Además de esta influencia ideológica, la expresión más destacable fue el control de la enseñanza en Gipuzkoa y Bizkaia, bajo el dominio carlista. En el corto período en que se estableció un verdadero estado carlista puede hablarse de control de la enseñanza por parte de las corporaciones locales y provinciales allí donde el dominio carlista estaba presente. La puesta en funcionamiento de instituciones propias, que ejercían el control de la enseñanza, abarcarán todos los niveles. Las características de este control pasaban, en el orden ideológico por la recuperación de las instituciones tradicionales, y la defensa de una enseñanza católica y euskaldun. En este sentido, el desarrollo de la guerra no impediría que se tomasen decisiones para favorecer la aplicación de un sistema de enseñanza diferente y adaptado ideológicamente al nuevo estado.
El obstáculo mayor que surgirá en el sexenio revolucionario, debido a la configuración social, será la aprobación de la Constitución democrática de 1869, protestada por las Diputaciones Vascas. Las diputaciones carlistas vascas que se habían opuesto acaloradamente contra la libertad de culto, tendrán su correlato, con respecto a la educación, ya que el juramento de la Constitución exigido a los maestros no encontrará en éstos una respuesta unánime. La mayoría de maestros carlistas se negaron a acatar dicha Constitución.
Las intervenciones por parte de las autoridades carlistas para hacerse con el control de la enseñanza tenían dos frentes de lucha: por una parte reaccionar contra el sistema liberal de la administración educativa, señaladamente en contra de los maestros liberales, tachados de "negros"; y por otra, hacer llegar a los centros escolares los nuevos planteamientos educativos influenciados por el carlismo.
Este control suponía el desarrollo de ciertas estrategias de intervención donde las simpatías ideológicas se anteponían a la efectividad de los planteamientos educativos. El control por parte de los carlistas afectaba tanto a los maestros (los cuales debían poseer el conocimiento del euskara); a los contenidos de la enseñanza (fomentar la instrucción religiosa): a la inspección (a cargo de las juntas de instrucción con amplia presencia del clero), como a las decisiones administrativas (nombramiento de maestros a cargo de los ayuntamientos), según las Bases para la formación del Reglamento de las escuelas de Instrucción primaria de este M.N. y M.L. Señorío de Vizcaya (Archivo de la Real Academia de la Historia, Fondo Pírala, Legajo 9-6912).
Estos planteamientos educativos entrarán en conflicto interior dentro del propio País Vasco, enfrentando sobre todo al colectivo de maestros. El debate político había quedado abierto, de forma que las descalificaciones y los enfrentamientos también llegarían a la enseñanza. Las cautelas tomadas por las autoridades carlistas para desarrollar su actividad gubernativa entrarán en un terreno en el que, más allá de las reformas planteadas, se verá tan sólo un determinado modo de hacer política.
Si bien la vigencia de esta experiencia, cronológicamente corta (1873-1876), no nos permite hablar del afianzamiento de un sistema educativo diferente, no deja de ser significativo el orden de relaciones de control que se ejercen. El establecimiento de una Junta Superior de Instrucción Pública y Sanidad y otra de Instrucción Primaria en Vizcaya y Guipúzcoa, respectivamente, serán los órganos de decisión durante este corto período. También hay que señalar que en este proceso se llevó a cabo la apertura de la universidad de Oñati, que obtuvo el carácter de pontificia, así como el Seminario Vasco-Navarro dirigido por Manterola.
El Señorío de Vizcaya, en el contexto de la guerra carlista, creó una Comisión de Instrucción Pública, en sustitución de la Junta de Instrucción Pública. No harán lo propio las otras diputaciones que continuarán manteniendo las respectivas Juntas Provinciales y Locales, con las atribuciones contenidas en la ley, aunque ocupadas por miembros significados del carlismo.
Por su interés nos detendremos en las labores de estas juntas, pues representaron la posibilidad de organizar la enseñanza de modo diferente al instituido en el resto del Estado. La Junta Superior de Instrucción Pública y Sanidad del Señorío de Vizcaya, constituida en Durango el 10 de febrero de 1875 realizaría una serie de trabajos que dieron como fruto las citadas bases, que recogen en 10 puntos todos los aspectos susceptibles de su competencia: la Diputación general será la que tenga el gobierno y dirección de la instrucción pública en el Señorío, que nombrará a los miembros de la Junta Superior, dos de los cuales serán eclesiásticos. Para completar estas directrices administrativas, las juntas locales serán las encargadas de la inspección de las escuelas.
Entre las atribuciones de esta Junta Superior estaba la de designar la clase y número de escuelas que habían de sostener los municipios, así como la de promocionar la enseñanza del euskera en las escuelas. La clasificación de las escuelas era la de elementales (completas e incompletas) y superiores, las cuales eran proveídas por oposición o concurso, siendo el nombramiento de los maestros a cargo de los propios ayuntamientos.
En el informe que precede a dichas bases se hace una valoración de la enseñanza primaria en el Señorío, y ofrece un estado de la enseñanza a partir de la información suministrada por los respectivos pueblos, de conformidad con las órdenes dictadas por la propia junta en abril de aquel año. A la vista de tal estado opina la junta que: "entre las reformas cuya necesidad y trascendental interés resaltan a primera vista, da justamente la preferencia a las que tienen por objeto la inamovilidad de los profesores y el cultivo del idioma bascongado en las escuelas de Vizcaya". Dicha inamovilidad de los profesores estaba motivada, por la creciente práctica de destitución o suspensión de los maestros, debidas "por mero capricho, por malquerencia de los que hacen eco en las parcialidades locales, o por otros móviles menos levantados", con lo cual "se consuman escandalosos abusos". Situación ante la cual la mentada junta opta porque se reserve a los Ayuntamientos la elección de maestros en terna y tomando bajo su cargo la separación de los maestros.
En cuanto al euskara, la junta propone un bilingüismo que permita desarrollar al máximo esta lengua a todas las clases sociales, si bien también es consciente de las dificultades que esta innovación supondría para las escuelas. Del estado de la instrucción pública, la junta obtuvo datos referentes al nombre de los profesores, número de niños y niñas, título profesional y nombramiento de los maestros, renta anual, clase de escuela y nombre del pueblo. Con estos datos se formaron los siguientes distritos: Zornoza (39 escuelas), Durango (37 escuelas), Mungia (23 escuelas), Ceberio (12 escuelas) y Balmaseda (19 escuelas). En las observaciones hechas por los pueblos constan los atrasos en el pago a los maestros, en algunos casos con dos años de retraso.
También en Gipuzkoa, la Diputación carlista, con sede en Tolosa, a través de su Junta de Instrucción Primaria instaurada el 14 de marzo de 1874, plantearía cuestiones similares sobre enseñanza, como se deduce de las actuaciones de la misma respecto al profesorado y a la situación escolar. La Junta Provincial de Instrucción primaria, estaba formada por Agustín Jáuregui, Presbítero, presidente, D. José Nicasio Casal, vicepresidente, D. Pedro Leturia, D. José María Eleícegui, D. Santos Gorostidi, Presbíteros, vocales y D. Antonio Castro, secretario. El vicepresidente y el secretario son maestros de declarada filiación carlista, mientras que el resto de componentes eran eclesiásticos. Los expedientes tratados por dicha junta se refieren, por la escasa documentación existente, a la provisión de vacantes de escuelas ocasionadas por el abandono de maestros liberales.
La publicación del Reglamento provisional de las Escuelas de Instrucción Primaria de la M.N.N. y M.L. Provincia de Guipúzcoa (Tolosa, 1875), con 132 artículos, que contrasta con el de Bizkaia, por parte de dicha Junta demuestra el interés por organizar la enseñanza desde los criterios ideológicos carlistas, haciendo hincapié en la enseñanza del euskara y proponiendo material escolar en euskara, para su uso en las escuelas controladas por la Diputación carlista. Los Objetivos del Reglamento son: defensa de la religión católica, del euskera y de los fueros. Establece una tipología de escuelas (elementales, superiores, religiosas) y establece el pase foral para los maestros con certificación de autoridades de fuera de la provincia y propone una serie de prácticas religiosas (cada hora el Ave María, rosario diario, misa con maestros, etc.). Se desconocen las actuaciones de la Diputación, aunque muchos maestros liberales o carlistas solicitaban ser trasladados en caso de que ejerciesen su trabajo en una escuela de una población estuviese ocupada por fuerzas contrarias a la ideología del maestro.
Con el desarrollo de la guerra carlista la inspección provincial no pudo ejercerse más que en las capitales y algunos pueblos todavía no tomados por las fuerzas carlistas. En aquellos pueblos bajo dominio carlista la inspección corría a cargo de sus autoridades.
Así pues, durante la vigencia de los fueros, las diputaciones vascongadas demostraron una constante vigilancia sobre aquellas disposiciones del Gobierno central que atentasen a los mismos. La actuación conjunta por parte de las corporaciones provinciales ante la ley Severo Catalina, como ocurrió con la ley Moyano, denotan el grado de percepción del conflicto y el control ejercido por parte de dichas corporaciones, sobre todo en momentos donde la intervención gubernamental no podía ejercerse. Las cuestiones más fundamentales que lograrían el grado de solidaridad entre las provincias hermanas fueron las relativas al magisterio, a la inspección y vigilancia de las escuelas y a la enseñanza del euskara. Ni que decir tiene que, a pesar de esta favorable situación para las fuerzas políticas y sociales del país, no cabe pensar en ningún cambio sustancial con respecto a la realidad educativa, dominada por la imposición del castellano en las escuelas y de los órganos administrativos y burocráticos de un Estado crecientemente uniformador e intervencionista en materia educativa.
La nueva situación generada a partir de la pérdida de los Fueros en 1876 y el inicio de los Conciertos Económicos, supuso no sólo un cambio en las relaciones administrativas entre el Estado y los territorios vascos, sino que también logró poner en juego toda una serie de mecanismos culturales, a fin de reivindicar las características diferenciales en cultura, lengua, historia, tradiciones propias.
En este contexto, el último tercio del siglo XIX en Euskal Herria, se producirá una efervescencia cultural y literaria, dentro de lo que algunos autores han denominado el "Renacimiento literario" o "Euskal Pizkundea", donde el euskara irá adquiriendo mayor presencia, si bien dentro de límites restringidos. Movimiento de recuperación cultural y lingüístico, que intenta abarcar el máximo espacio posible y acceder a ámbitos más abiertos, en consonancia con la realidad del País. Espacio social controvertido y mosaico de las culturas que poco a poco se han ido configurando en Euskal Herria. Así pues, tanto a un lado como al otro de la frontera se sucederán las muestras de recuperación cultural, y surgirán personajes, asociaciones, revistas, fiestas, certámenes literarios, etc. cuyo denominador común lo constituye la referencia a la cultura vasca, desde una identificación que pretende dar contenido a unas señas de identidad que se viven como perdida de un patrimonio común. En este contexto, el carlismo también tuvo su presencia.