Situada en la calle Mayor de Puente la Reina y por tanto en el Camino de Santiago. Su origen es románico, del siglo XII, momento del que quedan tanto los muros perimetrales como las portadas, aunque en el siglo XVI se añadió el transepto y la actual cabecera, volteando además las actuales bóvedas góticas. La planta es de una única y ancha nave, dividida en dos tramos, más un transepto bien marcado en planta y cabecera poligonal. Los accesos se sitúan en el muro de los pies y en el lado de la Epístola, en su segundo tramo, y la sacristía va adosada a la cabecera por el lado del Evangelio. Los tramos van separados por pilares alargados, que sirven para alojar capillas laterales poco profundas. Entre la cabecera y el brazo sur del transepto va alojada la torre, cuya planta baja pudo en su día servir como sacristía vieja.
Los muros son de buena sillería, que en la parte correspondiente a la época románica tienen un color grisáceo, evolucionando a un crema claro en la zona de la ampliación del XVI. Tan solo se conservan dos ventanas de época románica, abiertas en el muro de los pies y hoy en día cegadas. Por el lado de la Epístola y en el primer tramo hay una ventana del siglo XVI, de medio punto, aunque se aprecian trazas de otras dos, hoy cegadas. Los otros dos grandes ventanales, situados más abajo, obedecen a una reforma barroca, al igual que un tercero, abierto por el lado del Evangelio. A los pies de la nave se levanta un coro del siglo XVI, cuya embocadura está conformada por tres arcos rebajados que apean sobre columnas. Este coro se prolonga con dos brazos, en forma de "U", que se prolongan hasta apoyar en los contrafuertes de separación del primer y segundo tramo. En el machón de arranque de la escalera de subida al coro hay un león de piedra que abraza una inscripción del XVI donde se lee: "OBOS/ OMES CUI MANDUCATIS/ PANEM DOLORIS/ RESPICITE FINEM/ BRUM". (Todos aquellos que coméis el pan del dolor, mirad vuestro final).
La nave se cubre con bóvedas de crucería de tradición gótica y con diseños estrellados de raigambre conopial. Los nervios confluyen en una serie de ménsulas vegetales y en los contrafuertes alargados que separan los tramos. La estancia situada bajo la torre recibe una bóveda de terceletes del XVI, y la actual sacristía luce una bóveda de lunetos barroca.
Al exterior, destacamos en primer lugar la torre, con fuste prismático dividido en tres cuerpos, de los cuales los dos primeros, del siglo XVI, se abren solo por pequeñas ventanas rectangulares. Una balaustrada da paso al cuerpo de campanas, muy desarrollado y del siglo XVIII obra de Santos Ángel de Ochandátegui. Tiene planta ochavada, con un arco de medio punto en cada frente, frontones curvos y triangulares de manera alterna, y rematados con óculo superior. Se articula mediante pilastras de orden toscano. Culmina con una cúpula circular dotada de nervios, y linterna coronada con una bola del tipo escurialense.
A los pies de la nave se abre una puerta románica del siglo XII, con perfil de medio punto y derrame salvado por tres arquivoltas más guardalluvias exterior. Apean sobre columnas dotadas con capiteles que llevan pomas labradas. El tímpano luce un crismón trinitario. En el muro de la Epístola, por otro lado, se abre una portada de comienzos del siglo XIII. Su perfil es de medio punto, y el derrame se solventa con cinco arquivoltas que llevan decoración figurada. Apean sobre otras tantas columnas, dotadas de fustes lisos, capiteles historiados y cimacios corridos, mientras que los intercolumnios van ocupados por baquetones rematados con cabezas humanas. La rosca del arco va lobulada, presentando analogías con las de las iglesias de Cirauqui y San Pedro de la Rúa de Estella, y se decoran con figuras de ángeles flanqueando a Cristo, representados con una talla incisa. Las arquivoltas presentan motivos diversos como demonios, animales alados, seres humanos luchando entre sí, peces etc. Las claves se decoran con el Cordero Místico, el Padre Eterno y una cabecita humana sobre una media luna acompañada de un ángel. La talla de los capiteles está muy perdida, y en los cimacios se aprecian motivos de raigambre vegetal, mientras que a ambos lados de la portada se representan dos relieves con un hombre matando a un león y dos humanos luchando.
Al interior, el presbiterio va presidido por un retablo barroco del siglo XVII, bajo la advocación de Santiago, obra de José de Huici y Gabriel de Berástegui, aunque modificado en la siguiente centuria. Tiene traza ochavada para adaptarse al ábside, y cuenta con banco, un cuerpo de tres calles, y ático rematado con el escudo de Puente la Reina, la cruz de Santiago y una venera jacobea. El banco luce los relieves de la Aparición de la Virgen a Santiago y la Degollación del santo. Sendos relicarios custodian los restos de San Plácido y San Pardo, así como un fragmento del Lignum Crucis. En el cuerpo principal encontramos las tallas de bulto de San Sebastián y San Roque, barrocas, más la escultura titular de Santiago, también barroca pero de mejor calidad. En el ático vemos un Crucificado del XVI, renacentista, y las imágenes barrocas de María y San Juan.
En el muro de la Epístola encontramos una serie de retablos secundarios, como el de San Antonio Abad, rococó del XVIII, el retablo de la Inmaculada Concepción, barroco del XVII, y el retablo de la Virgen de Soterraña, rococó del XVIII, así como una talla de bulto de San Bartolomé, gótica del XIV.
En el lado del Evangelio, por su parte, podemos ver la célebre escultura de Santiago "Beltza", llamada así por su coloración oscura, y que es una magnífica talla gótica de la segunda mitad del siglo XIV, que fue imagen titular del desaparecido templo medieval. En la primera capilla se encuentra el retablo de San Antonio, rococó del XVIII, y el retablo de la Virgen del Carmen, de la misma época. En el brazo septentrional del transepto se encuentra el retablo de la Virgen del Rosario, también rococó, aunque alberga una talla gótica de la Virgen con el Niño, del siglo XIV.
En el coro hay una sillería barroca, obra de José de Lesaca, del siglo XVIII, y un órgano moderno de estética neogótica. En la sacristía, por su parte, y además de buen número de piezas de orfebrería, podemos encontrar la imagen románica de Nuestra Señora de los Huertos, procedente de la iglesia del Crucifijo, de la cual fue titular, la talla de la Virgen de los Remedios, gótica de principios del XV, así como otras tallas y lienzos de menor importancia.