El Estatuto regula su propio sistema de reforma. Caben dos tipos y procedimientos de reforma. Uno ordinario (art. 46) y otro especial (art. 47). El procedimiento especial es más simple y se aplica sólo si la reforma tiene por objeto una simple alteración de la organización de los poderes del País Vasco y no afecta a las relaciones de la CAPV con el Estado o con los Territorios Históricos. En los demás supuestos deberá aplicarse el procedimiento ordinario. Tanto en uno como en otro caso, la aprobación de la reforma establece como requisito indispensable el cumplimiento de dos condiciones: aceptación de la reforma por parte de los ciudadanos vascos en referéndum, y aprobación de las Cortes Generales españolas mediante ley orgánica.
Al margen de ello caben dos procedimientos específicos. Uno de ellos es el relativo al supuesto concreto de que se produzca la integración de Navarra en la CAPV. El otro es un supuesto muy marginal relativo a asuntos de seguridad pública.