La parroquia de San Martín se encuentra en la localidad de Abaurrea Baja. Es un templo de estilo gótico del siglo XIV que presenta elementos de ampliaciones posteriores.
La estrecha relación entre las dos Abaurreas, la Alta y la Baja, queda patente a través de su historia, y también en el trabajo de los canteros Martín de Urrutia y su hijo Joanes quienes fueron contratados en torno a 1590 para la realización de una capilla lateral rectangular a la altura del crucero por el lado del evangelio y la sacristía. La presencia de estos canteros está también documentada en la Parroquia de San Pedro, Abaurrea Alta.La parroquia se sitúa ligeramente en alto, de estilo gótico del siglo XIV con ampliaciones posteriores. Presenta una sola nave de tres tramos desiguales con cabecera pentagonal. Dicha nave está cubierta por una bóveda muy apuntada, con nervios de sección cuadrada, formando una crucería simple, mientras que la capilla mayor lo hace con una bóveda de paños. Todo ello con un rico conjunto de decoraciones de claves. La cubierta apoya en pilares pentagonales suspendidos sobre ménsulas decoradas y capiteles de remate.
El tramo del coro es ya de un gótico más avanzado, del siglo XVI con ménsulas son moduladas. A sus pies se levanta un decorativo coro de estilo gótico flamígero.
Sobre este coro se eleva la torre, reducida al cuerpo de campanas cubierta con tejado piramidal.
La sacristía, de planta cuadrada se adosa a la cabecera por el lado del Evangelio, está documentada a finales del siglo XVI pero sufrió alguna reforma en el XVIII.
La parroquia fue consagrada dos veces: una, la iglesia, con sus altares y campanas, el 26 de noviembre de 1511 por D. Pedro de Leizaola, obispo tripolense, durante el episcopado del cardenal Amadeo de Labrit; la segunda (la del altar), tuvo lugar el 5 de octubre de 1548, por Juan de Gaona.
Entre las piezas conservadas en San Martín cabe destacar: Una pila bautismal situada en el sotocoro, lado del Evangelio, de piedra con basa y fuste poligonal con motivos de relieve en la parte superior, que representan rostros, roleos y una rama con hojas y taza semiesférica lisa.
Una reja gótica fechada en el siglo XVI, coronada por una cruz central y a sus lados remates de florones y lises alternados comunica con la capilla que cobija un crucificado muerto, romanista de principios del siglo XVII de gran tamaño; además en el muro frontal de dicha capilla se venera a la Magdalena y a la Virgen con el Niño, tallas sedentes del segundo tercio del siglo XVI de estilo renacentista.
Existe además otra reja gótica de principios del siglo XVI que da paso al presbiterio. Esta reja, a diferencia de la anteriormente descrita, tiene un remate más complicado: aunque también posee una cruz central, florones y lises, apoya en un pedestal de piedra con motivos del gótico final.
Dentro del presbiterio se venera a San José con un pequeño retablo neoclásico, aunque el titular es una talla barroca y la Virgen con el Niño del ático es, como otras imágenes de la capilla, del segundo tercio del siglo XVI.
Preside el templo el retablo mayor, de estilo romanista realizado a partir de 1611 por el ensamblador Juan de la Hera y el escultor Gaspar Ramos, ambos del taller de Sangüesa. El retablo presenta una arquitectura clasicista que alberga relieves y tallas: en el banco escenas de la Flagelación y Cristo con la cruz y en el primer cuerpo la Oración en el Huerto y el Descendimiento; en el pedestal del segundo cuerpo aparecen representados los Padres de la Iglesia que tienen su correspondencia en el ático con las Virtudes; el segundo cuerpo del retablo está dedicado al santo titular; en el ático se alza el Calvario. La policromía de este retablo es neoclásica.
Frente a este retablo se encuentra el retablo de San Francisco Javier, representado por una talla barroca popular y una Santa Bárbara del ático con un estilo semejante al de otras esculturas presentes en la iglesia del segundo tercio del siglo XVI.
Nombrar también la presencia de un púlpito situado en el lado de la Epístola, fechado en 1752 y la sillería del coro, barroca del siglo XVIII.
Al igual que ocurre en la parroquia de San Pedro en Abaurrea Alta, esta iglesia de San Martín posee también un interesante ajuar de orfebrería en plata, en el que destacan las siguientes piezas: Un juego de crismeras neoclásicas de principios del siglo XIX, con los frentes decorados con rosetas.
Una preciosa cruz procesional (75 x 50) de estructura gótica que la enmarca entre finales del siglo XV o principios del siglo XVI, ricamente decorada con figuras que, a pesar de su tosquedad, dejan entrever rasgos de modelos hispanoflamencos. La pieza lleva el punzón de Pamplona en caracteres góticos y otro no identificado.
Un hostiario del siglo XVIII, liso con cubierta bulbosa.
Un incensario barroco.
Tanto la naveta como el ostensorio formarían pareja con sus correspondientes de Abaurrea Alta, ambos barrocos: la naveta (primera mitad del XVIII) con punzón frustro, y el ostensorio (último tercio del siglo XVIII), con la marca TA/JONAR/, platero de Pamplona.