La ikastola de Hondarribia dió sus primeros pasos en colaboración con la ikastola de Irún. Se creó en el año 1965, con el nombre de Escuela Parroquial de Nuestra Señora del Juncal. Su primera sede fue el Colegio San José-Hijas de la Cruz de Hondarribia.
Tras conseguir su legalización en 1972, las ikastolas de Irún y Hondarribia se unieron. En 1973-74 adquirió un nuevo nombre: Ikastola Irún-Hondarribia. En los años 1974-75 comienzan a asistir a la Ikastola de Irún, al Colegio Betharram.
El 19 de febrero de 1993 el Parlamento Vasco aprueba el Proyecto de Ley relativo a la Escuela Pública Vasca. Esta ley generó una gran polémica en la Ikastola, en el pueblo. La Ikastola debía elegir: continuar como entidad privada o entrar en el ámbito público. En el marco de esa encrucijada, la Ikastola decidió pasar a la red pública, dejando así su titularidad en manos de la Administración.
- AGIRRE, Paulo (2012). Gipuzkoan, datutegia. Material inédito.