras la abolición foral que siguió a las guerras civiles. Se quejan justamente de que habiendo contribuido con las armas a sostener el trono español se vean castigados por las leyes que emanan de él. Las conferencias que se pronuncian en la tribuna de "El Sitio" durante este etapa así como los artículos de su revista conmemorativa están principalmente encaminados por estas directrices y por los asuntos públicos más próximos a los ciudadanos vascos.
b) La segunda etapa, se puede situar a partir del 2 de mayo de 1902. Con ocasión de celebrase la fiesta principal de la Sociedad miembros militares de la misma mantuvieron un violento altercado con los socios del centro vasco; como consecuencia del mismo la dirección de "El Sitio" obligó a darse de baja a los socios que a su vez lo fueran del centro vasco. Frente al naciente nacionalismo, la dirección de la Sociedad fue adoptando posiciones paulatinamente críticas descalificatorias y de franca oposición. En "El Sitio" figuraba un importante contingente de funcionarios, militares e inmigrantes de las distintas provincias españolas. Entre sus dirigentes personalidades tan relevantes como Miguel de Unamuno, Gregorio Balparda y desde principios de siglo el socialista Indalecio Prieto, se posicionaron en contra del entonces llamado bizkaitarrismo. Este posicionamiento político transformó a la Sociedad y supuso un declive en el número de socios, aunque continuó manteniendo una saneada situación económica, sustentada por el casino de juego que funcionó en sus salones hasta 1923, cuando la dictadura de D. Miguel Primo de Rivera prohibió el juego en las Sociedades.
Durante este período aumentó su prestigio a nivel nacional, pues representaba por decirlo así la vertiente españolista de la política y la cultura bilbaínas. Por ella desfilaron relevantes figuras del monarquismo, republicanismo, socialismo y principales revistas, periódicos y órganos de expresión de la cultura española. Dato, Bergamín, Osorio y Gallardo, Moret, Melquíades Alvarez, Marañón, Julián Besteiro, Primo de Rivera, Azaña, Azcárate, Lerroux, Ortega y Gasset, María Maeztu y un largo etcétera, pronunciaron conferencias de todo tipo; a lo largo de su andadura aparecen hasta una centena de títulos debidos a oradores locales y a muchos otros de renombre nacional. Con el advenimiento de la Segunda República su posicionamiento fue de franca colaboración. Un número considerable de entre sus socios detentaron cargos de responsabilidad en el gobierno como ministros, directores generales o gobernadores.
Al producirse la sublevación militar intentó formar un batallón que llevará el nombre de "El Sitio", pero sus integrantes eran demasiado mayores y hubo que desistir en el empeño. Luego, la junta directiva ofreció los locales para hospital de sangre, oferta aceptada por el Consejero vasco de sanidad, D. Alfredo Espinosa, funcionando así hasta la entrada en Bilbao del ejército franquista. Con fecha 14 de agosto de 1938 fue confiscada, decretándose la incautación de todos sus bienes, inscribiéndose a favor del Estado la finca, terreno, solar y edificio de la calle Bidebarrieta número 4, adquiridos posteriormente por el Excmo. Ayuntamiento de Bilbao que los dedicó a biblioteca municipal, función que viene ejerciendo hasta la fecha. La influencia ejercida por "El Sitio" fue de gran alcance, constituyendo punto de referencia obligado de la época, por su hermoso edificio dotado de importante biblioteca con cerca de diez mil volúmenes, salones de fiestas, gimnasio, peluquería, baños, salón de esgrima, restaurante, bar, parada de coche de caballos.
Allí se dieron memorables bailes y conciertos, fiestas, torneos de diversos juegos. Su participación en la vida pública bilbaína en sus más diversas manifestaciones fue peculiar. Y era fama que en sus salones se hacían y deshacían candidaturas y coaliciones políticas, llegando en alguna ocasión a abrir suscripciones económicas para apadrinar a su candidato político Indalecio Prieto. Mantenía a su vez relación con los principales clubs de la Península e incluso con algún otro francés o inglés. La sociedad "El Sitio" permaneció muerta hasta el 28 de enero de 1981 en que fue refundada con un carácter apolítico como lugar de encuentro y centro de actividad cultural.