Su obra sobre el promotor-fiscal trató de llenar el vacío existente sobre los deberes y atribuciones de los funcionarios que ejercen el ministerio fiscal, que el autor pensaba podía haber sido solucionado con el proyecto de ley de 1842. Eduardo Alonso recoge en este volumen los diversos preceptos que se hallaban dispersos, para facilitar la labor de los fiscales.
En su discurso con motivo de la apertura de la Audiencia de Santo Domingo señala que la religión católica es la fuente de toda la legislación: "Porque la legislación que todavía admiramos en nuestros venerandos Códigos antiguos, se formó después de haberse lanzado desde la cumbre del Gólgota los principios eternos de la Santa Religión que profesamos, después de haberse iluminado el mundo con la vivísima luz del Evangelio...".
- Deberes y atribuciones de los promotores-fiscales o Esposición razonada de cuantos estremos comprende el desempeño de su elevado ministerio: obra escrita con arreglo a las disposiciones del nuevo código penal. Madrid: Establecimiento literario-tipográfico de Saavedra y Compañía, 1848.
- Discurso pronunciado el día 2 de enero de 1864, en la apertura de la Real Audiencia Pretorial de la Habana por el Ilustrísimo Señor Regente Don Eduardo Alonso Colmenares. Habana: Imprenta del Gobierno y Capitanía General, 1864.
- Discurso pronunciado el día 2 de enero de 1865 en la apertura de la Real Audiencia de la Habana por el Ilmo. Sr. regente Don Eduardo Alonso Colmenares. Habana: Imp. del Gobierno y Capitanía general, 1865.
- Discurso pronunciado el día 2 de enero de 1866, en la apertura de la Real Audiencia de La Habana por el Excmo. e Ilmo. Sr. Regente Eduardo Alonso Colmenares. Habana: Imp. del Gobierno, Capitanía general y Real Hacienda por S. M., 1866.
- Discurso que, en el solemne acto de apertura de la Real Audiencia Chancillería de Santo Domingo, pronunció el día 2 de enero de 1863 su regente Don Eduardo Alonso y Colmenares. Santo Domingo: Imp. de Gracía Hermanos, 1863.
- Discurso leído por el Excmo. e Ilmo. Sr. D. Eduardo Alonso Colmenares, presidente del Tribunal Supremo, en la solemne apertura de los tribunales celebrada en 15 de septiembre de 1885. Madrid: Imprenta del Ministerio de Gracia y Justicia, 1885.
- Discurso leído por el Excmo. e Ilmo. Sr. D. Eduardo Alonso Colmenares, presidente del Tribunal Supremo, en la solemne apertura de los tribunales celebrada en 15 de septiembre de 1887.- Madrid: Imprenta del Ministerio de Gracia y Justicia, 1887
- Guía judicial de alcaldes.- Pamplona: Imprenta de I. García, 1853.
- Jurisdicciones especiales.- Madrid: Establecimiento tipográfico de P. Núñez, 1884-1890. 5 vols. Los tomos 4º y 5º son continuados por José Alonso Colmenares
- Manual del promotor-fiscal o sea resumen de cuantas disposiciones arreglan el ejercicio del ministerio público en los Tribunales inferiores.- Madrid: La Ilustración, 1847.
- Práctica de los Juzgados de Paz en las Islas de Cuba y Puerto Rico.- Habana: Imp. del Gobierno y Capitanía General y Real Audiencia 1866.
- Prácticas de los juzgados de Paz.- Barcelona: Administración del Plus Ultra, 1857.
- Tratado teórico-práctico de los recursos de fuerza y de protección, con arreglo a las legislaciones y práctica de los tribunales de España y de sus Indias. Obra escrita por el Excmo. Señor D. José Alonso, Presidente que fue del Tribunal Supremo de Justicia, y acomodada a la legislación vigente por.- Barcelona: Establecimiento tipográfico de Narciso Ramírez, 1860.