Riegan su término el citado río Baztán y los arroyos Orobidea, Izpegi, Aritzakun, Bearzun, Urritzate, Xorroxin, Artesiaga, Marín y Zeberia.
La altitud en la capital del municipio -Elizondo- es de 200 m.
Montañas
- Gonamendi con 1.084 m.
- Goramakil con 1.089 m.
- Ubedo con 860 m.
- Autza con 1.312 m.
- Burga con 870 m.
- Peña de Alba con 1.075 m.
- Sayoa con 1.422 m.
- Azkenatz con 1.147 m.
- Abertán con 1.102 m.
- Izterri-zokoa con 967 m.
- Legate con 870 m.
- Laudazarreta con 868 m.
- Atxuria, Arritxurieta o Peña-plata con 756 m.
- Alkurrunz con 932 m.
IEZ