A falta de lugares adecuados en la línea exterior de la costa -sobre todo hasta que el hombre, familiarizado con la cantería pudo pensar en hacer obras de defensa contra el mar- había que buscar los establecimientos portuarios en los ríos. No será ocioso recordar que hasta que se estrecharon sus cauces con los aportes y colmataciones que actualmente cubren sus orillas, eran de una anchura y un caudal, en la zona sujeta a la influencia de las mareas, mucho mayores que en nuestros días. El río Bidasoa es un ejemplo que salta a la vista; una gran parte del terreno que hoy constituye el término municipal de Hondarribia, y la dilatada vega de Irun, están constituidos, sin duda ninguna, por marismas.
"Todos los terrenos que pertenecen a la villa (Irun) en el llano -nos dice don Serapio Múgica-, designados con el nombre de juncales o letones, desde el puente de Endarlaza hasta el de Amuate, no existían en su casi totalidad, y el resto, o sea la parte seca más próxima a las montañas, eran terrenos pantanosos, inundados por las mareas, cubiertos de juncos y alisos No había a Endarlaza ni a Behobia más paso que el de la montaña, y el agua se enseñoreaba de todos los terrenos de Alzukaiz y penetraba hasta Artiga y Santa Elena, en donde todavía (1903) hay un puente conocido con el nombre de Korrokoitz. Como si dijéramos "puente de albures o korrokones", porque allí, a no dudarlo, se lograba pescar esta clase de pescados".
La cita es suficiente para que con la ayuda de lo que llevamos dicho, imaginemos, a pocos siglos que volvamos la vista atrás, un anchuroso brazo de mar que doblaba la punta de Higuer para internarse hasta Navarra, cubriendo con sus aguas azules, al menos durante la pleamar, toda la amplitud del valle. Sin embargo, no nos dejemos alucinar por la visión y lleguemos a pensar ante zona acuática tan dilatada, que allí cabía un puerto amplio con todas las garantías del caso. Hondarribia, a la boca misma del estuario, trae su nombre de Ondarribia, que quiere decir vado de arena, lo que nos prueba que en el término de su emplazamiento había un paso por el arenal, a la otra orilla. Pero este bajo de arena, tan poco profundo que restaría al amplio estuario condiciones portuarias, no podía impedir que, aprovechando la marea y siguiendo el curso del canal, entrasen los barcos en él, aguas arriba. Y, en efecto, hay referencias documentadas de que en el siglo XVII en el 1644 concretamente, el río Bidasoa era navegable, por gabarras al menos, hasta el puerto de Montoya, en el término municipal de Bera.
Y el río debía reunir buenas condiciones navegables, pues en el 1534 primero y en distintas ocasiones después, se trató de canalizarlo extendiendo su navegabilidad hasta San Esteban de Lerín, para facilitar el transporte de las lanas y otros productos de Navarra y Aragón, al puerto de Hondarribia, y a la inversa. Sin embargo, no debemos dar suelta a la imaginación y suponer una navegación a vela, dibujando los barcos por el río, pues lo cierto es que los cruceros fluviales los practicaban unas gabarras tiradas por bueyes que marchaban no sobre el camino de sirga de las orillas del río, sino en su propio cauce, aunque fuera con el inconveniente de que cuando los bovinos llegaban a los pozos en que no podían poner la planta en el suelo, por su profundidad, tenían que ser embarcados en las gabarras; ondozka se llamaba este sistema de navegación. Pero esto sería de Endarlaza aguas arriba, que es donde los montes aprietan el cauce del río. Sin embargo, esta navegabilidad del Bidasoa y sus puertos fluviales interiores, viene de antiguo; en el Archivo de Navarra se conserva un documento referido al año 1365, nada menos, en que una representación del concejo de Fuenterrabía pacta con el rey de Navarra, el establecimiento del puerto de Andara, que nos atrevemos a localizar en el barrio de Endara de Lesaka, en la confluencia del Endara-Erreka con el Bidasoa. Por él, el Rey de Navarra se obliga a hacer "en el su puerto de Andara", una casa para que los mercaderes descarguen sus mercancías, un puente "vuena et sufficiente" para establecer las debidas comunicaciones acuáticas y terrestres y hacer los caminos "fasta la dicha casa el puente".
Pero en la propia vega de Irún, amplia y dilatada, también había sus puertos. Y, en efecto, nos dice don Serapio Múgica, en su Monografía histórica de la heroica ciudad fronteriza, que "en el monte, sobre Artiga, se encuentran las casas Portu y Blaya. Hacia Behobia, debajo de Portu, está Azken-porto, más correctamente Azkain-porto como figura en los documentos, o sea "puerto sobre la peña". Estos topónimos, recogidos por el que fue ilustre cronista de Gipuzkoa, son lo bastante expresivos para decirnos que en Irun, bajo Artiga, hacia Behobia, había un puerto desaparecido. Y el mismo autor cuenta que en las proximidades de la iglesia parroquial, en el punto que todavía hoy se conoce con el nombre de Istillago, había unos astilleros. En el lugar de esta misma plaza de la iglesia hubo también un embarcadero. Sin embargo no cabe pensar en un puerto de vida marítima normal, por lo menos hasta la segunda mitad del siglo XVI, pues fundada la universidad de Irun sobre terreno jurisdiccional de Hondarribia, que gozaba de grandes privilegios, no consentiría ésta que se hiciese en su población operaciones de carga y descarga, por tierra ni por mar, prohibición que fue sancionada por las Juntas Generales de San Sebastián, el 15 de mayo de 1479 y una Real Provisión, el 6 de febrero de 1480. Aunque tenga un interés portuario mínimo no podemos silenciar el embarcadero de la gabarra del paso de Behobia, derecho que con la Alcaldía de Sacas mantuvo Irún hasta el año 1841, en que trasladadas las aduanas a la frontera exterior, quedó extinguido el servicio. Ref. M. Ciriquiain-Gaiztarro: Los puertos marítimos vascongados, 1951, pp. 56-59.