La parroquia de San Pedro, tiene fecha precisa de inicio de construcción documentada en 1146, año en el que Don Pedro, abad de Aibar, otorga un contrato con García Cristóbal, por el cual efectuaban un trueque para la obra de la iglesia. Esta iglesia posee doble importancia: por un lado, es una de las más antiguas iglesias románicas navarras dotadas con escultura monumental; por otro, su estructura arquitectónica presenta la peculiaridad de tratarse de una iglesia de tres naves cuya cabecera, que desapareció por la reforma sufrida junto con el presbiterio en el siglo XVI, sería de tres ábsides semicirculares, con un crucero y una capilla mayor rectangular. Este tipo de plantas escasea en el románico navarro, encontrándose primero en la catedral románica de Pamplona, para continuar después en iglesias importantes de las merindades de Estella y de Sangüesa.
Este cuerpo románico en tres naves de tres tramos, la central más ancha que las laterales, presenta cierta irregularidad en su trazado siendo las laterales más estrechas en el tramo próximo a la cabecera que en los pies. A este cuerpo románico se le añadió en el XVI un amplio crucero más la capilla mayor y la sacristía, que vista desde el exterior resalta su gran volumen respecto al primer cuerpo románico. La iglesia queda cerrada al exterior por una portada renacentista, descentrada respecto al pórtico, profusamente decorada con exquisito gusto renacentista que puede compararse con la iglesia de Cáseda, obras ambas del maestro Lázaro, situada en el lado sur del templo, dedicada al apóstol titular. La torre se levanta sobre la nave de la Epístola en el tramo inmediato del crucero. Esta torre fue reparada en el siglo XVIII.
El alzado de la iglesia presenta un cuerpo de naves románico que es lo único que subsiste de este templo medieval, ya que el presbiterio y la cabecera están reformados en el siglo XVI. De época románica se conserva también una pequeña entrada situada en el lado del evangelio y dos ventanas en la nave central. Las naves están separadas por seis pilares cruciformes con medias columnas adosadas a sus frentes con capiteles bellamente esculpidos que soportan los arcos formeros y los fajones, todo ello realizado en una excelente cantería. La cubierta de la nave central es de medio cañón sobre fajones y en las naves laterales es de cuarto cañón también sobre fajones, perdiéndose el tramo final de la cubierta del lado de la Epístola. Este sistema de cubierta está presente también en Santa María de Musquilda y San Miguel de Izaga, ambas de carácter más rural y de fecha más tardía. Parece que también la desaparecida iglesia de San Nicolás de Sangüesa pudo tener esta cubierta.
La ampliación en la que se añadió un crucero desmesuradamente grande, bastante más alto que la nave mayor y una cabecera rectangular a la que se adosa la sacristía se documenta en 1542 fecha en la que se hizo el reconocimiento pericial de la obra de cantería que hizo Lázaro, maestro que puede identificarse con el famoso cantero Lázaro de Iriarte, que trabajó también, como se ha mencionado antes, en la iglesias de Cáseda y también estará presente en la iglesia de Santiago de Puente la Reina. Al guipuzcoano Lázaro de Iriarte se le atribuye como primera obra en Navarra la portada, las escaleras de coro y púlpitos de esta parroquia. Su hermano Miguel también está documentando en la ampliación del crucero y de la cabecera. En cuanto a la rica decoración escultórica, se conservan gran número de capiteles en el cuerpo de naves románico. Hermosos capiteles y cimacios de talla vigorosa y monumental con una composición por lo general simétrica, decorados con motivos fantásticos de filiación jaquesa, relacionados especialmente con la catedral de Jaca y con la iglesia del castillo de Loarre de la que toma motivos de pájaros y águilas y sangüesina. Motivos vegetales (vides, piñas, hojas de acanto...) con pequeña decoración animal (faunos, leones), aves afrontadas junto a figuras humanas de gran simplicidad, cuadrúpedos enfrentados y animales del bestiario más negativo como es el caso de la sirena de doble cola con un marcado sentido tentador y lujurioso que está presente en un capitel de la nave del Evangelio o los monos que se disponen en las tres caras de un mismo soporte en la nave de la Epístola. En algunas partes de los muros corre una imposta ajedrezada.
Entre las piezas conservadas en la iglesia, además de nombrar los retablos de la Virgen del Rosario, de estilo barroco del siglo XVII, y el de la Inmaculada, de estilo renacentista del segundo tercio del siglo XVI, reformado en el barroco durante el siglo XVIII, ambos en el lado del Evangelio; el retablo del Sagrado Corazón en el lado de la Epístola, dos púlpitos situados en la embocadura de la capilla mayor, un retablo neoclásico del siglo XIX en el trascoro y algunas piezas escultóricas (como una imagen de nuestra señora con el niño románica del XIII muy reformada y un relieve romanista del primer cuarto del siglo XVII) se examinan a continuación, por su importancia, las siguientes piezas: la pila bautismal, el retablo mayor dedicado a San Pedro y un crucificado gótico alojado en el retablo del Santo Cristo y algunas piezas sobresalientes de orfebrería.
Emplazada en el crucero del lado de la Epístola, la gran pila bautismal, con pie prismático acasetonado y taza semiesférica con boceles en la parte inferior, repite motivos de la portada por lo que es posible que sea también obra del maestro Lázaro, del siglo XVI.
El monumental retablo mayor dedicado a San Pedro, santo titular de la parroquia: Perteneciente a la escuela romanista en el primer cuarto del siglo XVII, este retablo es obra de maestros del taller de Sangüesa-Lumbier, y en concreto de Juan de Huici, y en el que intervino también Juan de Echenagusia. Su estructura arquitectónica de traza recta, banco, dos cuerpos de cinco calles y ático y sobretodo los estípites del primer cuerpo lo relacionan con otros retablos del taller de Sangüesa-Lumbier. En cuanto a la escultura, de gran calidad especialmente en los relieves del banco y en algunos de los bultos redondos como la figura de San Pedro, representa un complejo panorama iconográfico: para comenzar, en el banco aparecen relieves de un Obispo, Cruz a Cuestas, Flagelación, San Marcos, San Lucas, Jesús ante Pilatos, Prendimiento y un apóstol. Siguiendo, en el primer cuerpo, aparecen la imagen de bulto de San Pedro antes mencionada y en la parte superior un relieve con su martirio y un relieve de la Crucifixión. Sobre el sagrario, dos ángeles sostienen un espejo con la Sagrada Forma, un relieve del descendimiento y una escultura de bulto de San Francisco de Asís y sobre él un pequeño relieve con la aparición del ángel al santo. En el segundo cuerpo una talla de San Esteban, la Liberación de San Pedro por el ángel, talla de San Pedro sedente en cátedra, relieve de la Concesión del Primado y talla de San Esteban. Finalmente, en el ático las tallas de San Lorenzo, Crucifixión de San Pedro y San Vicente, flanqueado todo ello por las tallas de Santa Catalina y Santa Quiteria. Corona el retablo el Crucificado con María y San Juan de bulto redondo. En el friso entre el primer y segundo cuerpo y sobre los derrames del frontón central se encuentran las Virtudes, al igual que entre el segundo cuerpo y el ático están presentes ángeles desnudos. Finalmente, en los derrames del frontón de remate aparecen las figuras de Adán y Eva de gran tamaño. El sagrario, de planta mixtilínea, y consta de dos pisos y un templete de remate. Está adornado con relieves: en el pedestal se representa las Bodas de Caná, el Santo Entierro y Emaús; en el primer cuerpo, el Lavatorio, la Última Cena y la Oración en el Huerto; en el expositor, la Entrega de los panes, el Sacrificio de Isaac y Melquisedec con los panes de la proposición. En el templete figura el Ecce Homo entre Moisés y David y cuatro figuritas exentas de los evangelistas.
La muy cuidada y primorosa policromía de todo el retablo es encargada en 1740 a los pintores de Pamplona Rafael de Logroño y Juan José de la Calle quienes en 1741 entablaran un pleito contra los patronos de la parroquia por impago; Es ya en 1743 cuando se hace la tasación de la mitad de la obra de dorado y estofado del retablo por los maestros José Rey y José de Erdocia vecinos de Pamplona y Miranda. De verdaderas obras de miniatura pueden calificarse detalles pintados en sitios como los medallones de la escena de la Flagelación, que representan los verdugos en los infiernos, o la túnica de Cristo con cinco medallones con escenas de la pasión en el relieve de la Cruz a Cuestas.
En las obras de remodelación que sufre la capilla en el siglo XVIII se introducen en los laterales unos paneles de madera articulados en tres pisos de pilastras y adosadas a ellas las tallas de los evangelistas dos a dos, obra documentada en 1782 y que se remata al año siguiente.
Talla del Santo Cristo del Amparo, de estilo gótico de un muy avanzado siglo XV. Un crucificado de grandes proporciones (235 x 190) muy estilizado, pero de gran expresividad, sobretodo en el rostro pequeño y geométrico con ojeras muy marcadas. De anatomía muy esquemática que tiende a la estilización con unos brazos y piernas muy largos y delgados. Las piernas se cruzan una sobre otra marcándose en ellas fuertemente las venas y quedando los pies clavados con un solo clavo. El paño con doble caída cubre las rodillas con suavidad transparentando las carnes. Sobre la cabeza y la melena con mechones sueltos ondulados según la moda del siglo XV se ciñe una corona trenzada. Cristo aparece muerto. Este crucificado está alojado en el retablo del Santo Cristo, situado en el crucero, lado de la Epístola, retablo éste de tipo baldaquino contratado en 1713 entre P. Arriaga y los patronos de la cofradía de la Vera Cruz. El P. Arriaga, escultor de Uncastillo, está presente también en la realización del retablo mayor de la basílica de Santa María.
La parroquia conserva también piezas de orfebrería en plata muy sobresalientes. Como dos cálices, uno con una estructura purista lisa propia de la primera mitad del siglo XVII y otro de plata sobredorada de estilo neoclásico fechado en 1860. Dos crismeras de traza purista del siglo XVII, con estructura de arqueta rectangular. Un copón, también de plata sobredorada, barroco del siglo XVIII con una profusa decoración de motivos vegetales repujados en la base y copa, algo toscos de técnica. Además de querubines con función de patas, en el astil hay unas figuras de sirena. Parece que el origen de la pieza, por su original estructura, motivos decorativos y semblante de las figuras puede ser americano. Un Lignum Crucis neoclásico fechado en 1828.
Pieza excepcional, aunque bastante restaurada en las arquitecturas y con dorado relativamente moderno, es una custodia de manos, de plata sobredorada datada hacia 1530 y atribuida a Bernardino del Campo, platero del Conde de Lerín y vecino de Logroño. Se leen tres marcas, la de Burgos y dos todavía sin identificar. Tanto por su estructura como por su decoración pertenece al estilo gótico.