Antropólogo contemporáneo vasco, nacido en Bergara en el año 1860 y fallecido en 1945. Sus primeros estudios fueron los farmacéuticos en los cuales se doctoró en Madrid en 1882. Al tiempo de obtener el doctorado y sobre todo a partir de 1887 -año de la creación de una sección de antropología en el museo de Historia Natural de Madrid- comenzó a interesarse por la Antropología, ciencia que había de absorberle durante toda su vida a pesar de los múltiples campos que llamaron también su atención tales como la Botánica, el dibujo, la música, la etnología, paleontología, etc. En 1889 se doctoró a su vez en Ciencias Naturales. Era primo del célebre Miguel de Unamuno, compañero suyo cuando ambos preparaban distintas oposiciones en Madrid -Aranzadi de Historia Natural y Unamuno de Psicología-. Su labor de investigador se dio pronto a conocer, incluso en sus años de estudiante, logrando en estos tempranos años un premio extraordinario por el Estudio sobre los insectos vesicantes aplicados a la farmacia. Años más tarde, centrado por completo en sus estudios antropológicos, su nombre ya era conocido en el extranjero. En 1891, a los 31 años de edad, obtuvo el premio de la Sociedad Antropológica de París por su trabajo El pueblo euskalduna, uno de los primeros trabajos dedicados al estudio científico de la estirpe vasca desde el punto de vista antropológico. En 1895 logró la cátedra de Mineralogía y Zoología de la facultad de farmacia de la Universidad de Granada, ciudad en la que residió durante algunos años, y más tarde la cátedra de Botánica descriptiva en Barcelona, universidad de la que fue decano hasta 1907, año en que los disturbios estudiantiles le hicieron abandonar el cargo. En 1897 le fue otorgado el premio de la Real Academia de Ciencias por su meticuloso trabajo Setas y hongos en el País Vasco.
La Sociedad Imperial de Amigos de la Historia Natural, Antropología y Etnografía de Moscú le nombra, en 1910, miembro titular; dos años más tarde, 1912, es socio honorario de la Asociación Dactiloscópica Argentina. Hombre de pequeña estatura, cojo y de aspecto débil, Aranzadi no por ello dejó de dedicarse a las exploraciones prehistóricas directamente. El 15 de agosto de 1917 conoce a Barandiarán, al que llevaba 30 años de edad y muchos de experiencia; por esas fechas comienza su labor conjunta y la primera excavación de ambos, junto con el Dr. Eguren, de los dólmenes del Aralar. Barandiarán nos da a conocer uno de los rasgos más interesantes de su compañero: "No era amigo de tomar las teorías por la realidad. Mediante la investigación, procuraba ponerse en relación con las cosas, sin fiarse demasiado de las hipótesis". Esta exploración subvencionada por la Diputación de Gipuzkoa y Bizkaia, Sociedad de Estudios Vascos y Comisión de Monumentos de Navarra, fue la primera etapa de una vasta labor de más de 20 años de sucesiva exploración que proporcionó a Aranzadi interesantísimos datos antropológicos y paleontológicos. Los primeros resultados de la misma fueron recogidos en el primer volumen del "Anuario de Eusko-Folklore", 1921, mereciendo los elogios de los etnólogos europeos más importantes. En años sucesivos fueron explorados los centros prehistóricos del Aitzgorri, Ataun-Borunda, Alzania, Elosua-Placencia, Urbasa, Enzia, Belabieta, Auritz, Aurizperri, Kalamúa, Basagaña, yacimientos de Santimamiñe, Lumentxa, Ermittia, Polvorín, Bolinkoba, Silibranka, Atxurra, Urtiaga y cuevas artificiales de Alava, por no citar más. Su defecto físico no le impidió recorrer incansablemente todos estos puntos y aun otros de la geografía peninsular, tales como Cataluña, Sierra Nevada, etc. Sus excursiones las realizaba solo o con Ansoleaga, Eguren, Barandiarán, etc., siendo muy de destacar la labor ejecutada conjuntamente con el profesor Luis de Hoyos Sáinz. En 1919 fue nombrado socio correspondiente de la Sociedad Portuguesa de Antropología y Etnografía, en 1920 catedrático de antropología en la facultad de Ciencias de la Universidad de Barcelona, hasta su jubilación en 1931, y en 1921 miembro correspondiente de la Sociedad Romana de Antropología.
En 1922 viaja a Francia y Alemania (Colonia), junto con Barandiarán y en 1929 a Suiza y Austria con la misma compañía. Entre estos años citados recibe nuevos nombramientos de sociedades científicas mundiales: socio correspondiente de la Sociedad Argentina de Estudios Geográficos y de la cubana de Historia Natural "Felipe Poey" (1923); académico correspondiente de la Real Academia de ta Historia (1924); miembro del Instituto Arqueológico de Berlín (1926); académico numerario de la Real Academia de Ciencias de Barcelona (1927), etc. Es vocal en la Junta Permanente de la Sociedad de Estudios Vascos, colaborador de la Enciclopedia Espasa en la sección de Ciencias Naturales y Antropología, miembro correspondiente de la Sociedad Antropológica de Munich y traductor -ya que conoce las principales lenguas europeas- de las obras de G. de Humboldt, Frizzi y Haberlandt, entre otras. En 1936 tiene lugar uno de sus principales descubrimientos: hallazgo en Itziar del cráneo vasco más antiguo de todos los descubiertos hasta entonces. Este descubrimiento hizo retroceder la antigüedad del biotipo vasco, según nos refiere Luis de Hoyos, a la época prehistórica (magdaleniense) y fue el objeto de sus últimos trabajos y publicaciones. Al estallar la guerra pasa a Barcelona, ciudad en la que fallece el 12 de febrero de 1945, a los 85 años de edad.
Al decir de Luis de Hoyos, antropólogo con el que compartió horas de trabajo muchas veces pesado y con el que dio a conocer el método analítico-métrico del tamaño del cráneo, Aranzadi no era un científico que se limitara a recopilar datos y medidas solamente, sino que su amplio conocimiento le llevó a la interpretación de los mismos, dando por ejemplo, a la introversión del basio un carácter de fondo explicativo de la arquitectura cráneo-facial vasca. Sería difícil y más que nada arriesgado hacer una selección en este artículo de sus principales publicaciones, ya que ello depende en la mayoría de los casos del criterio diverso del lector. Temido por sus contestaciones bruscas, espíritu despectivo y mordaz -se le llegó a llamar "exterminador de farsantes"-, apasionado de Wagner cuando éste suscitaba ardientes polémicas e incluso rechiflas, podría decirse que sus libros más interesantes desde el punto de vista del estudio de la antigüedad vasca son los dedicados a la antropología, etnografía y prehistoria del País Vasco, destacándose el trabajo publicado en la "Geografía del País Vasco-Navarro", modelo en su género. Publicó, además, multitud de artículos para revistas tales como la "RIEV", "Euskalerria", "Euskalerriaren Alde", "Yakintza", "Hermes", "Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural", "Asociación Española para el Progreso de la Ciencia", periódicos, revistas extranjeras, "Sociedad de Estudios Vascos", etc.