La Parroquia de San Miguel de Aoiz presenta una magnífica fábrica en piedra construida en su mayor parte en el siglo XVI en estilo gótico tardío sobre terrenos de la iglesia medieval de la que aprovecha algunas partes como la monumental y maciza torre.
Tras la destrucción de este edificio medieval en las guerras entre Navarra y Castilla en el siglo XIV solo quedó en pie esta torre que tras un incendio obligó en 1378 a rehacer la bóveda que cubría el coro. De lo fabricado hasta el siglo XVI apenas quedan restos visibles. De este siglo XVI data el grueso de la construcción con evidentes analogías con otros templos del gótico tardío. El cantero pudo ser Juan de Osés que la tuvo finalizada en 1587 a cambio de unos 3950 ducados.
La planta del templo responde a la tipología del último gótico que se repite por toda la península, de una sola nave de cuatro tramos, con crucero, capillas laterales entre contrafuertes y cabecera pentagonal con bóvedas estrelladas. La estructura de estas plantas responde a un sistema de proporciones, de tal forma que la longitud de la nave es la misma que la cabecera y el crucero, la anchura de la nave es el doble que la de las capillas y así sucesivamente. A este esquema típicamente gótico se le añadieron otras capillas.
Las paredes de todo el interior son de sillarejo. En su alzado destaca como elemento anómalo un grueso pilar de sección cilíndrica con moldura a mitad de capitel. Como separación de capillas del crucero hay un simple muro que en el lado del Evangelio está achaflanado en su parte inferior. A las capillas de este lado se entra por arcos escarzanos moldurados y a la del lado de la Epístola por uno de medio punto moldurado. Las cubiertas corresponden en su mayor parte al siglo XVI, salvo el tramo del coro que presenta bóveda de cañón apuntado cuyos arcos fajones apoyan en ménsulas bilobuladas, perteneciendo todo ello a la primitiva fábrica medieval, aunque rehecha tras el incendio de 1378. Tanto el crucero como la cabecera están cubiertos con una bóveda estrellada de nervios mixtilíneos. Las capillas se cubren con tracería simple. El Coro, del XVI, encaja perfectamente en el tramo medieval, muy decorado, su balaustrada se divide en cuatro partes, con pilastras decoradas por relieves de cuatro virtudes: Fortaleza, Justicia, Caridad; además unas claras alusiones alegóricas al paso del tiempo: una figura femenina con un niño y reloj de arena y otra figura con calavera y atril con libro. Toda esta fábrica del coro con profusa decoración fue levantada simultáneamente con el resto del templo por el cantero arriba mencionado, Juan de Osés, en 1587. La planta cuadrada de la sacristía se adosa a la cabecera por el lado de la Epístola y frente a ella, en el lado opuesto se localiza otra estancia moderna.
Al exterior se presenta el muro de sillar sobresaliendo por sus grandes dimensiones la torre medieval que se alza en el tramo de los pies con la casa parroquial adosada a uno de sus lados. Esta torre forma un gran prisma con ventana en cortina, tres saeteras superiores, rosetón moldurado, cuatro grandes medios puntos para las campanas. A pesar de todas estas aperturas la torre, al igual que todo el templo, da una gran sensación de bloque macizo de muros pétreos, todo ello resaltado por el gran crucero a la altura del cuarto tramo de la nave y la cabecera de excepcional altura para salvar el desnivel del terreno con contrafuertes diagonales que se elevan hasta el tejado, reforzada toda la parte del ábside hasta una altura señalada por una línea de imposta que hace pensar en la posible existencia de una cripta.
La portada de ingreso al templo se sitúa en el tramo segundo del lado de la Epístola, hacia un cuidado jardín y en ángulo con la casa parroquial. Puerta de medio punto abocinado y sobre ella dos cuerpos, el primero compartimentado en tres calles por columnas corintias estriadas con relieves de un santo diácono mártir, San Esteban y en el centro el titular de la iglesia sobre el demonio con espada y balanza común en la iconografía renacentista con paños volados y composición dinámica. Separa este primer cuerpo del segundo una moldura estriada, a la que además del llegar el remate de los pináculos góticos tiene una ventana central de medio punto moldurado. Todo ello enmarcado por unas pilastras cajeadas, dispuestas en diagonal hasta la altura de la puerta que se transforman en planas en el registro superior rematadas en pináculos góticos. La puerta en sí misma está compuesta por cinco arquivoltas, capiteles corridos con figuras de querubines en los baquetones y un par de angelitos en la arquivolta interior. Este templo cuenta con una importante colección de piezas que merecen, cada una de ellas, una descripción detallada: el retablo mayor barroco, una pila bautismal, talla de Virgen con el Niño y un Crucificado siendo estas dos últimas del artista Juan de Anchieta.
Situada en la capilla siguiente al crucero de la parroquia, en el lado de la epístola se encuentra la pila bautismal, fechada a finales del siglo XV, cuya estructura y decoración hacen de ella una pieza excepcional. Del tipo de pilas de inmersión horizontal, con base moldurada con dientes de sierra y bolas, fuste torso de columnas y bolas dispuestas en filas diagonales y moldura de dientes de sierra que dan paso a la taza. Lleva adosada en el fuste el escudo gótico con las armas de la villa. Su taza de forma lobulada y en parte policromada. En su parte superior repite con algunas variantes el programa que el escultor borgoñés Claus Sluter desarrolló en el "Pozo de Moisés", programa que llegó a Navarra de la mano de otro escultor, Jehan Lome quien trabajara en el sepulcro de Carlos III y su esposa Leonor de Navarra. Siguiendo este programa iconográfico, en la pila están representados los profetas del Antiguo Testamento: Zacarías, Jonás, Daniel, Jeremías, Isaías, siendo Moisés, en este caso, sustituido por Elías y David por San Juan Bautista y un pelícano amamantando a sus crías con la sangre de su pecho, prefigura de cristo, símbolo eucarístico que pone en relación los dos sacramentos: bautismo y comunión. Tanto los rostros, marcados por un gran realismo, como la técnica de cabellos y barbas rayadas lo enmarcan dentro del estilo hispano-flamenco imperante en 1500 y ejemplo de gran calidad artística.
En la iglesia quedan dos figuras del escultor vasco Juan de Anchieta, intérprete principal de la escultura romanista, además de algún resto en el retablo mayor barroco que sustituyó al realizado por este escultor y en los retablos de San José y San Francisco. Estas dos figuras son: una Virgen con Niño que precede de este nombrado retablo mayor y un Cristo Crucificado labrado por el escultor junto al antiguo retablo.
La Virgen con Niño está situada sobre una peana en el crucero fue labrada por Anchieta en torno a 1584. Es una figura mariana en pie de gran volumen gracias a una túnica plásticamente plegada y un manto envolvente. Los rasgos de su cara son también grandes y amplios con gran serenidad, enmarcados por cabellos divididos por raya central a la manera clásica y cubiertos por un velo. El Niño Jesús, de gran corpulencia, aparece desnudo con las manos de la Virgen haciendo el movimiento de cubrirle con un pañal que actúa también de contacto entre las dos figuras con los pies del niño y las manos de su madre. La policromía barroca es de Pedro Antonio Rada en 1753 que la endurece, igual que ocurre también con otras piezas de Anchieta retocadas por Rada, cubriéndola con colores planos e intensos, con una túnica roja con pequeños motivos florales y el borde del manto azul dorado.
Conservado en la estancia destinada a museo parroquial se encuentra El Cristo Crucificado (62 x 72), realizada también por el artista vasco en torno a 1584, representa a Cristo muerto con la cabeza inclinada, serena enmarcada por cabellos y barbas muy apurados de técnica, con un cuerpo de una anatomía perfecta en la que todos los músculos están articulados de una manera perfecta. El paño se ajusta al cuerpo anudado en la cadera izquierda quedando ésta casi al descubierto.
Quedan algunos restos de la obra de Anchieta en obras como el Retablo de San Francisco, rococó de la segunda mitad del siglo XVIII, en la que la hornacina principal que preside una talla de San Francisco del siglo XIX, se encuentran dos relieves uno de San Juan Bautista y otro de San Lorenzo, además de en algunas partes del retablo mayor que a continuación se describe que, aunque de época barroca, conservan relieves empotrados del escultor que representan parejas de Santos muy logradas, dialogando en actitudes y gestos contrapuestos, compensados con valientes escorzos, grandiosos pliegues y con anatomía corpulenta y aspecto de hércules que se adaptan a las ideas de la contrarreforma y a modelos del manierismo romano. Su calidad escultórica queda oculta en parte por la policromía en colores planos de Pedro Antonio de Rada.
Este Retablo Mayor de la Parroquia, barroco de mediados del XVIII, sustituyó al de Anchieta de 1584, artista del que aún se conservan obras suyas en algunos de los cuerpos y de las calles de esta estructura dieciochesca, como se ha mencionado anteriormente. Esta pieza tan original dentro de la panorámica del retablo del XVIII en Navarra fue encargada en 1745 al escultor y retablista de Jaca Juan Tomés que lo finalizó tres años más tarde, autor que trabajó también en Falces, Uli Bajo y en la catedral de Calahorra.
Su traza es la siguiente: banco, único cuerpo y gran ático en forma de baldaquino, estructuras adaptadas a los tres paños de la cabecera poligonal. El banco está formado por cuatro ménsulas voladas, las interiores en perpendicular y las exteriores en escorzo que incorporan dos niños abrazados sobre tarjetón de follaje y placa recortada, según modelo utilizado ya en Falces por el autor y en el retablo de la Inmaculada de la catedral de Calahorra. Las dos ménsulas exteriores son más propias de diseños rococó, formando una cornupia asimétrica orlada de rocallas con la parte central lisa. Sobre estos soportes se sustenta un orden gigante de columnas abalaustradas de esbeltas proporciones y capitel compuesto que articulan las tres calles del retablo entre las que destaca la central con el baldaquino del titular, San Miguel. Las calles laterales están compartimentadas en dos niveles, el inferior coronado por dosel rectangular y el superior por frontón partido y avolutado. En la calle central se dispone una elegante y movida hornacina con una gran ménsula rococó tallada por José Pérez de Eulate en 1753. Sobre el cuerpo articula un potente entablamento que sigue las líneas de la planta del retablo y da paso al ático, formado por una calle central entre pilastras con arbotantes vegetales rematado por un dosel a manera de baldaquino de acusada escenografía. Este ático sigue la disposición propia de otras obras aragonesas de Tornés y del escultor Francisco Nicolás Pejón en los retablos de Urzainqui o Comendadoras del Sanctii Spiritus de Puente la Reina. A ambos lados del ático se disponen unos movidos aletones y en los extremos las esculturas de San Gabriel y San Rafael de movidas líneas, ambos del escultor Tornés. Para terminar, el sagrario-expositor se encuentra bastante reformado pero que conserva su planta poligonal sobre la que se asientan unos alzados muy movidos con ángeles-candelabros, que dan paso a una cúpula suspendida a modo de dosel arquitectónico.
Otras piezas importantes de la parroquia son: el retablo de San José adosado en el muro de la cabecera del lado de la Epístola, de estilo rococó de la segunda mitad del siglo XVIII y repintado un siglo después y con una estructura similar a la del retablo colateral de San Francisco. Posee un hercúleo San Cristóbal con Niño desnudo sobre el hombro y un santo obispo declamando de gran volumen, ambos de Anchieta. El retablo del Santo Cristo, también en el lado de la epístola, en el lado frontal del crucero, de la primera mitad del siglo XVII. Una sillería del coro, de estilo manierista, compuesta por catorce sitiales, manierista realizada por el escultor sangüesino Nicolás de Berástegui en 1573. Una talla de San Miguel del segundo tercio del siglo XVI y un Crucifijo barroco se guardan en la sacristía.
En la sala que alberga el museo parroquial se conservan diversas piezas de escultura, pintura y orfebrería que provienen de la misma parroquia y de otros lugares cercanos como Erdozain y Orbaiz, en su mayor parte despoblados, de muy distintos estilos. Además de tallas y relieves de madera se guarda una abundante colección de orfebrería con piezas de platería, entre las que destacan: un cáliz renacentista de plata de mediados del siglo XVI procedente de Erdozain, otro cáliz de la misma época procedente de Rada, varios cálices de plata de la primera mitad del siglo XVII y otro barroco del siglo XVIII. Una concha de bautismo con las marcas de PP coronadas, de Pamplona, del año 1805, varios copones de plata, una cruz procesional neogótica (110 x 57) de metal plateado, un hostiario circular del siglo XVI, un ostensorio de bronce dorado neoclásico y un par de relicarios de la segunda mitad del siglo XVIII.