Aieteko ikastolaren sorrerako lehen urratsak 1968. urtean eman ziren. Bere haurrentzat euskarazko eta korronte pedagogiko berriei erantzungo zien hezkuntzaren bila zebilen guraso talde baten ideia izan zen eta honela hasi ziren 1969-70 ikasturtea prestatzen. Lehen-pausoa, inguruko beste ikastolen funtzionamendua aztertzea izan zen; bigarrena, ikastola berrirako andereñoak aurkitzea, horretarako Klaudio Artesanok eta Luis Irigoien apaizak auzoko familia guztiak bisitatu zituzten, haur eta bazkide bila eta arrakasta handiegirik ez zuten izan: auzoko bizilagunak prest zeuden ahal zuten heinean laguntzeko, baina ez beren haurrak ikastolara bidaltzen; garai hartan proiektu hura mesfidantzaz begiratzen baitzen; azkenik, lekuari dagokionez, Aieteko elizak legearen aurrean bere babesa eta egoitza, sakristia, eskaini zituen.
Aieten ireki zen Ikastolak "Parrokia Aiete-Gurutziaga" hartu zuen izena, zazpi haur eta andereño batekin hasi zen. 1969 urtean sorturiko ikastolak eskolaurreko irakaskuntzaren hiru urteak besterik ez zituen eskaintzen; haurrak sei urtetara iristean beren ikastola utzi beharrean aurkitzen ziren.
Lehenengo andereñoa Arantxa Aldasoro izan zen. Elizak egoitza bat utzi zion, eta bertan bizi izan zen bera. Eskola Elizako sakristian ematen zuen. 1971n egoitzaz aldatu zuten, 1974an berriz elizara itzuli ziren. 1976an Etxadiko behegaineko batean kokatu zen, ordurako 3 andereño bazeuden. Elizak eta monjek eskainitako egoitza desberdinetan egon zen ikastola, toki finkorik gabe auzoan zehar mugikor. Haur batzuk han, besteak hemen. Honela ikastetxe berria eraikitzeko proiektua sortu zen arte.
Baina ikastola ez zen eskola ematera besterik mugatzen. Eskolaz kanpoko ekintzak ere antolatzen ziren guraso eta haurrekin. Irteeraz gain auzoari dagokionez, loturak mantentzen saiatu ziren: margo lehiaketak antolatuz, dantza, abestiak, auzoko jaietan parte hartzen zuten, Gabonetan abestera irteten ziren...
Beste arazo batzuen artean irakasteko beharrezko zen baimenarena zegoen. 1965eko abenduan lege batek "Libro de Escolaridad" delakoaren beharra adierazten zuen, hortik aurrera haur bakoitzak bere liburua izan beharko du.
1969.ean ikasturtean Ikastolen Elkartean sartu zen.
Aieteko Gurutziaga ikastola sortu zenean sei urte-arteko hezkuntza besterik ez zen eskaintzen, ondoren, Jakintzara pasatzen ziren haurrak. 1977. urtean hasi zen lehenengo aldiz oinarrizko hezkuntza orokorra Aieteko ikastolan. Euskarazko hezkuntza 18 urterarte segurtatuta izateko helburuarekin, Donostialdeako ikastola batzuek elkartu ziren, OHOko bigarren zikloa, BBB eta UBI ikasketak segurtatuko zituen zentro berri baten eraikuntzaren proiektuan, Zurriola, Orixe, Martutene, Ikasbide eta Jakintza ikastetxeekin, hasi ziren. Proiektua Jose Miguel Barandiaran Lizeoa eraikitzea izan zen, 1974 urteko irailerako; honek 14 urterarteko euskarazko irakaskuntza segurtatuko zien. Santo Tomas Lizeora joateko aukera ere bazegoen..
Ikastolako guraso eta bazkide batzuek (J.M. Gil, J.I. Echarri, C. Artesano, J.M. Razquin, J. Urrujulegi, I. Iturzaeta, J.M. Villalba, J.L. Samso, J.J. Erkizia eta M. Garcia) 1976. urteko martxoan Arostegui, S.A. eratu zuten. Horretara bultza zituen arrazoia: ikastolaren eratze-prozesuaren beste pauso bat ematea, alderdi legal eta administratiboak kontrolatzeko, eraikuntza eta aurreragoko garapena bideratuko zuen pausoa zen. Elkarte hau elkarte anonimoen legearen arabera eratu zen, bere helburu sozialak argi utziaz: OHO hezkuntza-mailaren irakaskuntza. Ikastetxe berriaren eraikuntza eta Arostegui S.A.-ren eraketa, beraz, haurren hezkuntzari jarraipena emateko beharrari estuki loturik aurkitzen da. Handik gutxira "Reglamento de Régimen Interior del Liceo Axular" idatzi zen, bertan Ikastola sortzera eraman zuten ideia nagusiak, antolaketa, bakoitzaren betebehar eta erantzukizunak azaltzen ziren; bestalde, ere adierazten ziren.
1977. urtean etxe berri baten eraikuntza erabakitzen denean sortu zen egungo Axular Lizeoa, eskolaurrea eta OHO euskaraz emango zituenak. Aurreko urtean Arostegui SA eratu zenean, jadanik proiektu hau zuten buruan; Lizeoari babes legal eta juridikoa emango zion elkarte honek.
Finantzaketa konpontzea besterik ez zen falta. Horretarako, 1978. urtean kapital-anpliazio bat egin zen Arostegi elkartean; hasiera hartan, beraz, denboraz gain dirua ere inbertitu zuten gurasoek. Horrela Axular Lizeoa hartu zuen izena bederatzi urte lehenago Gurutziaga parrokiaren babesean landaturiko haziak. 1978. urtean Aitor eta Ibai ikastolekin batera Zubietan ospaturiko Kilometroak antolatu ziren. 1987/88 ikasturtean ikasle gehienek BBB-UBl egiteko aukera izan zuten.
1993ko urtea garrantzitsua izan zen ikastolentzat, Euskal Eskola Publikoari buruzko Legeak zioen 1993ko maiatzaren 25a baino lehenago erabaki behar zela sare publikora pasa ala pribatuan jarraitu eta erabaki honek etorkizuna baldintzatzen zuen. Axular Ikastolan gaia asko landu zen, bai gizarte mailan eta bai guraso eta irakasleen artean. Maiatzaren 20an egindako Batzar Orokorrean, sare pribatuan gelditzea erabaki zen, gehiengoaren onespenarekin, bai guraso eta bai langileen aldetik.
Ibilbidea honetan hauek dira, baita, azkeneko urteotan Ikastolan izandako hainbat gertakizun: 1994an, Ikastolaren 25. urteurrena ospatu zuten; 1996an, EFQM kalitate ereduaz eta Euskaraz Bizirekin hasi ziren; 2003an, Kooperatibaren eite juridikoa hartu zuen; 2004an, Kalitateko EFQM-ko Euskalit-eko Zilarrezko Q saria eta 2008an, Kalitateko EFQM ebaluatzaileek Urrezko Q izeneko saria. ematen zioten.