La existencia de la diócesis se halla documentada desde el s. VI (véase el Episcopologio). La diócesis sobrevive a la invasión musulmana y la cadena de sus obispos no se interrumpe nunca. Residen en Pamplona o en la Rioja y acompañan a la Corte. No se hallan refugiados en Leire desde el 860 al 1023, ni en este año Sancho el Mayor decreta en un concilio legerense la restauración de la iglesia de Pamplona, como lo afirman tres privilegios falsificados. La restauración del Obispado no se hizo, porque no era necesaria. La restauración pudo consistir en la restitución de los bienes enajenados y en el restablecimiento de los límites antiguos. Entonces los límites diocesanos llegaban hasta San Sebastián con los valles de Lerín, Oiartzun, Labayen, Berastegi, Hernani, Seyaz, Itziar, Iraugi, Goyaz, Regil et tota Ypuzcoa. Ahora Guipúzcoa entra por primera vez en la escena de la Historia (c. 1031). El mismo rey donó a Leire el monasterio de San Sebastián el Antiguo en los confines de Hernani (c. 1014), núcleo originario de la ciudad de San Sebastián. La ermita de Santa Elena en Irún (s. X), es el resto arqueológico más antiguo del Cristianismo en Guipúzcoa. Hacia fines del s. XI probablemente dependía de Bayona un pequeño territorio en torno a Hondarribia, Baztán, las Cinco Villas y Santesteban. Urbano II ratificó los límites de la diócesis, tal como los había restablecido Sancho el Mayor, rey de Navarra (24 junio 1096). San Sebastián, a orillas del mar, era el punto límite. García el Restaurador, rey de Navarra, donó a la iglesia de Santa María de Pamplona todo lo que poseía en lheldo, Bizchaya, Hurumea, Alza y Soroeta (1141). En 1178 el abad de Leire convino en conceder al obispo de Pamplona una procuración cuando visitara las iglesias de Santa María y San Vicente, de San Sebastián. Unos diez años más tarde el obispo de Pamplona, Pedro de París, encomendó al de Bayona el honor de San Sebastián y de varios pueblos vecinos, reservándose su derecho de propiedad y de visita. Muerto don Pedro, sus sucesores continuaron ejerciendo su jurisdicción en San Sebastián. Miguel Périz de Legaria, en 1292, la visitó, cortando ciertos abusos en la provisión de beneficios y en la percepción de diezmos y primicias. Sus disposiciones fueron acogidas dócilmente. En el resto de Guipúzcoa la situación continuó igual. La mayor parte de las iglesias continuaban en manos de legos, que percibían directamente los diezmos y se limitaban a suministrar una mera congrua sustentación al clérigo que las atendía espiritualmente. El obispo Martín de Zalba quiso acabar con este arcaico sistema y, siempre que se le presentaba ocasión, arrancaba las iglesias del dominio de los seglares, nombraba rectores de las iglesias y les adjudicaba los diezmos a título de beneficio, lo que motivó una enérgica protesta de los caballeros e hijosdalgo de Guipúzcoa en las cortes de Guadalajara (1390) y un choque violento en Azpeitia. En 1412 Carlos III el Noble, rey de Navarra, obligó al obispo de Bayona a poner un vicario general para los pueblos navarros dependientes de aquella diócesis. Por el año 1302, a imagen del oficial principal de Pamplona, juez en lo contencioso, surgieron oficiales foráneos en San Sebastián y Uncastillo para los arciprestazgos de Guipúzcoa y Valdonsella, situados en reinos extraños a Navarra y a menudo hostiles: Castilla y Aragón. Con atribuciones más o menos extensas, según los tiempos, el oficial foráneo de San Sebastián duró hasta el año 1836. Por concesión de los reyes navarros, confirmada en 1092 por Sancho Ramírez y su hijo Pedro, los obispos llegaron a poseer un dominio temporal importante, integrado por la ciudad de Pamplona y los castillos de Oro, Huarte, Monjardín con cinco pueblos circunvecinos y Navardún (Aragón); pero esto dio lugar a un grave conflicto entre el Trono y la Mitra en tiempo de Sancho el Fuerte y Teobaldo I, que condujo a la guerra civil entre los barrios de Pamplona (1276), en que la Navarrería quedó convertida en un montón de ruinas y la catedral fue vandálicamente saqueada. En 1319 la iglesia renunció a su dominio temporal a cambio de una sustanciosa indemnización. Así se inauguró una edad de colaboración y armonía entre los dos poderes, sólo enturbiada esporádicamente. Alejandro IV concedió al obispo de Pamplona el honor de ungir y coronar a los reyes de Navarra (1257), ceremonia que se celebraba en la catedral iruñesa, dedicada a la Asunción. La diócesis dependió en un principio del metropolitano de Tarragona; desde 1318, de Zaragoza; desde 1574, de Burgos; y desde 1851 , otra vez de Zaragoza. Hubo un corto período (1385-1420) en que estuvo sometido directamente a la San Sede. Carlos III solicitó para la capital de su reino el rango de metrópoli y un reajuste de los límites diocesanos, de suerte que éstos coincidieran con las fronteras del reino. Este proyecto, desenterrado varias veces en una u otra forma, se convirtió en realidad en 1955-1956.