A los 32 años escribe su primera novela, El capitán Cassou, con la que obtuvo el premio "Acento" de novela corta. En el contexto de la gran guerra europea se relata la historia de un militar francés que, después de haber ordenado fusilar a su ordenanza, queda a merced de los remordimientos y abocado a la locura. Dos años después Antoñana recibe el premio "Sésamo" con la novela No estamos solos (Madrid, edición A.U.L.A., 1963), en la que plantea la desintegración de una partida carlista tras la derrota militar, argumento que le sirve para abordar la tragedia del vencido de guerra, su humillación y persecución. Ese mismo año queda finalista del premio "Nadal" con La cuerda rota (Pamplona, Pamiela, 1995), en la que se narra la historia de cuatro emigrantes portugueses que intentan llegar a Francia en busca de trabajo. Novela sobre la pobreza y la clandestinidad que no sería publicada hasta 1995.
En 1964 se editaba, sin embargo, su segunda novela El sumario, subtitulada El dilema de un juez (Barcelona, Plaza y Janés, 1964), que reconstruye retrospectivamente los motivos y circunstancias del asesinato de Cornelio, cuyo cadáver aparece abandonado en la orilla del río. A partir de aquí Antoñana dejaría pasar 9 años antes de publicar otra obra narrativa, Pequeña crónica, que obtiene el Premio Ciudad de San Sebastián de novela corta (Donostia, "Kurpil", 1975; reed. en Pamplona, Pamiela, 1984). En 1976 se le concederá el premio "Ciudad de Tudela" de cuentos y en 1978 el premio "Navarra de novela corta" con su Relato cruento (Iruña-Pamplona, Caja de Ahorros Municipal de Pamplona, 1978), donde novela el final de la familia aristocrática de los Vignecourt. En ella, el lelo Gerardo, niño subnormal y último descendiente de la familia, es elemento nuclear y símbolo de la destrucción del señorío.
Entre 1962 y 1977 Antoñana mantuvo la sección dominical "Las tierras y los hombres" en el periódico "Diario de Navarra", algunos de cuyos textos se recogieron en el libro Patrañas y otros extravíos (Pamplona, Pamiela, 1985), obra miscelánea que engloba cuentos, semblanzas y evocaciones, y en Botín y fuego y otros relatos (Pamplona, Pamiela, 1985). Entre los años 1983 y 1986 colabora con "Navarra hoy" y posteriormente lo hace en "Diario de Navarra" y "Diario de Noticias".
En 1990 publica Noticias de la Segunda Guerra Carlista (Pamplona, Dirección General de Cultura) y en 1993 reúne en La vieja dama y otros desvaríos (Pamplona, Dirección General de Cultura), varios relatos y dos novelas cortas, entre ellas El capitán Cassou, que permanecía inédita, y Cartas guineanas. Un año después Pamiela recupera La cuerda rota, con la que fue finalista del premio Nadal en 1962.
En 1996 recibe el Premio Príncipe de Viana, reconocimiento que le valdrá la reedición de algunas obras y la compilación de una colección de artículos personales y de entrevistas titulada Textos y Pretextos (Bermingham, 1996), así como un conjunto de reflexiones reunidas bajo el título Memoria, divagación, periodismo (Pamplona, Pamiela, 1996). Un año después salía Despropósitos (Pamplona, Pamiela, 1997), treinta y tres nuevos relatos cortos, algunos condensados en una decena de líneas, en los que Antoñana vuelve a los tiempos de las guerras carlistas y las coloniales o a su querida "República de Ioar", evocados con antojadiza mezcla de ficción e historia.
En 1999 reúne cerca de cincuenta relatos en el libro Extraña visita y otras historias (Pamplona, Pamiela, 1999), con temas habituales del escritor: la guerra, la derrota, el fracaso, la inmigración de principios de siglo o la decadencia; y en 2001 recopila en Último viaje y otras fábulas (Donostia, Ttharttalo, 2001), una colección de textos narrativos aparecidos en prensa cuyo tema común es nuevamente la guerra, con la crueldad y la desesperanza como paisaje de fondo de todos los relatos.
En febrero de 2008 presenta el que sería su último libro, Aquellos tiempos, una recopilación de más de 60 artículos costumbristas publicados a lo largo de 6 años en la revista "Orbela" en los que repasa anécdotas, gentes y tradiciones perdidas.