Ubicado en el Palacio Augustin-Zulueta (Vitoria-Gasteiz), construido por los arquitectos Javier Luque y Julián Apraiz en 1912 como residencia del matrimonio formado por el abogado madrileño Ricardo Augustin y la alavesa Elvira Zulueta, ha vivido desde su fundación como museo en 1941 múltiples transformaciones. En la actualidad el museo de Bellas Artes de Álava está dedicado al arte español de los siglos XVIII y XIX y de forma más especializada, al arte vasco del periodo 1850-1950, con obras pertenecientes a la Diputación Foral de Álava, depósitos del Museo del Prado y de la Fundación Fernando de Amárica.
La idea de crear un museo en la provincia que fuera capaz de reunir todo el patrimonio disperso, era antigua. Desde finales del siglo XVIII se habían ido formando colecciones incipientes, auspiciadas desde distintas instituciones como la Sociedad Bascongada de Amigos del País, la Diputación de Álava, el Obispado de Vitoria, la Escuela de Artes y Oficios, o fruto de la iniciativa privada de estudiosos como Federico Baraibar, catedrático del Instituto de Segunda Enseñanza, en cuyas salas había reunido un conjunto de restos arqueológicos.
El paso definitivo se da en 1940 con la creación del Consejo de Cultura de la Diputación Foral de Álava, uno de cuyos objetivos era la constitución del Museo, Biblioteca y Archivos Provinciales. Al año siguiente se adquiere el Palacio Augustin-Zulueta destinado a albergar, bajo el nombre de "Casa de Álava" todo tipo de objetos museables relacionados principalmente con las bellas artes y la arqueología.
A las aportaciones de los fondos artísticos de la propia Diputación se unen, principalmente a través de depósitos, obras de la Diócesis de Vitoria para el arte religioso, de la Escuela de Artes y Oficios para pintura local, y del Museo del Prado para el arte clásico, así como algunos depósitos de particulares. Todo ello va configurando un museo donde se reúnen colecciones diversas que al ir creciendo, determinarán la necesidad de ampliaciones y búsqueda de nuevas sedes.
Un hito importante en la historia de este museo lo constituye el convenio firmado en 1962 con la Fundación D. Vidal y D. Fernando de Amárica para la exhibición de las obras del pintor y paisajista alavés Fernando de Amárica. Por otro lado, 1975 será un año clave en el inicio de una colección de arte contemporáneo que acabaría constituyéndose en uno de los conjuntos más completos y coherentes de todo el estado español. Otra fecha destacada es 1986, año en el que se adquiere la colección de naipes formada por D. Félix Alfaro Fournier, y cuyos fondos se exhibieron en el museo hasta su salida al Museo Fournier de Naipes.
Hasta el año 1999 se han podido contemplar en el Museo obras que abarcaban desde el siglo XIII hasta nuestros días. Acabando el milenio, todos los fondos de arte clásico salen a un nuevo museo, el Museo Diocesano de Arte Sacro. Posteriormente, la colección de arte contemporáneo pasa definitivamente a Artium. Centro Museo Vasco de Arte Contemporáneo.