El primer día de abril de 1882 el Ayuntamiento de Irun adopta una decisión trascendental para el futuro de la educación musical en la ciudad: acuerda unificar las tres Academias existentes (Violín, Instrumentos y Música vocal) en una sola bajo el nombre de "Academia Municipal de Música", encargando su dirección al Maestro de Capilla-Organista de la localidad, Ramón Garmendia, mientras que la secretaría recayó en Eduardo García. La intensa y fructífera actividad docente que desarrolló la citada "Academia Municipal de Música" se vio interrumpida el 13 de agosto de 1887, cuando el Ayuntamiento decidió la disolución de la "Academia de Música" y de la Banda, entre otras razones, motivada por las malas relaciones existentes entre los directores de ambas instituciones municipales y "en consideración a los disgustos que habían acarreado en el pueblo" su actuación. Pese a todo, se decidió estudiar un nuevo proyecto para crear nueva "Academia de Música".
Así pues, siguiendo el encargo emanado de la anterior orden del 13 de agosto de 1887, el 1 de octubre de ese mismo año, la Comisión de Música municipal, presidida por el Concejal Victoriano Miota, procede al inventario de todos los bienes en posesión de la Banda de Música y de la "Academia de Música" recién disueltas y propone al mismo tiempo "que se abrieran las clases de instrumentos de cuerda y solfeo, con carácter puramente provisional e interino", nombrándose para asumir dichas clases a los anteriores profesores Eduardo García (violín) y don Romualdo Gochicoa (solfeo) y solicitando autorización para "abrir clases de instrumentos de madera y de metal para hacer un tanteo, proponiéndose con todo esto, además, el que los instrumentos que, sin el uso han de echarse a perder, se conserven lo mejor posible". El Ayuntamiento acordó acceder a todas las recomendaciones propuestas por la citada Comisión Directiva de Música" (contrasta esta actitud favorable hacia la "Academia de Música" con la indiferencia respecto a la situación de la Banda: de hecho no volverá a existir de nuevo una Banda municipal hasta 1901) y gracias a estas medidas las actividades docentes en el ámbito musical no se vieron interrumpidas en Irun a comienzos del curso 1887-88 y todo volvió a una relativa normalidad. Una semana más tarde, la citada Comisión acordó el comienzo del curso el 10 de octubre de 1887, avisando de ello a los antiguos alumnos y concretando la duración de las clases (dos horas diarias); asimismo se tomó el acuerdo de abrir las clases de viento-madera y viento-metal, pero sin contraprestación económica a los profesores encargados (Sarasola y Pérez), propuesta que, al parecer, éstos no aceptaron pues no se recibió su respuesta.
De la reunión celebrada el 19 de noviembre de 1887 por la Comisión Directiva, se desprende que se matricularon un total de cincuenta alumnos: 37 en la clase de solfeo y 13 en la de violín. Del análisis de la documentación conservada se llega a la conclusión de que el maestro-organista de Santa Maria del Juncal y antiguo director de la "Academia de Música", Ramón Garmendia, ya no se encontraba al frente de esta institución musical, responsabilidad que había recaído en el Presidente de la Comisión de Música, tal como lo demuestra la convocatoria de exámenes en mayo de 1888.
La Academia sufrió un duro revés a causa del fallecimiento del profesor de violín, Eduardo García, quien en 1880 había sido encargado de la dirección de la antigua "Academia de Violín". Desde entonces Eduardo García había formado a toda una generación de estudiantes de violín. Ante la noticia de su muerte, el Consistorio irunés muestra el aprecio que sentía hacia su profesor: "Fallecimiento del profesor de violín de la Academia de Música, don Eduardo García. El Ayuntamiento se enteró con sentimiento del fallecimiento del Profesor de Violín de la Academia de Música, don Eduardo García, que en atento oficio de ayer participaba su viuda doña Mercedes Oteiza, acordando, según costumbre, se satisfaga a esta la mensualidad corriente y la del mes próximo" (AMI: Acta de 11-8-1888, vol. 107, fol. 15r).
Lo cierto es que tras el fallecimiento de Eduardo García, las actividades docentes de la Academia quedaron reducidas a la mínima expresión, pues se limitaron a las clases de solfeo y sólo se recuperó el nivel de la antigua Academia disuelta en 1900.