Transcurridos cinco años desde que se suscribiera la última escritura de conducción del órgano, Prol solicita al Ayuntamiento la renovación de dicha escritura a partir del 1 de enero de 1845 y hasta el 31 de diciembre de 1849, petición que es aceptada por el consistorio irunés. Al haberse conservado la escritura de renovación, conocemos las obligaciones que el organista de Irun contraía, entre las cuales destacaríamos las siguientes:
- Tocar el órgano "así en misa mayor como en vísperas, concurriendo personalmente a todas las funciones de iglesia, tanto en días de precepto como en las de labor". En caso de ausencia, debe solicitar la oportuna autorización al Ayuntamiento, "en cuyo caso deberá poner sustituto capaz por su cuenta y cargo para el tiempo que dure su ausencia"; la misma norma rige en caso de enfermedad, asumiendo el propio interesado los gastos derivados de tal sustitución.
- Otro apartado de obligaciones está relacionado con la enseñanza musical, concretamente la de impartir lecciones gratuitas de música durante dos horas al día a todos los niños iruneses que así lo quisieran "sin que pueda exigir cosa alguna por este trabajo".
- El Maestro de Capilla-Organista debe asimismo intervenir en las funciones de la "Música de aficionados" tocando un instrumento sin especificar.
- Por último, se obligaba a Prol al cuidado del órgano, "sin que por defecto suyo resulte el menor daño, [so] pena de ser responsable a la subsanación de todos los perjuicios".
Según la mencionada escritura, su salario anual se eleva a 3900 reales de vellón, los cuales son obtenidos de la contribución recaudada para las actuaciones del culto de la villa, correspondiendo 900 reales al Cabildo, como vimos anteriormente.
Después de la última intervención de marzo de 1842, en febrero de 1845 debe someterse el órgano a una nueva reparación, en esta ocasión más profunda que la anterior ya que el coste alcanzó la cifra de 1807 reales. Cinco meses después los fuelles del órgano deben ser nuevamente restaurados, labor efectuada por un tal "Kneip".
Al acercarse la fecha de expiración de la escritura del Organista, otorgada en 1845, tal como vimos anteriormente, Prol solicita una nueva renovación. Recordemos al respecto que, al no haber mediado oposición previa, el actual Organista se veía obligado a renovar periódicamente la escritura, es decir, asumía la plaza de forma interina mientras que los organistas que habían accedido mediante oposición, ejercían la organistía "por el término de su vida". En esta ocasión, Juan Antonio Prol propone dos modificaciones por lo que respecta a sus deberes profesionales: la anulación de la obligación de tener que tocar un instrumento durante las funciones de la "Música de aficionados" y en segundo lugar, la reducción a seis los alumnos que recibían clases gratuitas por parte del Organista de la villa. La propuesta de Prol es estudiada por los concejales Arrascaeta y Rodríguez, quienes, además, examinan las condiciones para otorgar las plazas de cirujano y médico de Irun. Aceptan la petición de Prol de prórroga de su escritura de organista por otros cinco años así como su solicitud de enseñar sólo a seis muchachos que designe el propio Ayuntamiento, pero no se refieren a la obligatoriedad para el organista de participar en las funciones de la "Música de aficionados", por lo que cabe deducir que Prol tuvo que seguir interviniendo en las citadas funciones.
En julio de 1855 se conoce el presupuesto municipal para el culto, en el que la partida asignada para la "composición del órgano" se destina sin embargo a "la construcción de un nuevo cementerio, eso el caso de que esta villa sea invadida por la epidemia conocida por el nombre de cólera". A pesar de esta decisión, en noviembre de aquel mismo año se acomete una profunda reforma del órgano a cargo de Miguel Roques y Hermenegildo Gómez, cuyo informe es taxativo sobre la delicada situación del citado instrumento. Así por ejemplo, ambos organeros detectan los siguientes defectos:
- Deterioro de cuatro fuelles de palancas "incapaces de surtir el viento necesario al órgano por lo mucho deteriorados y apolillados que se hallan".
- La mayor parte de los registros interiores "se hallan inútiles o mudos por el mucho polvo que se ha introducido por sus tubos, por lo que es inevitable un desmonte o limpieza general".
- La mayoría de los ejes o guías de tornantes se encuentran oxidados "por ser de hierro", ante lo cual se propone su sustitución por unos de latón.
- Los citados organeros aconsejan también que los caños de los registros de lengüetería "deben lengüarse".
Como solución, los citados organeros proponen la construcción de dos grandes fuelles "llamados a doble pompa, como los que se hicieron para el órgano de Santiago de Chile, construido por los mismos" así como otros dos más pequeños "llamados ventiladores para surtir el viento a los principales colocados con su balancín". Asimismo, se llevaría a cabo una limpieza general de todos los caños del órgano, incorporando a éstos los canales, lenguas y moldes "que se crea necesario". Proponen la inclusión de un nuevo registro, denominado tembleque suave, el cual, según Roques y Gómez, "es indispensable para tocar el de la voz humana" y por último se llevaría a cabo una partición y afinación, gracias a lo cual "sus voces armoniosas podrán competir con cualquier otro de su clase". El presupuesto, que asciende a 2500 reales, es aceptado por el Consistorio irunés, el cual nombra una comisión compuesta por el concejal Joaquín Olazábal y el propio Juan Antonio Prol para la realización de la reforma.
Los trabajos de reforma finalizaron en marzo de 1856 a satisfacción del Consistorio irunés, quien además muestra su gratitud a José Nicolás de Aguinaga por haber costeado los gastos de un teclado nuevo para el órgano.