Sin embargo, los primeros intentos de recuperación del concierto comenzaron a los tres días de la publicación del decreto derogatorio lógicamente de forma muy reservada. Pero en el seno del régimen franquista no era fácil que la situación se enmendara. Desde el fin de la autarquía, a comienzos de los años sesenta, los vientos políticos comenzaron a cambiar. Tras diversas gestiones, tímidas y poco productivas, en los años 60 se desarrollaron intentos más serios en el seno de las Diputaciones, y fuera de ellas, para, como un primer paso, derogar el carácter sancionador del decreto de 1937 y en la medida de lo posible adquirir el Régimen especial de Carta provincial (posibilidad recogida en el art. 238 de la Ley de Régimen Local), que ya beneficiaba a Madrid y Barcelona. Tal demanda se cursó a Franco en 1964.
Sin embargo se percibe una diferente postura de las dos Diputaciones afectadas. Por una parte, la de Gipuzkoa pedía la derogación del Decreto y la vuelta al Concierto, pero la de Bizkaia aspiraba a la derogación del preámbulo y conseguir un régimen de Carta provincial. Esta distinción de objetivos pudiera deberse, más que a una diferente visión política del Concierto, a las posibilidades que concedía el régimen de Carta provincial a una provincia como Bizkaia más poblada, con núcleos de población más grande y con una amplia zona metropolitana. En el verano de 1966 el Gobierno se comprometió, sine die, a eliminar el preámbulo del Decreto de 1937. Dos años más tarde, ante las gestiones hechas por Javier de Ybarra, Presidente de la Diputación vizcaína, cerca de medios gubernamentales, con visita a Carrero Blanco incluida, se consiguió por fin la eliminación del discutido preámbulo. El BOE de 7 de junio de 1968 publicó un Decreto ley, con fecha del 6, por el que se modificaba el preámbulo del Decreto de 23 de junio de 1937. Se limitaba, previa aclaración de que el tono de tal preámbulo no se correspondía con la "laboriosidad que ha caracterizado siempre a dichas provincias dentro de la unidad nacional", a eliminar tres párrafos, por lo que las condiciones básicas de la abolición del Concierto seguían vigentes. Desde este punto, eliminado el motivo de derogación del Concierto, se supone que no habría justificación para la misma. Sin embargo el Gobierno de Franco se mantuvo firme en denegar cualquier tipo de posibilidad de vuelta del Concierto Económico.
Esta negativa al Concierto era bastante lógica si se tiene en cuenta la propia estructura del Estado en la época. Si se partía de una estructura centralizada, con una clara jerarquía y tutela administrativa de los poderes del Estado sobre las entidades locales no sorprende que se estuviera lejos de admitir la formación de un régimen especial, sobre todo si se tiene en cuenta que su esfera de actuación principal era una competencia tan importante, y tan delicada, como la de Hacienda. Ello no evitaba que el Gobierno estuviera tímidamente dispuesto a conceder algún tipo de autonomía administrativa según el modelo de Carta provincial pero nada más. La propia falta de acuerdo en el seno de las Diputaciones y entre las dos afectadas sobre el modo de avanzar en el proceso emprendido y hacia donde ir (Carta provincial o Concierto Económico) hizo imposible una postura común desde 1968 hasta los años finales del franquismo. Entre mediados de 1974 y fines de 1975 las gestiones de las Diputaciones se suceden en pos de la derogación completa del decreto de 1937, aunque la oposición dentro del régimen de volver a privilegios anteriores, e incluso la propia oposición de Franco a discutir el asunto en Consejo de Ministro, retrasó todo el proceso. Desde el Ministerio de la Gobernación se prepararon distintas disposiciones posibles para preparar una solución de recambio, pero, en octubre y noviembre de 1975 el asunto se atascó por la enfermedad de Franco, que como es bien sabido le llevaría a la tumba en noviembre de ese mismo año. Pero en el Consejo de Ministros (presidido por el príncipe Juan Carlos) del 7 de noviembre de 1975, dos semanas antes de la muerte de Franco, se aprobó un Decreto por el que, si no se derogaba el Decreto de 1937, sí se creaba una Comisión Especial para el establecimiento de un régimen administrativo en Bizkaia y Gipuzkoa. No se había conseguido ni la derogación del Decreto, ni mucho menos la recuperación del Concierto, pero algo era algo. Por otra parte el Gobierno utilizó la medida para intentar aplacar la creciente agitación política en el País Vasco en esos turbulentos momentos. Esta medida, junto con otras como la formación del Consorcio de Transportes, que gestionaría el futuro proyecto de Ferrocarril Metropolitano, se pueden entroncar, pues, más que como un intento serio de organización del territorio con una política de pacificación social. El Decreto del Ministerio de Gobernación, con fecha de 7 de noviembre de 1975, formaba una Comisión, en el seno del Instituto de Estudios de Administración Local, para la implantación de un régimen administrativo especial en Bizkaia y Gipuzkoa. Estaría formada por procuradores en Cortes, Consejeros Nacionales del Movimiento, Corporaciones locales y tenía un plazo de seis meses para presentar al Ministerio de Gobernación, y al Gobierno, su informe. El resultado inmediato de la actividad de esta Comisión, y del informe que redactó, fue el R.D.L. de 4 de marzo de 1977 (BOE del 17) que instauró las Juntas Generales en Bizkaia y Gipuzkoa -en forma distinta de su formación definitiva tras las primeras elecciones municipales de 1979-. Las Juntas de Álava, también disueltas en 1877, se recrearon en 1977 (R.D. de 2 de junio, BOE de 7 de julio). Y vinculado a ellas otro R.D.L. de 30 de octubre de 1976 (BOE de 6 de noviembre) por el que se derogaba por fin el Decreto de 23 de junio de 1937.
Sin embargo, la derogación del Decreto abolitorio no tenía como correlato la vuelta del Concierto, sino que en ambas provincias continuaría la legalidad común, mientras no se aprobaran definitivamente los regímenes especiales que estaban en estudio. De hecho, en las conclusiones de la Comisión -en la esfera de la Hacienda- no se hablaba para nada de la vuelta al régimen concertado -ni tomando como modelo el alavés- sino que se establecía una descentralización del gasto y del ingreso por medio de la transferencia de impuestos -excepto las aduanas- dentro de una unidad fiscal del país y soberanía estatal plena en el capítulo tributario. Sin embargo, todo este proceso de régimen especial y el proyecto de la Comisión no serían operativos en la medida en que con las elecciones de 15 de junio de 1977, que supusieron la definitiva entrada de los partidos políticos en el proceso de institucionalización y el comienzo de una vía diferente que llevaría al régimen pre-autonómico, el proceso político varió hacia otro camino, hacia la reforma política, la discusión de una nueva Constitución y, dentro de ella, el reconocimiento de los Estatutos de autonomía. En 1976, además, se renovó el Concierto de Álava, referente obligado para el arreglo final de la situación. La Constitución de 1978 -que amparó los derechos históricos de los territorios forales- prefiguró una nueva organización del Estado (el "Estado de las Autonomías") y, en el marco del Estatuto de Autonomía del País Vasco de 1979, el Concierto Económico fue "renovado" en 1981. Por último diremos que, en el artículo 41 del Estatuto de Autonomía se recogía, como medio de relación tributaria con el Estado, "el sistema foral tradicional de Concierto Económico o convenio". Es bien patente que el Concierto, inicialmente medida provisional de uniformización fiscal, producto de la "abolición foral" había quedado enmarcado en la foralidad como un sistema "tradicional", incluido en lo que se conoce genéricamente como Derechos Históricos. Sin embargo, la superposición de un Concierto Económico de índole provincial (no hay que olvidar el Concierto con Álava no eliminado tras la Guerra Civil) con el desarrollo de las instituciones de la Comunidad Autónoma Vasca ha obligado a establecer un mecanismo de coordinación entre territorios históricos y ente autonómico tales como la Ley de Territorios Históricos (1983) que establece un principio de división de atribuciones entre Gobierno Vasco y Diputaciones Forales.
Frente al modelo provincial tradicional, en la actualidad el Gobierno Vasco se sitúa como puente entre Diputaciones y Gobierno central, al que paga el cupo concertado calculado con unas bases estadísticas más sólidas que en el pasado. Desde 1981, año en que se recupera plenamente el Concierto Económico, diversas novedades han obligado a actualizarlo. En 1986 hubo de modificarlo para incorporar, como tributo concertado, el IVA -establecido por la adhesión a la Unión Europea-. Según se modifique el espectro fiscal de la Comunidad Europea habrá que modificarlo si es cierto que se va a un mercado único y -dentro de él- a una fiscalidad uniforme. Además, en el 2000 se renueva con el problema que significa su entronque con la política general europea. Hoy mismo puede decirse que el horizonte de aplicación del Concierto Económico puede ampliarse en la medida en que parece próxima su reforma para incorporar los impuestos especiales y permitir una capacidad normativa mayor en el IRPF a las Diputaciones. De cualquier manera el Concierto Económico se ha convertido en la auténtica seña de identidad, y principal especifidad, de la Comunidad Autónoma Vasca.
EAO